但是，正當順治帝為兩廣統一歸己轄屬而歡欣萬分之時，突然於順治九年六月底得到駐守寶慶的“欽命掛剿撫湖南將軍印、鎮守東南地方、駐紮湖南寶慶府的續順公”沈永忠急報：寶慶已失，敵兵勢大，退守湘潭，乞發大兵。帝大驚，立於六月二十九日降旨諭告沈永忠說：“覽卿奏逆賊猖獗，我兵退保湘潭，朕已悉知。爾率部下將士，可鼓勵同心固守，勿輕戰失機，今已發大兵，星馳援剿，不久即至。如現處之地，難於據守，相度險要，並力堅防，內斂兵勢，外禦賊氛，勿輕舍疆土，退縮貽誤，可同督撫鎮按定議之。”《清世祖實錄》第65卷第21頁。
此諭剛發，急報又至，偏沅巡撫金廷獻奏報：“逆賊孫可望陷廣西桂林府，定南王孔有德自縊。”《清世祖實錄》第66卷第2頁。這更使他大驚失色，憂慮萬分。為什麼這位馳騁疆場三十年勇猛善戰軍功累累的大帥，竟會被敵軍逼得自縊身亡？敵軍如此可怕，又派誰去承擔擊走敵軍收複桂林綏靖南方的重任？震驚稍定之餘，他諒必會回憶起三道奏折。第一道奏折是兩個多月前定南王、平南大將軍孔有德的奏請退任歸京疏。
順治九年四月，孔有德呈上一道在他說來是十分奇特和難以啟齒的奏疏，要求退任養老，奏疏說：
“臣荷先帝節錄微勞，錫以王爵。恭遇聖主當陽，正四海永清之日。南粵東西、八閩尚未全歸版圖，臣謬辱廷推，駐防閩海。同時有固辭粵西之役者，蓋因其地最荒僻，民少山多，百蠻雜處，諸孽環集，底定難驟期也。臣自念受恩至渥，必遠辟岩疆，始敢伸首丘夙願，故毅然以粵西為請。受命以來，道過湖南，伏莽猶蔓延六郡，拮據一載，鹹興掃除，乃進征粵西，仰藉威靈，所向克捷，賊黨或竄或降，雖土司、伶、、僮古稱叛順靡常者，亦漸次招徠，受我戎索，粵西業已底定。臣生長北方，與南荒煙瘴不習，每解衣自視，刀劍瘢痕，宛如刻劃，風雨之夜，骨痛痰湧，一昏幾絕。臣年邁子幼，乞聖恩垂鑒，即敕能臣受代，俾臣得早覲天顏，優遊綠野。”《清史列傳》第78卷，《孔有德傳》。
這道奏疏的中心思想是乞請解任還京優遊林下，但也突出了孔之忠心耿耿和勞苦功高。群臣皆以粵西為難征之地，有人堅決推辭掉委任往征之旨，隻有他思念蒙受聖恩而毅然請命，統軍出征，曆經艱苦，終於盡定廣西。奏疏中以水土不適、傷痕累累、體弱年老為辭，請求歸京休養，理由不能說是不充分，陳述也頗動人，“風雨之夜，骨痛痰湧，一昏幾絕”，閱讀至此，能不令人感動！
但是，孔之辭請歸休的真正理由，還不是上述所雲，因為，他並非“年邁”之人，此時他剛及知命之年，正是既能勇猛衝殺又善於指揮千軍萬馬的最佳年歲，怎能說是“年邁”無用！他之所以要歸隱，與他及沈永忠以前所上的幾道奏疏，有密切關係。
沈永忠統軍駐守湖南，為孔有德之左右臂和廣西之門戶。沈於順治八年閏二月初六上了一道“征師需餉最殷”的奏疏。他奏稱：臣“不以兵單為慮，而以餉缺為憂”。“據鎮臣郝效忠報稱：馬逆肆虐，奉命截殺。兵丁上風摩嶺喊叫：我等殺賊，錢糧不給，口糧又無，眼前餓死。即從荒山逃去三十七人。又據鎮臣許天寵報稱：遊擊黃家棟兵到靖，無糧，餓死兵楊龍等二十九名。又惠文觀兵赴綏寧，五日絕糧，饑餓難忍等情”。順治八年七月十一日他又上疏，報告“湖南之門戶，滇、黔之咽喉”要地沅州失守，求解軍糧，以便收複說：“惟是用兵絕糧，乃兵家大患。今漕糧不繼，不得不設處於彼地州縣，奈彼地迭遭蹂躪，農業久廢，田野荊蒿，是無升合之望矣。”“臣計窮心悸，何術以飽士馬之腹，而致之用命哉！”②《清代檔案史料叢編》第6輯第168、172頁；第178、179頁。