身為校長的梅貽琦，對清華的一草一木寄有深情。對“清華基金”，他更視為命根子。1949年後他在美負責管理這筆基金。葉公超每到紐約都去看他，勸他回台，把清華的這筆錢用到台灣。他每次都說：“我一定來，不過我對清華的錢，總要想出更好的用法來我才回去。”因他不願用這筆錢拿到台灣蓋大樓、裝潢門麵，他想用在科學研究上。因此，台灣有人罵他“守財奴”，他也不在乎。1955年他終於找到“更好的用法”，他到台後，把這筆款子用在籌建清華原子科學研究所和新竹清華大學上。
晚年的梅貽琦患病住院，無力支付醫藥費。而在他病桌旁始終有隻從不離身的手提包。在梅貽琦去世後，夫人韓詠華打開包一看，竟是清華基金的曆年賬目，一筆一筆，清清楚楚，在場者無不動容。
梅貽琦愛廬，亦愛廬內的同仁、朋友。
聞一多被害，令他悲憤欲絕。“日間披閱兩校公事頗忙。夕五點餘潘太太跑入告一多被槍殺，其子重傷消息，驚愕不知所謂。蓋日來情形極不佳，此類事可能繼李後再出現，而一多近來之行動又最有招致之可能，但一旦可竟實現；而察其當時情形，以多人圍擊，必欲致之於死，此何其仇恨，何等陰謀，殊使人痛惜而更為來日懼爾。急尋世昌使往聞家照料，請勉仲往警備司令部，要其注意其他同仁安全……”
梅貽琦為防止類似慘案發生，旋將潘光旦夫婦、費孝通一家和張奚若安排到美駐昆明領事館避險。他一麵妥善安排聞一多的善後，一麵向當局交涉追查凶手，向報界發表談話，揭露特務的罪行。
潘光旦是清華的教務長，梅貽琦的老同事、老朋友。1936年2月29日，警察局到清華大搜捕，逮捕數十位無辜的同學。學生們誤認為是潘光旦向當局提供的名單，圍攻潘。潘是殘疾人，一隻腿，雙拐被丟在地，隻能用一隻腿保持身體平衡。梅貽琦覺得他是一校之長，不能讓朋友代己受過。他挺身說：“你們要打人，來打我好啦。你們如果認為學校把名單交給外麵的人，那是由我負責。”他對情緒激動的同學們說：“晚上，來勢太大，你們領頭的人出了事可以規避，我做校長的是不能退避的。人家逼著要學生住宿的名單，我能不給嗎？我隻好抱歉地給了他們一份去年的名單，我告訴他們可能名字和住處是不大準確的。……你們還要逞強逞英雄的話，我很難了。不過今後如果你們信任學校的措施與領導，我當然負責保釋所有被捕的同學，維護學術上的獨立。”
吳晗教授思想活躍，當局曾令清華解聘吳晗。梅貽琦一麵拒絕，一麵悄悄地通知吳晗離去。
梅貽琦愛生如子。他說：“學生沒有壞的，壞學生都是教壞的。”
國難當頭，學生運動迭起。梅貽琦完全理解、同情學生的愛國熱忱。他以超人的冷靜維持穩定局麵。學生進城遊行後，梅貽琦派卡車把同學接回。對當局逮捕、開除學生，他總想方設法予以保護。或通知可能要遭逮捕的學生立即離校。一次為掩護郭德遠同學脫險，甚至同意把他藏在自己的汽車裏偷運出去(未實施)。有學生被逮捕，他總費盡周折去保釋。學生們也很體諒梅貽琦，每要鬧學潮時，又怕影響梅校長的地位，總要先貼出擁戴梅校長的大標語。對梅貽琦與警察局周旋嗬護學生的行跡，學生們模仿梅校長的口吻，編了一首順口溜：
大概或者也許是，不過我們不敢說。
傳聞可能有什麼，恐怕仿佛不見得。