小兒先天性畸形的種類很多，對孩子生理功能的影響不一，有的需要刻不容緩地手術，也有的可先創造一些條件，選擇適當的時機再進行手術。譬如先天性食管閉鎖，由於食管在胸腔中上下不能，吃下去的奶馬上會泛溢出來或流入氣管嗆咳不止。又如肛門閉鎖使胎糞無法排出，患兒一吃就吐，腹脹如鼓，這些情況，立即手術是挽救患兒生命的唯一辦法。
另外有些畸形雖然不會立刻威脅小兒的生命，但時間一久會使病情惡化，嚴重影響治療效果，因此也應在明確診斷後盡早手術，如先天性膽管閉鎖、畸胎瘤，以及各種類型的惡性腫瘤等。與此相反，有些畸形如腹股溝疝往往隨著年齡的增長會自然愈合，所以手術年齡不宜過早。
總之，手術的合適年齡一方麵要根據具體的病情，另一方麵與醫療技術的發展也有一定關係。