卻說梁山下麵，經過的大員，就是丞相李斯。當由始皇左右，據實陳明，始皇道：“丞相車騎，果如此威風麼？”這句說話，明明是含有怒意。左右從旁窺透，便有人報知李斯。李斯聽說，吃驚不小，嗣是有事出門，減損車從，不複如前，偏又被始皇看見，越覺動疑，便將前日在梁山宮時，所有侍從左右，一律傳到，問他何故泄漏前言？左右怎敢承認，相率狡賴，惹得始皇怒不可遏，竟命武士進來，把左右一齊綁出，悉數斬首。冤酷之至。餘人無不股栗，彼此相戒，永不多言。盧生屢紿始皇，免不得暗地心虛，私下與韓客侯生商議道：“始皇為人，天性剛戾，予智自雄，幸得並吞海內，誌驕意滿，自謂從古以來，無人可及，雖有博士七千人，不過備員授祿，毫不信用。丞相諸大臣，又皆俯首受成，莫敢進言。尚且任刑好殺，親幸獄吏，天下已畏罪避禍，裹足不前。我等近雖承寵，錦衣美食，但秦法不得相欺，不驗輒死，仙藥豈真可致？我也不願為求仙藥，不如見機早去，免受禍殃。”真是乖刁。侯生也以為然，遂與盧生乘隙逃去。
及始皇聞知，追捕無及，不由得大怒道：“我前召文學方士，並至都中，無非欲佐致太平，煉求奇藥。今徐市等費至巨萬，終不得藥，盧生等素邀厚賜，今反妄肆誹謗，敢加侮蔑。我想方士如此，其他可知。現在鹹陽諸生，不下數百，必有妖言構造，煽惑黔首。我已使人探察，略得情偽，此次更不得不徹底清查了。”隨即頒詔出去，令禦史案問諸生，訊明呈報。禦史等隱承意旨，傳集諸生數百人，問他有無妖言惑眾等情，諸生等俱齊聲道：“聖明在上，某等怎敢妄議？”說尚未畢，但聽得一聲驚堂木，出人意外。接連有厲聲相訶道：“汝等若不用刑，怎肯實供！”說著，即喝令皂役，取出許多刑具，把諸生拖翻地上，或加杖，或加笞，打得諸生皮開肉爛，鮮血直噴。有幾個淒聲呼冤，又經問官令加重刑。三木之下，何求不得，沒奈何屈打成招，無辜誣伏。問官煞是厲害，再把供詞深文鍛煉，輾轉牽引，遂構成一場大獄，砌詞朦奏。始皇反說他有治獄才，立即準詞批複，飭將犯禁諸生，一體處死，使天下知所懲戒，不敢再犯。可憐諸生遭此慘禍，盡被獄卒如法捆綁，推出鹹陽市上，共計得四百六十餘人。可巧始皇長子扶蘇，入宮省父，瞥見市上一班罪犯，統是兩手反翦，躑躅前來，麵上都帶慘容，口中尚有籲詞，情既可憐，跡亦可憫，遂商諸監刑官，叫他暫時停刑，俟自己奏請後，再行定奪。監刑官見是扶蘇，自然不敢反抗，連聲相應。扶蘇忙搶步入宮，尋見始皇，好容易才得覓著，行過了問省禮，便向始皇進諫道：“天下初定，黔首未安，諸生皆誦法孔子，習知禮義，今若繩以重法，概處死刑，臣恐人心不服，反累聖聰。還求陛下特沛仁恩，酌予赦免。”道言甫畢，即聞始皇盛怒道：“孺子何知？也來多言！此處用你不著，你可北赴上郡，監督蒙恬，快將長城直道，趕緊造就，我就要北巡了。”扶蘇見始皇麵帶威，料知不好再諫，隻得奉諭出宮，飭人報知監刑官，述明情形。監刑官怎好再緩，索性將四百六十多個儒生，盡驅入深穀中，上麵拋擲土石，霎時間將穀填滿，一班讀書士子，冤魂相接，統入枉死城中去了。恐枉死城中尚是容受不住。
扶蘇聞諸生坑死，也為淚下，隻因父命在身，未敢稽留，隻得匆匆北去。也是前去送死。始皇雖盡坑鹹陽諸生，尚嫌不足，意欲將四方名士，悉數屠滅，才得斬草除根，不留遺種。惟一旦下詔，叫地方官盡殺文人，究未免令出無名，反致騷動天下，況文人多半狡猾，一聞命令，或即遠，如盧生侯生等類，在逃未獲，終致漏網，豈不可慮！於是輾轉圖維，竟得想就了一個妙策，下詔求才，限令地方官訪求名儒，送京錄用。地方官當即采訪，便有許多梯榮幹進的儒生，冒死應征。不到數月，已由各處保送，陸續赴都，準備召見。始皇大喜，一齊宣入，檢點人數，約有七百名，半係耆年，半係後進。當即溫言詢問，得了答詞，或通經，或善文，盡命左右證明履曆，然後令退。越宿即傳出一道旨意，命七百人都為郎官。七百人得此恩詔，真個是意外高升，彈冠相慶，熱中者其聽諸。便即聯翩入宮，舞蹈謝恩。
轉瞬間已屆寒冬，忽由驪山守吏，報稱馬穀地方，有瓜成實，累累可觀。始皇便召集郎官，故意驚問道：“現當嚴寒時候，果實皆殘，為何馬穀生出瓜來？卿等稽古有年，可能道出原因否？”諸郎官聞此異事，倒也暗暗稱奇，但又不敢不對答數語。有的說是瑞兆，有的說是咎征，聚訟盈庭，莫衷一是。還是始皇定出主意，叫他同往馬穀，親去審視，方足核定災祥。各郎官也欲親往一瞧，驗明真偽，隨即聯袂出都。一口氣跑至馬穀，果然穀中有瓜數枚，新鮮得很，大眾越加驚訝，互相猜疑。正在紛紛議論的時候，猛聞得有爆裂聲，不由得慌張四望，說也奇怪，那一聲暴響後，便有許多土石，從頭上壓來。急忙忍痛四竄，覓路欲奔，偏偏穀口外麵，已被木石塞住，不留一隙。大眾到此，才知始皇是設計陰險，巧為陷害，彼此懊悔無及，哭作一淘。過了數時，都已被木石打倒，駢死穀中。誰叫你等想做高官。看官閱此，應已曉得馬穀坑儒的冤案，但冬令如何有瓜，不免費後人疑猜。原來驪山下有溫泉，通入馬穀，穀中包含熱氣，無論天時寒暖，常生草木。始皇密令心腹，至穀內植下瓜種，逐漸發生，竟得結實。諸生哪裏曉得毒謀，遂為始皇所欺，騙到穀中。那時穀外已預設伏機，一經諸生入穀，便有人扳動機捩，亂拋土石，且把穀口塞斷，使他無從飛越，除死以外無他法，七百人竟不留一個。後人稱馬穀為坑儒穀，或號為湣賢鄉，至唐明皇時，又改為旌賢鄉，這是後話不提。