《傷寒論》是仲景對古代臨床經驗的總結，具有很強的規律性。這些經驗的背後，隱藏著深刻的機理。認識這些機理，是掌握這些臨床經驗及其規律，並推廣到其他醫學領域的關鍵。疾病變化萬千，方藥不可勝計，不識機理者猶如刻舟求劍，治難中的。知病之機理，方藥隨手可得，效如桴鼓。自宋代以來，不斷有醫家為這一目的而努力，其著作已不可計數。由於中醫基礎理論自身的不完全，不少疑難之條的說理總在似是而非之間。有經驗者一見便知，不屑一顧；初入門者百讀不得其解，更難迅速應用於臨床。此書是在陰陽五行六氣一體化體係基礎上建立了整體係統論之後，對具體臨床機理進行闡釋的一部分。疾病變化不定，要掌握其變化法則，就應熟讀《素問評譯》、《探索中醫——陰陽五運六氣一體化新說及其臨床運用》，並掌握整體係統論的基本原理。若想用簡單的辦法來概述《傷寒論》機理，隻能是掛一漏萬，反而會節外生枝。讀者可逐條讀去，其法則自然顯於眼前。待你自己總結出規律後，庶可以見病知源，對臨床和理論都將有新的認識。
醫者均知六經，但對六經的本質、與六氣（體內正氣）的關係及其變化規律曆來不明確，在這裏概述以釋疑。
因為有六氣，才有六經。六經是六氣內達外布的通途。氣在脈外，血在脈內，氣行血行，所以六經雖是精氣布散的途徑，實統血脈在中。氣由天陽之氣、先天之腎氣、後天之脾氣經五髒六腑合化而成。同為一氣，為何六分之？三陰三陽也。即各髒腑氣血之量的比例不同、陰陽之質有差別，因時之旺而產生的正氣不一樣，於是形成六氣。氣機升降布散的途徑各異，於是有六經，合手足共十二經。厥陰之上風氣主之，作用為生發；少陽之上相火主之，作用為升發；太陽之上暑氣主之（原為寒水，與陰陽升降之理相悖），作用為散發；陽明之上燥氣主之，作用為收斂；太陰之上濕氣主之，作用為化成；少陰之上寒水主之（原為火氣主之，與陰陽之理不合），作用為蟄藏，這是生理作用。此書是研究病理的，為反常之變。太陽為陽氣最充足之經，主開，行身之背，即受太陽光亮最充足之經。人受寒則外邪必需使皮毛之孔閉塞才發病。毛孔為衛氣所行，閉則陽氣最外最多的太陽之暑氣內鬱，鬱則暑氣化熱。外寒內熱，故其人發熱惡寒。但人的體質不同，素體陽氣盛者鬱則熱化，即《素問·熱論》所言之熱病，亦今之溫病；素體陽氣虛者，陽雖鬱則不從熱化，僅僅是局部化熱。後者就是《傷寒論》研究的主要對象。所謂陽氣虛，是指陰氣偏盛、陽氣偏虛，或陰陽平和，但氣血水平較低的人。
傷寒的傳變規律，是以陽氣的量和質為先後順序的，三陰三陽的排列也是以陽與陰的量和質決定的。病理與生理是一致的，可是生理之氣是和氣，其作用是正氣；病理之氣是邪氣，其作用為反常之變。太陽為開，寒邪不傷太陽就不可能出現全身陰寒盛的惡寒證。太陽陽氣最盛，鬱則暑伏，於是太陽病。所以《傷寒論》以太陽為首，暑氣被鬱則發熱，但皮毛無陽而惡寒，出現寒熱交爭之象。太陽病是否傳變，以伏暑是否化熱為依據。至於傳入何經，則以何經之陽化熱為先後。少陽與陽明一升一降，少陽之陽由少升至壯而入太陽；陽明之陽從太陽來，極而衰減入太陰，二者之陽都可能與伏暑化熱相合為病。由於陽明是太陽極而衰傳入的，太陽受邪後，鬱暑化熱傳入陽明與燥氣相合最易，一般講，受邪第二天鬱暑就會化熱，陽熱不衰必與陽明之氣相合化為燥熱為患。燥熱消耗津液，輕者為白虎證，重者為腑實證。這就是陽明病的本質。若第二日未出現陽明症狀，說明陽明之氣能衰減入陰。
第三日太陽伏熱未減，少陽升發之氣已被鬱一日，再被鬱就升發不暢，鬱陽盛就可能與太陽伏熱相合。少火被鬱則其經升發不暢，化為壯火就會使鬱陽化風，成為風火。少陽的症狀就是鬱陽化為風火為患的結果。這就是一日太陽、二日陽明、三日少陽的原因，它與生理的少陽、太陽、陽明的排列並無矛盾。由於得傷寒病的人陽氣本不旺，在寒與熱的交爭中，陽氣會被逐漸消耗。水穀之氣是人體陽氣的主要來源，陽明之陽不足，邪就會傳入脾，脾陽被損就會化為陰濕出現太陰經病，所以四日入太陰。太陽之陽氣主要來源於胃氣，胃氣衰則太陽經陽氣不足，邪可傳入少陰。少陰之氣被損，上可出現水不濟火的心火偏亢證；下可出現腎陽被損的虛寒證，所以五日為少陰。膽主升清陽，風亦為陽，易鬱難損。少陰正氣不足，木火不旺；厥陰正氣不足，外寒必阻其升，此叫清金必乘。木火內鬱，化為風火，風火上炎而難出，外寒內熱。風火上下攻竄，出現寒熱錯雜之厥陰病。這就是四日太陰，五日少陰，六日厥陰的來源。三陽三陰盡為一個周期。這些時間概念在判斷人體陽氣的盛衰，從而確定疾病的預後是很有意義的。譬如三陰經之正氣足，三陽經之陽就不會衰減，病邪就不會內傳。髒氣充足，氣機的升降使陽氣升多降少，陽氣不斷得到補充，陰寒之邪就會被戰勝。太陽能開，衛氣能衛外，則病自愈。從反麵看，三陰經正氣不足，三陽經陽氣不足，難於衛外，則邪氣會內陷。