這次大選之後，形成三分天下的形勢：斯洛文尼亞和克羅地亞的反對黨聯盟擊敗了共盟組織，組成了非共產黨政權，主張實行資本主義；在塞爾維亞和黑山，原共盟組織獲勝，繼續掌權，仍堅持社會主義方向；在其餘兩個共和國（波黑和馬其頓）內，民族主義政黨組閣，共盟組織在議會中仍有相當力量。這兩個共和國的新政權采取了中間立場，不實行社會主義，也不反共。各共和國政權更迭直接影響聯邦主席團內的力量對比。4個民族主義政權的代表，加上科索沃自治省的代表，一度形成了5：3的條數。幾經波折，主席團內出現了4：4的局麵。主席團內的兩派分庭抗禮，導致聯邦實際上喪失了決策能力。
六個共和國總統就未來南斯拉夫的國體問題開了三次會議，提出了兩個方案。克羅地亞和斯洛文尼亞主張邦聯製，提出了“主權國家聯盟”的方案，希望建立“歐洲共同體式的邦聯”；主強聯神製的塞爾維亞和黑山則提出了“統一民主聯邦國家”方案。會議決定將這兩個方案交各共和國舉行公民投票決定。
斯洛文尼亞和克羅地亞在公民投票之後，於1991年6月25日宣布獨立。這標誌著南斯拉夫聯邦開始解體。馬其頓與波斯尼亞和黑塞哥維那不久也相繼宣布獨立。塞爾維亞和黑山於1992年4月決定共同組成南斯拉夫聯盟共和國。從此立國73年、建設社會主義49年的南斯拉夫一分為五。
歐共體斡旋
1991年6月克羅地亞和斯洛文尼亞率先鬧獨立，南斯拉夫戰亂爆發。
歐共體迅速介入。6月28日，正在召開的歐共體首腦會議緊急派出“三駕馬車”（歐共體現任、上任和下任主席國）外長前往調停，促使南斯拉夫衝突各方達成了三項協議：立即停火、南人民軍撤回軍營、克羅地亞和斯洛文尼亞暫緩與南斯拉夫“分手”7月初，歐共體“三駕馬車”外長又數度與衝突各方反複談判，使各方同意通過談判解決衝突，並保證保持克製，不采取單方麵行動，克羅地亞和斯洛文尼亞推遲三個月實施獨立的決定。
7月10日，歐共體決定向斯洛文尼亞派遣觀察團監督停火。7月18日，南聯邦主席團決定在三個月內撤出在斯洛文尼亞的全部南人民軍。自此以後，斯洛文尼亞境內的局勢趨於平靜。
1991年7月底以後，克羅地亞境內和克羅地亞與波黑、塞維亞接壤地帶武裝衝突再起。歐共體在數次調停未果的情況下，於9月7日在荷蘭海牙召開南斯拉夫國際會議（簡稱海牙和會），指定英國前外交大臣、北約前秘書長卡林頓為歐共體處理南斯拉夫問題的首席調停人並主持海牙和會。海牙和會開了6次。10月18日，卡林頓在第5次和會上提出一項解決南危機的和平計劃：南斯拉夫各其和國成立“自由聯合體”，各成員國邊界不變，在涉及外交和其它共同利益時相互協調，要求獨立的國家國際上可予以承認。該建議受到斯洛文尼亞、克羅地亞、波黑和馬其頓四國支持，但遭到南聯邦和塞爾維亞反對。在一周之後召開的第6次和會上，歐共體進一步建議解散南聯邦機構，建立鬆散的聯盟，但遭到塞爾維亞的明確抵製。從此，海牙和會基本陷於僵局。
在斡旋屢遭失敗、僵局難以打破、戰火又不斷升級的情況下，歐共體不得不改變斡旋策略，轉而增加硬的一手，軟硬兼施，側重於以壓促和。歐共體於11月8日決定對南聯邦各共和國實行經濟製裁，中止各項合作協議。不久，又決定取消對克羅地亞、斯洛文尼亞、波黑、馬其頓4國的製裁，專門製裁塞爾維亞和黑山兩個共和國，1992年1月15日進而正式承認克羅地亞和斯洛文尼亞獨立。
1991年6月南斯拉夫內戰爆發後越演越烈。經過3個月的戰事，在幾方調停無效的情況下，1991年9月17日代表要求獨立的克羅地亞一方的原南斯拉夫聯邦主席團主席梅西奇未經主席團其他成員同意，致函聯合國安理會主席要求派遣維和部隊來南斯拉夫。塞爾維亞方麵對此持強烈反對的態度。