但從1925年起，便傳出該島神秘莫測，來往船隻莫名其妙地突然失蹤，連船骸和遇難者屍體也無蹤影。美國政府為了弄清出事原因，曾派一個海洋調查組對該海域進行考察。但在備航期間，又發生了一件令人驚訝的事：1937年3月，巴西一艘大貨輪在豪蘭島海域，又莫名其妙地失蹤。美國不得不宣布推遲海洋調查船出發的時間。
美國當局了解到伊爾哈特小姐的飛行路線要經過豪蘭島到夏威夷，便將在豪蘭島上空的部分測量任務委托她去完成，伊爾哈特小姐答應了。
伊爾哈特小姐計劃7月1日從萊城起飛，不著陸飛行4200千米到達豪蘭島。正當她起飛時，天氣突然變壞，她被迫推遲起飛時間。第二天，天氣晴朗，上午7時，她要準備飛了，一群記者簇擁著她在那架飛機跟前又拍照，又向她提出各種各樣的問題，她躊躇滿誌地回答，顯得輕鬆自信。她的飛機是波音洛基德型飛機，在當時來說性能是最好的。9時整，她駕機升空，離開了萊城。飛行開始很順利，無線電話聯係也正常。每隔30分鍾她與地麵聯係一次。她說：我在離豪蘭島500海裏上空。
豪蘭島上有美國軍用機場電台跟她保持聯係，再過一個小時伊爾哈特小姐就可到該島上空了。突然伊爾哈特小姐發出不安的呼叫：“我的飛機進入一種類似海綿體的‘濕海風肺腔’裏，這既不是天空，又不是海洋，而是一種混合物，有強大的磁場……我的飛機遇上濃霧，又像急劇上騰的蒸汽。我仍然看不到陸地……我的位置在豪蘭島以西160海裏……我的油料隻能飛半小時了。”幹擾越來越大，豪蘭島上電台報務員越來越聽不清伊爾哈特小姐的呼叫聲，當地時間19時12分，女飛行員與豪蘭島的聯係完全中斷，飛機莫名其妙地失蹤了。
豪蘭島上的人們萬分焦急，報務員不停地呼叫，可是聽不到伊爾哈特小姐一點聲音。人們趕緊在島上點起火堆，映得天空通紅，可是天空中什麼也沒有出現。從時間表上看，伊爾哈特駕駛的飛機此時油料已耗盡，都盼望她在豪蘭島上迫降，然而人們仰望半天，仍然萬籟俱寂，天空什麼飄浮物也沒有。一架飛機立即從豪蘭島機場騰空，向伊爾哈特小姐出事地點飛去。數十分鍾又返回機場，什麼也沒有發現。豪蘭島機場斷定她出事了，立即向夏威夷報告，並同時向豪蘭島四周海域艦船發出求救信號。
英國巡洋艦“埃齊勒斯”號首先接到求救信號，但很微弱，7月2日深夜又消失了。7月4日，美國一支太平洋艦隊離開珍珠港，前麵是輕巡洋艦，隨後是航空母艦“列克星敦”號，還有戰列艦“科羅拉多”號、“亞利桑那”號。美國政府還向其他國家發出幫助尋找女飛行員的請求。
7月6日晚8時，法國海洋調查船“聯盟”號突然聽到強烈的幹擾很大的求救信號，其中還有信號“K·H·A·Q”。這正是女飛行員飛機上的發報代號。豪蘭島上的電台，也突然收到伊爾哈特小姐的信號，並且說：“我在一個小島上……我的飛機在海上漂浮。”但強大的幹擾電磁波很快將信號掩沒。營救者斷定，伊爾哈特小姐還活著，但就是弄不清正確的方位。在這期間，美國還有兩家無線電愛好者的電台，也收到了伊爾哈特小姐的求救信號。
連續幾天搜索卻毫無結果，但法國的“聯盟”號海洋調查船，又先後兩次收到伊爾哈特小姐很弱的求救信號。“聯盟”號一次次發出呼叫信號：“如果你身體健康，並且在陸地，請發出4長聲。”“聯盟”號一次次重複呼叫，終於得到回聲。下午3時35分，“聯盟”號得到3長1短的信號。
營救者根據無線電信號，在豪蘭島、夏威夷和舊金山之間劃直線，交叉點就斷定是伊爾哈特小姐所在地。7月10日，當伊爾哈特小姐求救信號傳來時，有3艘營救艦船收到信號，當時根據信號計算，目標是在豪蘭島以北260海裏。事實上太平洋艦隊在這個區域已搜索過多遍，英國“梅比”號也一直沒有離開那片海域，他們沒有看到漂流物，也沒有收到求救信號。當“列克星敦”號航空母艦趕到此海域後，數十架飛機立即進行海上搜索，折騰了兩天兩夜，什麼也沒有發現。