另外，民本思想在黃現璠的史學思想中也占有重要的位置，對中華民族的熱愛，對本民族（壯族）興衰命運的關懷，使他窮半生之力，傾盡心血，不辭勞苦地投入到壯族史學研究中。一生數十次帶隊深入廣西各少數民族地區，與他們同吃同住，了解他們的疾苦，為他們呐喊申冤。
1956年他在出席全國人大一屆三次會議後，就壯族問題征求周恩來總理的意見，在周總理的啟發和鼓勵下，著手編著《廣西壯族簡史》，翌年出版。
1957年，他被錯劃為全國96名典型右派之一，其中一條罪名就是“狹隘的民族主義者”。盡管如此，並未絲毫影響、動搖過他研究壯族曆史的熱情，在《廣西壯族簡史》一書的基礎上約經20餘年不斷研究、補充、修改，他最終完成《壯族通史》編寫提綱及部分編著。他逝世後，由其學生黃增慶、張一民根據他的民族史觀和資料整理出版，成70萬餘字的著作。書中結束語說道：“總之，壯族作為中華民族大家庭中的一個成員，像其他兄弟民族一樣，對自己的祖國作出了應有的貢獻。廣大壯族人民深深地認識到：我國各民族‘宜合不宜分’，‘合則互利，分則俱傷’；各民族間的團結合作，是民族間共同根本利益所在，也是各民族人民的共同願望。”“宜合不宜分”正是民族史觀的精髓。他的民族思想並非單純的民族主義。在中華民族與外來侵略者的民族關係中，他旗幟鮮明地站在中華民族立場上，口珠筆伐侵略者；在中華民族內部各民族間的關係問題上，他主張“宜合不宜分”，正確處理了個體與群體的關係，賦予了“宜合下宜分”這一命題重大的曆史意義和現實意義。
黃現璠的史學思想包含著他的經世史觀，民本思想，民族思想。盡管這一思想缺少曆史哲學高度的理論概括，並未構成體係，但卻閃爍著他經世濟民，愛憎分明，對國家民族熱情至深的思想火花。
黃現璠一生治史，可以劃為三個時期，即早期側重於中國古代史、中古史研究，中年轉而從事民俗史研究，解放後，著重於少數民族史研究。這樣劃分，嚴格地說是指各時期側重點不同，並無明確的界線。
考據是中國曆史學中一種重要的研究方法，黃現璠治史，頗重考據。但他已不再像“清代經生，囿於小學，疏於史事”那樣，“隻是向紙上與古人爭訓詁形聲，傳注駁雜，援據群籍”，皓首窮經，醉心於孤立瑣碎的考據，置當世之務而不顧，而是取其精華，去其糟粕，繼承乾嘉學者的嚴謹治學方法，著重從事疏通史事的考證。黃現璠這一治學方法，在他撰述發表的有關我國禮節、坐俗、服飾、飲茶、吸煙、食器等之起源、演變、傳播方麵的大量論文中以及曆經40餘年，通過不斷研究、補充、修改，至81歲完成的三大卷《我國人民起居衣食生活之演變》遺著中都有全麵、具體的反映。在具體撰述時，他始終遵從老師陳垣“竭澤而漁”（指對材料的搜集要力求完備）的教誨，將根尋史源視為考證的重要環節，堅持“疑者缺焉”，廣稽博證，言之有據，多次指出了古代考據名家段玉裁等人的錯誤。
1962年初，黃現璠摘掉右派分子帽子，重登大學講壇後，有感於當時廣西師院曆史係學生在古文基礎知識上過於薄弱，為了提高學生對古文解讀的能力，他在授課之餘，撰述了《古書解讀入門》一書，自費托師院教材部油印500冊，相繼分送給學生，以便加強學生的古文基礎知識，黃現璠把古文字學、考據學當作曆史學中十分重要的治學方法，由此可見一斑。
新中國成立後，黃現璠研究的重心轉到少數民族史上，尤對本民族（壯族）史傾注入心血，十分重視收集殘存於少數民族地區及土司手中的原始史料。這是因為少數民族一般保存著語言，而少有文字，曆代有關少數民族文化、曆史記載的書籍大都為漢語書籍，其記載頗多歧視歪曲及訛傳。這就使得從事少數民族史研究尤為困難，須作實地調查，收集第一手資料。為此，1943年8月，他帶領中山大學學生到廣西龍勝、三江等縣，1945年4月，帶領廣西大學學生，組成“黔桂邊民考察團”赴貴州榕江大有鄉一帶，同年9月，帶領助手到廣西融縣，分別考察了黔桂邊區少數民族生活、教育、行政、婚姻等方麵狀況。三次曆時約1年之久，與“蜷伏於荒山長穀之中，度其黯淡非人生之生活”的少數民族同吃同住、食不飽腹、夜無臥具，十分艱辛地收集到大量原始史料。後將一部分整理成文，以《黔桂邊民教育散記》、《黔桂邊民社會組織的民主政治》為題，連載於《廣西日報》（桂林版）上，還將考察情況當麵向廣西省政府主席黃旭初彙報，提請政府改善其落後狀況。1951年6月，黃現璠參加中央民族訪問團，任廣西分團副團長，與團長費孝通教授等一行，深入廣西少數民族地區慰問，了解到壯族在廣西的實際分布情況，並獲得有關史料。1953年6月，他在桂西壯族自治區人民政府和文教局的大力支持下，在西大校長楊東蓴的配合下，組成並帶領“廣西曆史文物工作組”深入到宜山、南丹、河池、羅城等縣調查，收集到大量的第一手資料，以其中一部分整理出“羅城、河池縣少數民族情況調查報告”，呈報區人民政府，成為桂西壯族自治區製定各少數民族經濟、文化教育事業發展規劃的重要參考資料。1956年8月，他受全國人大之托，參與組建廣西少數民族社會曆史調查組，任副組長兼壯族組組長，實際負責全組工作，領導開展了廣西有史以來第一次大規模的、全麵的少數民族曆史調查工作，收集到大量原始資料，並整理提交了數十萬字的調查報告，力陳把廣西省改為廣西壯族自治區的必要性，從理論上為廣西的民族自治規劃提供了依據。1979年末和80年代初，“他以八十歲的老邁之軀，拄著拐杖，領著他的學生和助手，到本區的百色、靖西、寧明等地，還到了四川省的一些地方，去進行綜合考察並搜集資料。”從40年代中期至80年代初的約30餘年間，他曾大小數十次帶隊深入到廣西各少數民族地區考察，足跡踏遍整個廣西境內，收集到大量第一手史料，這為他解放後寫作有關少數民族史記以及出版《廣西壯族簡史》、《儂智高》、《壯族通史》作了充分的史料準備。就資料收集方法上而言，他不僅注意收集殘存於民間的文獻史料，還十分注意抄錄散見於各少數民族地區的石碑刻文以及詳細筆錄民間的口頭傳說、詩歌，對各少數民族地區的人口、生產、生活、教育、婚姻等方麵的現狀進行調查統計。就資料鑒別取舍上而言，他十分重視作綜合分析，將到手的資料與當時的曆史背景、社會狀況以及典章製度互相參證，仔細審別，力求材料的真實性。