逃入阿富汗境內的反政府武裝並不甘心失敗，在阿富汗北部武裝力量的支持下成立了指揮機構，設置廣播電台，擴大武裝，不斷向塔吉克斯坦境內進行武裝騷擾。至此，塔國內雙方的武裝衝突轉化為塔阿邊境線上的激戰。反政府武裝認為奪取政權的最大障礙是俄羅斯軍隊，因此將進攻矛頭直指駐塔俄軍。1993年7月13日，俄羅斯駐塔邊防軍第12哨所遭到來自阿富汗一側的塔吉克斯坦反政府武裝的襲擊，死傷數十人。8月19日和20日，塔反政府武裝又兩次從阿富汗越境襲擊俄軍駐守的邊防哨所。阿富汗總理也多次公開威脅要俄羅斯立即撤軍。俄羅斯總統葉利欽和俄聯邦議會立即發表聲明決心“捍衛俄羅斯及其盟邦的民族和地緣政治利益”，同時，進一步加強和調整了在塔阿邊境的軍事力量，並宣布俄羅斯第201摩步師在塔吉克斯坦的留駐期得延長至2000年。在此期間，哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦和烏茲別克斯坦三國也相繼派出部隊“保衛獨聯體的共同邊境”。懾於俄羅斯及中亞各國的強硬立場和軍事壓力，阿富汗當局及阿境內塔反政府武裝在塔阿邊境的大規模軍事行動逐步收斂，這一地區的局勢才漸趨平靜。
俄羅斯等國在保持軍事優勢的情況下，加強外交攻勢，以求政治解突衝突問題。在俄羅斯等國的斡旋和形勢的逼迫下，1994年春天，塔吉克斯坦反對派在鬥爭策略上出現新的變化，同意與塔政府舉行和平談判，並要求參加總統大選。在伊朗和俄羅斯斡旋下，4月初塔政府和反對派代表在莫斯科舉行首輪和談。但雙方爭吵了兩周未達成任何協議。6月18日，第二輪談判在伊朗首都德黑蘭舉行，由於反對派堅持要求塔政府以大赦政治犯作為停火條件，雙方隻“簽署了用政治手段解決問題的協議”，而未達成停火協議。此時，原訂於9月25日舉行的塔總統大選和新憲法全民公決的準備工作正緊接密鼓地進行著。為打掉總統選舉和全民公決，反對派一方麵在第三輪和談中提高要價；一方麵在境內縱深地區和塔阿邊境地區再次發動了一係列較大規模的軍事行動。塔吉克斯坦政府則針鋒相對，一麵將總統選舉推遲至11月6日，表示仍吸收反對派參加；一麵積極采取軍事行動，遏製反政府武裝的進攻勢頭。為推動第三輪和談，塔政府也作了一些讓歩，頒布大赦令，同意釋放反對派提出的29名政治犯，並向1000名政治犯開道歉。在聯合國的斡旋和俄羅斯、伊朗等國的壓力下，9月13-17日，新一輪和談在德黑蘭舉行，最終達成了為期49天（至11月5日舉行總統選舉的前一天）的停火協議和互換戰俘協議，從而為衝突的政治解決提供了現實可能。
10月20日至11月1日，塔吉克政府與塔吉克反對派在巴基斯坦首都伊斯蘭堡繼續進行第三輪會談，會談最後簽署了伊斯蘭堡議定書，將9月17日的停火協議期限延長到1995年2月5日，並成立一個十人委員會（雙方各五人）來執行該協定。
11月12日，塔交戰雙方在霍羅格交換了雙方各27名戰俘。
12月16日，安理會一致通過第968號決議，設立了為期最多6個月的聯合國塔吉克斯坦現察團（聯塔觀察團），以監督塔內戰雙方的停火協議的執行。如果1995年2月6日，塔交戰雙方同意進一步延長其停火期限，聯塔觀察團將繼續執行其使命。
安理會要求聯塔觀察團與衝突雙方保持密切接觸，並與歐安會駐塔特派團、獨聯體集體維和部隊以及邊境部隊保持聯係。
聯塔觀察團的軍事人員來自奧地利、孟加拉國、保加利亞、丹麥、匈牙利、約旦、荷蘭，瑞士、烏克蘭和烏拉圭。
後塔交戰各方再度延長停火期限，2月6日，3月6日安理會兩度延長聯塔觀察團任期，最終延長到4月26日。
1995年5月22日～6月1日，塔交戰雙方在阿拉木圖舉行了第四輪塔吉克內部會談。5月17日～19日，塔總統拉赫莫諾夫與塔伊斯蘭複興運動主席努裏在喀布爾舉行了會談。雙方同意將停火期限再延到8月26日。
6月16日，安理會一致通過第999號決議，聯塔觀察團的任務期限延長到12月15日為止。決議還促請塔交戰雙方加快民族和解的進程。
聯合國塔吉克斯坦觀察團目前仍在執行著它的使命，塔吉克斯坦局勢依然動蕩不安。
§§第十三章 聯合國呼喚改革大行動