僧道等分住各監，生死禍福，正在未定，不免憂疑揣測。管監官役風聲秘密，一些信息都無從探聽。遠處大半不知，隻有京城內外寺觀，這班沙彌小道，知道拿獲的緣由，又見了恩詔，也知乾綱獨斷，事難挽回，緣十九想要還俗。一時方丈庫房中失竊卷逃之案，層見疊出。管事的各顧幹係，具呈請緝，內中也有浮報贓數的。無如各衙門都是不理，大、宛二縣批駁出來；到兵司投呈，也是如此。不知勢頭的，又喊進刑部、都察院，均被吆喝出去，倘再糾纏，就拿下鎖禁。數日之內，把京城從林古刹，有財產金銀的，自相攪亂，弄得殘破零落，盜竊爭奪，趁火打劫，不約而同。各住持僧道，平日有些勢力，此時卻無法可施。西山妖道，當素臣誅藩時，已把大真人繆道殺卻，此時尚有其徒，能演龍虎蓮諸術，想出劫獄之法。初二晚上，刑部監門邊忽然亂嚷起來，監內犯人應聲而出，攀柵扭鐐，齊心反獄。正在鬧不可開交，提牢、司員、司獄宮忙稟堂上，飛簽知照九門，派兵彈壓。霎時以神、雲北各率兵至，望著監門喊殺進來。隻見遊龍夭矯，張牙舞爪，噓雲而眾目皆迷；猛虎咆哮，擺尾搖頭，呼風而不寒亦慄；橫飛烈焰，著處成灰；絢爛番蓮，開來幻色。這些守監人役並衙中差役，哄攏觀看，不下百餘人，個個遠立，不敢近前逼視。聽那三兩個道士，在熱鬧場中踏罡念咒，作些妖法。
二將本不信邪，又聞素臣戰敗喇嘛故事，按準念頭，揮兵直入。以神掄起大斧，雲北掣出雙刀，望著龍虎便砍，初時猶作吞吐攫拿之狀，直撲二將。恰被以神一斧劈去，把一龍頭劈下，那龍身飄飄忽忽，跌墜地上，看是青色紙繪出泥金鱗甲，綴以紅黃紙條，當作髺鬣。兵士覷得清楚，奮力砍殺。那道士見邪術已破，咒語不靈，一應青龍白虎，火焰蓮花，被五百名兵士刀槍攪亂，俱變作紙糊泥塊，紛紛落下。三個道士被圍在內，登時繩捆索綁起來、監役等亦進監查視，檢點人犯，一個不少。有幾名扭斷手銬的，重新整換刑具。監牢官問過新獲三名姓氏，將他一齊收進內監。
自此京城僧道中，並無一個會弄法的，不敢再萌劫獄之念了。過了初五日，各理刑衙門，將監禁僧道，分日推鞫，錄出口供，奏請辦理。素臣連日入朝，與閣臣商議，將施行善後各條，斟酌妥當，頒發天下。其京城內外專觀，由兵馬司、大、宛兩縣暫派兵役看守，候各省查覆寺觀僧道數目到日，降旨施行。
恭理處於正月二十日具奏，山陵使朱鎮報稱，茂陵寶城神路，石橋碑題，一律工竣，請天子行謁陵之禮。禮部擇吉，閏正月初一啟鑾，初三日行禮，特旨命素臣扈駕，其餘諸王、宗室、公、候、駙馬、伯、儀賓暨禮部、光祿、鴻臚、尚寶各衙門有執行事官員皆從。召南部兵部尚書馬文升為左都禦史，文麟、文龍、東方旭、連城輪流入閣，隨同洪、李、劉、謝四人留京辦事、禁衛各軍之外，五府九門兵將概免扈蹕，命以神、雲北二將巡察監獄，以備不虞。
素臣遂於是日拜辭水夫人，吩咐諸子及金硯、成全、代波三人，自已帶領文勤、文敏、文恭、文慎並男飛卒十人，輕騎素眼，先出厚載門，候駕同行。數日之內，京城中十分安貼，單有背黃抄化的窮苦僧尼，急於謀食，依然沿街討乞，城中百姓見了，都要執送司坊，未免羅唕。後經五城派差，押赴粥廠暖房住著，不得在市中乞食，方始安靜、正是：
古寺曉沈傳粥鼓，沿街響絕化緣魚。
且說馬負圖當素臣譴戍之日，引為知已，而除滅二氏，更其素心，自素臣立功，己亦與受殊賞，以部曹特擢侍郎。方計素臣必作《原道》一篇文字，崇正辟邪之功，亦得追隨其後。詎獅吼一驚，忽發異疾，眼見此事不行，無複澄清之望。惟天子聖明，姑待將來，或有可乘之勢而已。天子自那年論功行賞之後，於朝日中特契二人，其一即三原，已授禮部待郎；因念南方兵製，承平日久，壞敗已極，倭人猖抓，職此之由。自文龍整頓河西、漸、閩，燦然可觀，而南直尚無知兵之人，故升負圖為南京兵部尚書。木秀複叛，沿海搶劫，江南戒備甚嚴，不能肆誌，負圖之力也！此時知素臣病愈，不禁大喜過望！及聞內召之命，急不能待，次日即行。天子初六日回鑾，負圖到京，次日入進謝恩。未及到任，忙至府中相訪。素臣出見，各道饑渴，論述往事，慨歎了一回。素臣取出條款請教，負圖展開看時，共是十二條：
一、裁革天下僧官、道官，自僧籙司左右善世，道籙司左右正一以下，一概革除；其僧道有泰勒封名號者、追回敕書，所賜紫衣寶朝繳銷貯庫。
一、番僧喇嘛，紅黃—教，自元朝由蒙古國俗尊奉封賞，始有按年輪流進京朝賀之例，本前相因未改；其自宏治元年為始，停止朝賀。
一、龍虎山真人世襲，自宏治元年為始，停止冊封，該真人亦無庸進京朝賀，聽候歸入善後辦理。
一、各直省凡有寺觀幾處，除城隍、土穀、文武廟，非二氏教者，各督撫分飭所屬府州廳縣衛查明數目，詳奏施行，應天、順天由府尹辦理。
一、城隍、土穀、文武廟，暨功德及民，列入祀典者，其後殿旁廡，如有住持僧道，供奉佛天尊塑像者，亦分飭查勘數目冊報。
一、僧寺道觀之處，女尼道姑焚修庵堂，暨帶發修行，托名教會，誦經募化，符咒醫病，凡涉釋、道二教者，無論廟宇、家堂、但供神佛像位者，亦一體由地方官查明冊報。
一、寺觀田產房屋，隨同僧道尼姑人數，一律查明冊報。
一、向來剃度僧道，由僧綱、遵紀司稟縣立案，自宏治元年起，一概不準剃度。其孤貧無依自願出家者，奉文之後，地方官出示曉諭，各寺觀均不準收留。應暫歸各本處救濟孤老諸善堂收養，俟有善後章程，再行辦理。
一、自奉文之日為始，地方官即出示嚴禁，外來遊方僧道不得人境；各所屬城鄉寺觀僧道亦不得出境朝山幕化，以憑各就界限，確查人數；其已在境內沿街抄化者，分別押送寺觀，暫行安頓。
一、自奉文出示之日起，各專觀庵堂中人，除早晚出入兩次外，不準擅自出外，聽候稽查；民間喪事超亡，生日祝壽，均不準延請僧道禮懺；該地方官察得專觀向無存儲糧食，專籍經懺度日者，另冊登記，每日每口配給口糧米若幹，俟善後開辦，作正開銷，仍不得濫支冒給。
一、自本文出示之日起，無論軍民人家，如有供奉釋、道二教神佛者，均令毀廢；若愚民敬信，不敢焚棄，移送寺觀，亦聽其使；法器經卷．亦一律不準私藏。
一、自奉文出示之日起，各城鄉市鎮所賣寺觀所需、僧道所用之物，如衣服冠履、木魚鐃鈸之類，以及印造經卷、雕塑佛像之店，一切已成之物，均繳送地方衙門，由官本前給資本，侯善後開辦，作正開銷。
素臣國指與負圖道：“此十二條，皆人手稽查之法，其節目較繁，總須各省查造數目，奏報進來，方可逐事施行。惟京城內拿禁許多僧道，稽遲太久，恐有來便。昨聞聖意，擬將前後章程一並發出，二月初一日，即先從京城辦起，以後各省報到，隨時準行。並密令邊省，於查造具奏之後，即照善後章程次第興辦，不必再俟諭旨。如此，則遠近畫一，時候不甚參差，而邪僧妖道，亦無躲閃之法矣！”負圖連聲稱善。因把那本展開再看：
一、僧寺道觀，分別等第，酌量改作。其有田產花業者，仍隨房屋充作善居；若房屋卑隘，並無產業者，地方官分別拆毀；係人家自造者，歸原主管業。其第一等叢林洞府，改建書院、義塾及先覺、正氣、遺愛各祠堂，或作育嬰、養老諸院、各視房屋大小，產業多寡，分別辦理；第二等寺觀，改建工藝公局，及冬夏之月施舍衣粥村藥善堂，亦視大小多寡辦理；第三等寺觀，各以坐落地方所宜增置善舉之處，察看定奪。
一、寺觀既分三等酌留改作，其委巷隙地，隨便構築之小廟院．本係貧苦僧尼募化棲止之所，亦無財產，不合充作善舉之用，一律拆毀，該地方紳民保長不得阻撓；其紳宦家孤寡男婦，晚年習靜居處，技修有所，原謂家庵，即令本家收回；如無本家，責成宗族；並無宗族，始由官辦。有財產亦一樣充拔善舉。
一、名山古跡，紺宇琳宮，藉為點綴。如去城較遠，不合一切善舉之用，改為祠堂，各以地方名宦鄉賢，入祠奉祀；此等處所，不須經費，所有原隸寺觀收息之四房各業，撥充他處善舉。
一、嗣後一切寺觀，或廢或改，並無僧道尼姑住持之所，其不在禁例之至聖廟以外，如文武廟、風雪水火龍神一切報本反始之祭，及城隍、土穀等廟，向來亦以僧道專司香火者，其後殿旁廡往往雜供佛像仙真，均宜拆毀。
一、寺觀僧道數目查明辦理，亦分等第處置，地方官於查造之後，即行昭告：如僧道中平素作惡害民、及民間不拘奸淫誘騙、倚勢橫行、訛詐錢財、左道惑眾，但有實跡可指者，準軍民人等各赴地方官呈訴，立即拘拿，訊實重懲；此外不過茹素念經，未犯罪案，或自動出家，或因貧遁跡，昏作平人論，既不許其為僧為道，自應開其生路，籌畫教養，俾為良民。除有家室親屬呈請還俗者，聽其自去之外，一改寺觀為養濟院，凡僧道尼姑年六十以上，龍鍾衰頹，不能任事者，概送院中養贍，以終餘年。一改寺觀為工藝局，收留僧道，養而兼教，分有三等：年三十至四十者，學習力作工藝；四十至五十者，力不及學，合作細巧輕易手藝；五十至六十者，筋力愈衰，令作最輕易手藝。以上三等，各因其材而從其願，惟不得閑居無事。學至成功，力足自給，準其出院，各就生業；不能成功，不能就業，年滿六十，進入養濟院。所有章程，另方專條，隨同刊發辦理。自十五歲以上，三十以下，分別性質，從優教育，如聰明俊秀，曾讀書識字，粗通文義者，入書院教導；勤能樸實，未經讀書識字者，分派各店鋪工作習業；其十五以下，無論沙彌道童，均送義塾讀書。所有書院、義塾章程，亦專條刊發。以上處分內，尼姑道姑除年老應入養濟院以外，四十歲以下，或為傭婦，或願擇配，十五歲以下，或領作養媳，均由地方官察看情形，慎重辦理。
一、各僧道尼姑，無論年紀大小，自願仍歸俗家者，悉聽其使。地方官派人探詢，必須本人之父母、妻子、丈夫、翁姑，或房族長輩到堂認領，與本人親供吻合者，方準具狀領去。如領後仍有流落無依情事，追究認領之人。
一、各僧道尼姑，無決仍歸俗家及在官設養教各處，均改服俗家冠服，不得仍作釋道裝束，僧尼等一樣蓄發。
一、各寺觀私蓄銀錢等貨，自官查之後，該僧道等不得私自移藏，聽候留撥，悉充善舉。
一、各寺觀房之內，除動用諸器無幹禁例，其餘法事莊嚴音樂及僧衣僧帽，凡釋道二教專用之物，均應毀棄，如民間私藏者，一律繳官，量予賞銀，或自行銷毀，悉聽其便。
一、各寺觀塑像，除土木偶彩繪畫幅應毀壞，其銅鑄神佛像，由地方官解司，發錢熔鑄；如民間有供奉銅像神像，亦令繳官給價。
一、各寺觀改各項各舉，以寺觀之財產教養僧道，如經費有餘，即可擴充，凡民間貧苦之家，無力讀書習業，及老年失養、婦女願守節者，酌量兼收於養濟院一項之內，並添設恤嫠善局，永以為例。
一、自宏治元年為始，天下州縣不準剃度，如有民間貧苦疾老、無依無養之人，自有養濟院收留，不得以看破世故擅作出家之想，或學僧道行徑，或就家中焚修。嗣後凡私立教會者，以謀反治罪；擅建佛堂，受戒修行者，照邪都為首例；私藏經卷，茹素供用者，照左道惑眾例。
一、除滅邪教 先正人心，鄉愚無知，狃於習俗，誹謗驚駭，在所不免；地萬官酌量改革。凡鄉間寺觀為各項善舉之所，宜派正經紳士，齒尊望重鄉耆，開設講堂，力闡崇正辟邪之旨。該地方官隨時考察，限以年月，如在限內化導有方，著為成效者，具詳保舉。
一、自奉文這日起，予限一個月，查明冊報；即自冊報之後，予限五個月，即將以上善後事宜，次第興辦。各府府尹督撫查所屬辦理遲速，隨時奏聞，分別勸懲；其各項善舉條目，發府尹督撫轉飭遵照，不得逾一月以外。
負圖看畢，大喜道：‘如此施行，二氏安有不絕根株者耶？弟素有此誌，惟嫌僧道太多，禁絕之後，無從安頓。且二千年來人心陷溺，彼教中忠臣義士，未始無人；一旦形格勢禁，難免倔強不服，若事刑求，又傷天地之和。弟故籌思再三，迄無兩盡之道。”
素臣道：“二氏之所以繁衍者，以遊食之民，藉為淵藪耳。雖終身唪誦，無非假此為圖衣食，獨取金銀財帛耳！其實彼教宗旨，統天下僧道計之，能有幾人通曉？所以難者，禁革之後，此輩無地可容，適足為患！今以寺觀之所有，養還俗之僧道。衰老者得溫飽以終天年，壯盛音有事業以希未路，則彼不過改換頭麵，並無所苦，何至起而作難？至於妖言幻術，惑騙世人，其罪本不在赦；誅其諗惡者數人，亦國家法令所宜，何傷和之有哉？試觀京城內外，自除夕拿禁僧道之後，寺觀中自相爭奪卷逃，日日有之。可見彼教一敗，判亡者十九，而倔強者十一也。夫卷逃之人必舍此而適彼，今天下寺觀都改善舉處所，則彼欲仍為僧道而不得，必挾其發財以求為良民矣。故查明寺觀財產，僧道數目之後，如彼中有畏罪自去者，地方官究之可；縱之亦可。此條尚須密行各省，令州縣酌量辦理，但不宜明白宣示，以導叛亡耳！至逃出之後，或有氣質剛狠、桀驁難馴者，未免嘯聚為亂，此又宜責成州縣嚴查保甲。不願留者，善為遣發；願留者，安頓營生；無力者，收養教習。不分畛域，節節防閑，自無他患！”