然而，這一時期我國的海洋自然保護主要是針對海洋經濟生物的繁殖保護。如為保護大黃魚的產卵群體，福建省人民政府1985年設立了官洋井大黃魚繁殖保護區；為保護海蚌資源，同年福建省批準成立了長樂海蚌資源保護區。1977年以來，台灣省也先後在台北、宜蘭、基隆、屏東、花蓮、台東等9個縣市沿海建立了18處魚、貝、藻類資源的繁殖保護區。而從保護海洋環境和海洋生態角度進行的海洋自然保護則做得不夠。這期間盡管某些海區也在個別岸段或島嶼設立了一些自然保護區，其本質隻能說是陸地自然保護區的延伸。
20世紀80年代，是我國自然保護事業，也是我國海洋自然保護工作大發展的年代，特別是1987年國務院環境保護委員會發布了《中國自然保護綱要》，大大推動了自然保護工作的進程。截至1988年5月，全國自然保護區已超過500處，總麵積22萬平方千米，占國土總麵積的2.47%。海洋自然保護區也紛紛建立。
截至1996年，我國已批準建設的自然保護區中，屬於海洋類型的有60處，其中1979年前建設的隻有2處，80年代以來建立了58處，而1991～1996年就批準建立了29處。上述60處海洋自然保護區中，國家級的15處，省級26處，市縣級16處，保護區的麵積近130萬公頃，分布在沿海各省、直轄市和自治區。
我國的海洋自然保護區雖然建立時間不長，然而經過短短幾年的努力，已經明顯地顯示出其生命力和在保護海洋環境以及海洋自然資源中的作用。例如，江蘇鹽城地區的沿海珍禽自然保護區麵積已經發展到350多萬平方千米，其中240多萬平方千米為禁獵和鳥類試驗區，其中又有30多萬平方千米緩衝區和10多萬平方千米核心區。鳥類已由保護前的100多種，上升到361種，總數達到500多萬隻。丹頂鶴也由80年代初的不足200隻發展到上千隻。再如廣東惠東縣1983年前海龜僅剩幾十隻，建區後到1989年已增至2萬多隻，海龜的易地孵化率也達到92.8%。然而，我們不能不看到我們麵臨著巨大的挑戰。一方麵，我國人口眾多，生產力水平不高，必須加快海洋資源的開發和建設，這無疑對海洋環境的壓力將越來越大；另一方麵，我國的海洋生態自然環境和資源已遭到嚴重破壞，急需建立保護區休養生息。因此處理好這一對矛盾無論對加快我國海洋開發事業的發展，還是對保護好海洋環境的健康狀況都是至關重要的。
紅樹林保護區
1.福田國家級紅樹林鳥類自然保護區
福田國家級紅樹林鳥類自然保護區位於深圳灣北東岸深圳河口，麵積368公頃，是我國唯一位於市區，麵積最小的自然保護區，也被國外生態專家稱為“袖珍型的保護區”。福田國家級紅樹林鳥類自然保護區雖然很小，但是每年都有白琴鷺、黑嘴鷗、小青腳鷸等189種，上10萬隻候鳥南遷於此歇腳或過冬。保護區內除紅樹林植物群落外，另外，還有其他55種植物，千姿百態。成為深圳市區內的一條綠色長廊，它背靠美麗寬廣的濱海大道，與濱海生態公園連為一體，麵向碧波蕩漾的深圳灣，不僅是鳥類棲息嬉戲的天堂、植物的王國，也是人們踏青、賞鳥、觀海、體驗自然風情的好去處。
深圳福田紅樹林保護區是1984年正式創建的，創建時的總麵積為 304公頃。並且隻有一條道路通到這裏，當地的漁民在這裏利用沿襲下來的基圍魚塘養魚，然後就是大片大片的天然紅樹林、果園和其他天然林。1986年，世界野生生物（國際）基金會主席、英國女王的丈夫菲利普親王訪華時，特意南下深圳，登上紅樹林的觀鳥亭，飽覽深圳灣濕地風光。後來，丹麥野生生物基金會主席、丹麥女王的丈夫亨裏克親王也興致勃勃地到此觀鳥，並將紅樹林稱為“綠色明珠”。
2.海南省清瀾港紅樹林保護區
海南省清瀾港紅樹林保護區是世界海拔最低的森林，也是保護最為完整的紅樹林。該保護區地處文昌市的清瀾港沿岸一帶。保護麵積達2948平方公頃，有林麵積達2732平方公頃。該保護區於1981年開始創建，原為縣級，後來變為省級自然保護區。該保護區的林木麵積大，而且樹林年齡長，許多林相顯示了原生林的特征。如有海蓮林樹齡達百年以上，調查中有的胸徑達1.2米，林內結構複雜，有不少附生植物和藤本植物分布其間。保護區範圍內除了有同東寨港基本相同的紅樹植物種類外，還有獨特的成片紅樹林子，沿著霞村的岸邊形成雄偉的景觀。木果核在這裏可以看到小片的群落。木果核的蛇狀呼吸根在這裏有典型的表現。海桑屬的4個種，即海桑、杯尊海桑、大葉海桑和海南海桑在這裏都有自然分布，其筍狀呼吸根形成這些種類的明顯待色。現在該保護區不僅是重要的旅遊景點，而且具有很高的科研價值。
3.漳江口紅樹林國家級自然保護區