“9.23事件”發生後，蒙博托迫於反對黨的壓力。於9月30日任命最強烈反對他的艾蒂安·齊塞克迪組成處理危機的政府。
齊塞克迪隨即舉行記者招待會，宣稱紮伊爾結束了專製、獨裁統治，危機政府將經過全國會議批準。蒙博托與齊塞克迪之間爭鬥由此拉開了序幕。
難以調和的對立導致蒙博托於1992年12月1日免除齊塞克迪的過渡政府總理職務，任命他為民族團結政府總理，責成他組成各主要政黨和各省代表參加的新政府。齊塞克迪堅決拒絕，並要求蒙博托交出財權。隨後軍警封鎖政府辦公樓，蒙博托宣布全國會議閉幕，重申現行憲法繼續有效，議會繼續行使權力，國家日常事務管理交由政府各部秘書長負責，由年長秘書長協調各部工作。這等於對齊塞克迪及其政府實行了“未罷免的罷免”。
1993年1月初，蒙博托總統決定發行大麵額的500萬紮伊爾紙幣，並以此為軍餉發放給欠餉多日的軍隊。誰知市麵上商人拒收這種大鈔，軍餉成了廢紙。於是金沙薩的駐軍憤然鬧事。他們橫衝直撞一路開槍，在金沙薩市中心逢店即掠，能拿者拿，拿不走的就毀掉。數小時之後，精銳的總統特別師出動幹預，在同騷亂軍人交火中動用了迫擊炮。首都被宣布為“作戰區和高度軍事警戒區”。騷亂中死亡千人。其中包括7名外國人。法國大使在大使館飲彈身亡。法國、比利時再次出兵護僑撤僑。法國報刊評稱此次騷亂比“9.23事件更為嚴重”，“從某種角度說是被煽動起來的”，無疑與紮伊爾“政治和製度危機相關。”
“1.28騷亂”發生之後蒙博托指責齊塞克迪“在軍隊中製造事端”，使“士兵互相殘殺”，並以齊未能組成有廣泛基礎的新政府為由而於2月5日宣布解除齊的總理職務，要求共和國最高委員會（臨時議會）另提新人選，如最高委員會拒絕，問題將由他自己處理。最高委員會則通過決定，強調蒙博托無權解除總理職務。齊塞克迪同樣表示他也將自行處理問題，雙方對峙再度陷入僵局。
“1.28騷亂”之後，美國、比利時、法國3國立即作出反應。法國迅速派兵撤僑，比利時也派兵到與紮伊爾隔河相望的剛果（被蒙博托拒之門外）。三大國一致對蒙博托施加壓力，逼迫他向齊塞克迪交權或分權。2月20日美國國務院發言人斯奈德透露，美、法、比3國目前正研究對蒙博托拒絕讓出總統權力後應采取的措施，包括沒收其一切私人財產（其中有飛機、遊艇和別墅等），拒絕給他本人及家屬到這些國家的入境簽證；凍結世界銀行和國際貨幣基金組織給紮伊爾的貸款等。
蒙博托於1993年2月19日離開紮伊爾，飛赴法國，下榻在法國南部藍色海岸他私人的一所別墅裏。直到2月27日才回國。法國外交官稱這隻是“一次短暫的醫療性私人訪問。”與英法比逼其交權、讓位努力無關。
就在蒙博托赴法國期間，紮伊爾局勢再度動蕩。一些紮伊爾軍人從2月24日包圍了議會大廈，把正在那裏開會的共和國最高委員會成員當作人質，要求解決500萬紮伊爾幣的問題。直至26日該委員會答應建立兩個專門委員會以尋求解決辦法，軍隊才撤離議會大廈。
蒙博托回國以後，他的高壓控製使局勢暫時平靜下來。但政治鬥爭並未因此而停止。與此同時蒙博托的身體卻迅速惡化。1996年8月，他患前列腺癌的消息公開了，他前往瑞士治病期間，國內的局勢迅速惡化。導火索就是紮伊爾東部的盧旺達布隆迪難民危機。
卡比拉上台
大量的難民湧入使紮東部局勢混亂不堪，1995年4月，紮伊爾議會通過一項決議，不讓盧、布難民取得紮國籍。而世代居住在紮伊爾東部的30萬紮伊爾圖西族人——班亞穆倫蓋人，也受到紮政府的歧視，1981年的一項法令不承認他們擁有紮國籍。1996年9月，紮政府和當地人開始驅逐班亞穆倫蓋人出境。10月，班亞穆倫蓋人的起義爆發，並迅速攻占了紮伊爾東部地區，並宣布建立解放紮伊爾民主力量聯盟。該聯盟主要由四個政黨組成。
該聯盟的領導人就是現年56歲的卡比拉。卡比拉早年曾信奉過馬克思主義，曾經參加過1964年～1965年紮伊爾東部的“穆萊萊”人民起義。具有諷刺意味的是，在那次的鬥爭中班亞穆倫蓋人是站在蒙博托一邊作戰的。班亞穆倫蓋人選擇卡比拉做為他們的領導人，一方麵因為他不是圖西人；另一方麵則是因為他有豐富的鬥爭經驗。三十多年來，卡比拉一直從事著反蒙博托的活動。
因為這次的“反叛”的主要成員是圖西人，因此激起了紮伊爾人的民族情緒。針對人們推測紮反政府武裝分裂紮伊爾、建立“圖西國家”的猜測，卡比拉指出“這個聯盟的目標是推翻蒙博托的獨裁統治，在紮伊爾徹底清除他的腐敗影響，”並最終實現自由市場經濟和多元化政體。
反政府武裝自96年10月起義以來進展神速，紮伊爾政府軍不堪一擊。自從反政府武裝占領了東部城市萊柴拉、戈馬等城市後，迅速揮師西進。1997年3月15日，攻占紮伊爾第三大城市基桑加尼。3月24日，紮伊爾總理肯戈被迫辭職。4月2日，蒙博托被迫再次起用兩度被他罷免的老對頭齊塞克迪出麵組織新政府。
4月3日齊塞克迪公布了新政府名單，新政府24名成員中含國防部長和外交部長在內的6人留給了卡比拉的解放剛果——紮伊爾民主力量聯盟以外，其餘18個部長既沒有一個是總統派的人，也沒有一個是溫和反對派的人，而都是激進反對派成員。但反政府武裝予以拒絕。
4月5日，卡比拉與紮伊爾政府的代表在南非首都比勒陀利亞舉行了首次麵對麵的談判。但談判僅僅是卡比拉的一個疑兵之計，卡比拉的最終目的是直下金沙薩，結束蒙博托的統治。雙方僅僅在一個方麵達成共識：紮伊爾應在一個獨立的機構和國際社會的組織和監督下舉行大選。
4月9日，反政府武裝攻克紮伊爾第二大城市盧本巴希——紮伊爾礦產資源的寶庫沙巴省原加丹加的首府，從而使首都金沙薩成為一座孤城。
蒙博托隨即宣布全國處於緊急狀態，解除齊塞克迪的總理職務，任命博隆戈將軍為政府總理。
此時一直支持蒙博托的美國政府轉變立場，公開表態，建議蒙博托交出權力並流亡國外。西方國家拋棄了蒙博托。
1997年5月17日，反政府武裝攻陷金沙薩，蒙博托流亡國外，與其關係密切的法國不願收留他。長達30多年的蒙博托時代結束了。1997年秋天一個肅殺的日子，這位獨裁者死在流亡地摩洛哥。
90年代紮伊爾的這場內戰比之於60年代初的內戰，有許多相似之處，又有許多不同之處。這次紮伊爾內戰，各種勢力錯綜複雜，各種力量關係相當微妙，各個政治派別的分化組合也十分引人注目，這是可以比較於60年代內戰的重要的一點。另外一點，兩次內戰都受到了來自外部勢力的幹涉。但這種幹涉明顯地發生了一些變化。原來的殖民宗主國、某些超級大國對於直接介入這種國家內部衝突已不感興趣了，而紮伊爾的鄰國——盧旺達、布隆迪、烏幹達則對這種幹涉表現出了濃厚的興趣。
安理會的明智之舉
在這次紮伊爾的衝突中，聯合國的反應十分引人注目。上次紮伊爾的內戰，聯合國派出了其曆史上最大的一支維持和平部隊，而且極深地卷入了紮伊爾的內部事務，幾乎成為了當時紮伊爾衝突的一方。聯合國也為此付出了慘重的代價。大量的死傷和金錢耗費自不必說，聯合國還因此陷入了巨大的危機，聯合國秘書長也因此而喪生。
而這次聯合國對紮伊爾危機的反映卻相當冷淡、平靜。雖然冷戰剛結束時，聯合國掀起了一陣用派遣維持和平部隊處理地區危機的熱潮，但這種情況現在很大程度上改變了。
對於紮伊爾危機，聯合國安理會於1996年11月9日通過一項決議，要求聯合國秘書長加利籌備組建一支4000～5000人的多國部隊到紮伊爾救助那裏的難民。11月15日，安理會於1997年3月31日前授權部署一支由加章大領導的多國部隊，以救助紮伊爾的難民。1997年2月18日，安理會批準了一項五點和平計劃，要泰“立即休戰”和“撤出所有外國部隊，包括雇傭兵在內。”安理會呼籲這個地區各國都不要采取包括越境入侵在內的任何行動，因為這樣做將戚脅到這個地區所有國家的主權與領土完整。聲明要求這個地方各方要與聯合國特別代表合作來尋找解決危機的途徑。
聯合國在這次紮伊爾危機的反應上相當的謹慎和節製。聯合國采取了以授權派遣聯合國多國部隊的形式代替派遣聯合國維持和平部隊的形式，一方麵說明聯合國已無力承擔派遣聯合國維持和平部隊所需要的巨額費用；另一方麵表明聯合國已不願過多地卷入一個國家的內部事務，不願為此而承擔太太的政洽風險。聯合國維持和平部隊在剛果（利）和在索馬裏的維持和平行動也許就是前車之鑒吧。