隨後，周樟壽便以周樹人這個名字參加了考試。經過考試，作了一篇題為《武有七德論》的作文，周樹人考取了江南水師學堂試讀生。三個月後，周樹人正式補進三班，進的是管輪班，即後來的輪機科。原來，水師學堂分為三階段九年，初級班叫三班，中級班叫二班，高級班叫頭班，每三年升一級。全部課程都用英語教授，需要九年才能學完畢業。升到了頭班，那就是老資格學生了。
江南水師學堂始建於清光緒十六年（1890年），是清洋務派官僚創辦的。那時候，英國是世界上最先進的國家，學堂成立後，聘請的教師多半都是英國人，因此全部課程都是用英語授課，主要課程也是英文。除了英文，學堂也開漢語課程，不過講授的仍然是陳腐的古文。但不管怎麼樣，這個學堂的一切對周樹人來說都是新鮮有趣的。特別是，那個作為海軍學堂的獨特標誌——一根二十丈高的桅杆，引起了周樹人和許多學生的興趣。這根桅杆是為培養海軍作爬桅杆訓練用的，為了安全起見，在桅杆下麵裝有一張網。這根桅杆對那些喜愛運動的青年學生無疑是一種很好玩的，爬上桅杆頂部，可以看到獅子山，可以眺望莫愁湖。
在水師學堂裏，教師與學生、學生與學生之間的關係十分緊張。水師學堂是軍事學校，校長稱為總辦，照例是由後補道充任。總辦持有軍令，可以按軍法隨意處置學生。學堂裏實行高壓軍事化管理，給人一種難以透過氣來的壓抑感。一個駕馭班的學生陳保康因為作文中有老師一詞意存諷刺，被掛牌革除；另一個駕馭班的學生吳生因為穿響鞋（上海新產品紅皮底圓頭鞋）行走時吱吱有聲，被扣發贍銀，並被停發春間另加銀一兩。這兩件事雖然是以前方碩輔當總辦時發生的，但此種空氣一向都是有的。在學生之間等級觀念很重，年級不同待遇也不一樣，連教室的桌椅和宿舍的床鋪都有差別。高年級的學生瞧不起低年級的學生，老學生老資格架子很大，走起路來撐著臂肘大搖大擺像螃蟹一樣，高年級學生走在前麵，擋住去路絕不客氣，低年級學生是不敢超過去的。這些學生好像他們進了學堂就是高年級老資格，對於他們的自命不凡不自量力，周樹人覺得十分可笑，稱他們為“螃蟹式的名公巨卿”。學生如此封建，總辦和監督自然更甚。周樹人覺得，在那裏實在是不大合適，不過無法形容出來。“現在是發見了大致相近的字眼了，‘烏煙瘴氣’，庶幾乎其可也。”
水師學堂既然是“烏煙瘴氣”，周樹人在那裏隻學習了半年，於十月中旬回到了家裏。
附記：到江南水師學堂以後，周樟壽改名周樹人（字豫才），於是，二弟周櫆壽便改名周作人（字啟明或豈明），三弟周鬆壽則名叫周建人（字喬峰）。