“世尊！有諸眾生，信根不具，聞說諸佛甚深行處，作是思惟：雲何但念藥師琉璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利？由此不信，返生誹謗。彼於長夜失大利樂，墮諸惡趣，流轉無窮！”
佛告阿難：“是諸有情若聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，不生疑惑，墮惡趣者無有是處”。
“阿難！此是諸佛甚深所行，難可信解；汝今能受，當知皆是如來威力。阿難！一切聲聞、獨覺，及未登地諸菩薩等，皆悉不能如實信解，唯除一生所係菩薩。阿難！人身難得；於三寶中，信敬尊重，亦難可得；聞世尊藥師琉璃光如來名號，複難於是”。
“阿難！彼藥師琉璃光如來，無量菩薩行，無量善巧方便，無量廣大願；我若一劫，若一劫餘而廣說者，劫可速盡，彼佛行願，善巧方便無有盡也！”
爾時、眾中，有一菩薩摩訶薩，名曰救脫，即從座起，偏袒一肩，右膝著地，曲躬合掌而白佛言：“大德世尊！像法轉時，有諸眾生為種種患之所困厄，長病贏瘦，不能飲食，喉唇幹燥，見諸方暗，死相現則，父母、親屬、朋友、知識啼泣圍繞；然彼自身臥在本處，見琰魔使，引其神識至於琰魔法王之前。然諸有情，有俱生神，隨其所作若罪若福，皆具書之，盡持授與琰魔法王。爾時、彼王推問其人，計算所作，隨其罪福而處斷之。時彼病人，親屬、知識，若能為彼歸依世尊藥師琉璃光如來，請諸眾僧，轉讀此經，然七層之燈，懸五色續命神旛，或有是處彼識得還，如在夢中明了自見。或經七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼識還時，如從夢覺，皆自憶知善不善業所得果報；由自證見業果報故，乃至命難，亦不造作諸惡之業。是故淨信善男子善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號，隨力所能，恭敬供養”。
爾時、阿難問救脫菩薩曰：“善男子！應雲何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來？續命旛燈複雲何造”？救脫菩薩言：“大德！若有病人，欲脫病苦，當為其人，七日七夜受持八分齋戒。應以飲食及餘資具，隨力所辦，供養苾芻僧。晝夜六時，禮拜行道，供養彼世尊藥師琉璃光如來。讀誦此經四十九遍，然四十九燈；造彼如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量大如車輪，乃至四十九日光明不絕。造五色彩旛，長四十九傑手，應放雜類眾生至四十九，可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持”。
“複次、阿難！若刹帝利、灌頂王等，災難起時，所謂：人眾疾疫難，他國侵逼難，自界叛逆難，星宿變怪難，日月薄蝕難，非時風雨難，過時不雨難。彼刹帝利灌頂王等，爾時應於一切有情起慈悲心，赦諸係閉。依前所說供養之法，供養彼世尊藥師琉璃光如來。由此善根及彼如來本願力故，令其國界即得安隱，風雨順時，穀稼成熟，一切有情無病歡樂。於其國中，無有暴惡藥叉等神惱有情者，一切惡相皆即隱沒；而刹帝利灌頂王等壽命色力，無病自在，皆得增益”。
“阿難！若帝後、妃主，儲君、王子，大臣、輔相，中宮、彩女，百官、黎庶，為病所苦，及餘厄難；亦應造立五色神旛，然燈續明，放諸生命，散雜色花，燒眾名香；病得除愈，眾難解脫”。
爾時，阿難問救脫菩薩言：“善男子！雲何已盡之命而可增益”？救脫菩薩言：“大德！汝豈不聞如來說有九橫死耶？是故勸造續命旛燈，修諸福德，以修福故，盡其壽命不經苦患”。阿難問言：“九橫雲何”？救脫菩薩言：“若諸有情，得病雖輕，然無醫藥及看病者，設複遇醫，授以非藥，實不應死而便橫死。又信世間邪魔、外道妖孽之師妄說禍福，便生恐動，心不自正，卜問覓禍，殺種種眾生，解奏神明，呼諸魍魎，請乞福佑，欲冀延年，終不能得。愚癡迷惑，信邪倒見，遂令橫死入於地獄，無有出期，是名初橫。二者、橫被王法之所誅戮。三者、畋獵嬉戲，耽淫嗜酒，放逸無度，橫為非人奪其精氣。四者、橫為火焚。五者、橫為水溺。六者、橫為種種惡獸所啖。七者、橫墮山崖。八者、橫為毒藥、厭禱、咒詛、起屍鬼等之所中害。九者、饑渴所困，不得飲食而便橫死。是為如來略說橫死，有此九種，其餘複有無量諸橫，難可具說！
“複次、阿難！彼琰魔王主領世間名籍之記，若諸有情，不孝五逆，破辱三寶，壞君臣法，毀於性戒，琰魔法王隨罪輕重，考而罰之。是故我今勸諸有情，然燈造旛，放生修福，令度苦厄，不遭眾難”。
爾時、眾中有十二藥叉大將，俱在會坐，所謂：宮毗羅大將，伐折羅大將，迷企羅大將，安底羅大將，頞你羅大將，珊底羅大將，因達羅大將，波夷羅大將，摩虎羅大將，真達羅大將，招杜羅大將，毗羯魔大將：此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉，以為眷屬。
同時舉聲白佛言：“世尊！我等今者蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不複更有惡趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利，饒益安樂。隨於何等村城圍邑，空閑林中，若有流布此經，或複受持藥師琉璃光如來名號恭敬供養者，我等眷屬衛護是人，皆使解脫一切苦難，諸有願求悉令滿足。或有疾厄求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷，結我名字，得如願已，然後解結”。
爾時、世尊讚諸藥叉大將言：“善哉！善哉！大藥叉將！汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情”。
爾時、阿難白佛言：“世尊！當何名此法門？我等雲何奉持？”佛告阿難：此法門名說藥師琉璃光如來本願功德；亦名說十二神將饒益有情結願神咒；亦名拔除一切業障；應如是持”！
時薄伽梵，說是語已，諸菩薩摩訶薩，及大聲聞，國王、大臣、婆羅門、居士、天龍、藥叉、健達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽、人、非人等一切大眾，聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行。