洪承疇對此，真是感恩戴德，決心全力以赴，報答皇恩。他以“不勝惶悚，不勝感激”的心情，向皇上表忠說：“伏思職經略四載，寸土未恢，正當兵馬秣厲之時，陡患危篤之疾，……惟有振勵精神，勉圖竭蹶，慎終如始，與大將軍等計劃萬全，實行剿撫，期無負皇上委用至意”。《明清史料》甲編第6本，《經略洪承疇揭帖》(順治十四年十二月二十六日)。
洪承疇也確是這樣做的。他於順治十四年十一月十五日收到孫可望於九月三十日派人自貴州送來的他的信後，立即起草回信，於第二日派十餘名親信官兵將這封“宣布朝廷德意”的回信帶往寶慶，麵交孫可望。十七日他即率第一批滿漢精兵從長沙出發，前往寶慶，十九日到達湘潭，二十八日與孫會合，十二月初三同回長沙。洪承疇除了特別破格優遇孫可望，使其“感激無地”，並請帝加以殊恩外，抓緊時間了解滇黔情形，征求孫對用兵的建議，很快便對敵情有了深刻全麵的了解，作戰方略也成就了。
清廷的最初方案是，三路出師收複貴州後，駐於貴州，“具疏請旨，勿即進滇雲，定滇大兵來年內進發”。朝廷將此方案交與洪承疇“詳確籌劃”。洪承疇在“廣詢細訪”，“密會”孫可望後，對西南形勢“明如指掌”，便提出重大的修改建議。他認為，原計劃有三大缺點，一是三路大軍合而為一，集中從貴州進攻雲南，李定國便免去前後受敵的危險，“並可合全力以專守一路之險要”，這樣一來，清軍便難以越過險阻取勝。二是十數萬大軍集中一地出發，擁擠不堪，“則各路崇山深林，羊腸小道，士馬大眾之往返疲苦，其何以堪”。三係“大兵士馬全聚一隅，則用糧益危”，貴州這一極貧之省，“錢糧不及江浙一中縣”，軍糧供應便成問題。因此，他建議：“兩路大軍同時齊發，又一路大軍前後繼進，如有一路大軍先進取貴州省城，則別路大軍似可就本省進軍道路相度貴州、雲南適中扼要地方兼有買運米糧處所，或分行駐紮，以示即可分進滇雲之勢，不致三路齊集貴州省城。則我兵既有分合之勢，可成掎角之形，又無屯聚擁擠爭糧乏食之患，且分路駐兵，得以蓄精養銳，各由徑路齊進收複滇雲，不致大眾再有往返奔疲之苦，一舉而數利皆在於我……一舉而數害皆在於賊”。《明清史料》甲編第6本，《經略洪承疇揭帖》(順治十四年十二月初六)。這一建議非常及時和正確，為朝廷采納，如果撤換洪承疇，清軍就會犯下不少大錯，而影響進取滇黔。
順治帝的另一高明之處就是選好了合適的統帥。他對三路大軍的統帥人選，經過反複思考並和商議軍務的議政王、議政大臣們多次討論，最後他於順治十四年十二月宣布，以宗室羅托為寧南靖寇大將軍同經略洪承疇由湖南進，以平西王吳三桂為平西大將軍，同固山額真、侯、墨爾根侍衛李國翰由四川進，固山額真趙布泰為征南將軍，與提督線國安由廣西進。不久又於順治十五年正月授信郡王多尼為安遠靖寇大將軍，同平郡王羅可鐸等前往，總統三路。
這些決定非常正確，顯示了少年天子非凡的軍事指揮才幹，主要表現在三個方麵。其一，不囿一格，知人善任。這在羅托(亦寫為洛托)的任用上顯示得格外清楚。羅托是太祖之親弟追封莊親王舒爾哈齊之孫，係寨桑古貝勒之長子，早年從征，屢立軍功，崇德元年封固山貝子，崇德七年任都察院承政，能文能武，頗有才幹。崇德八年八月，其家人都塔裏等首告羅托與堂兄紮喀納之妻私通，紮喀納之包衣高麗婦人及羅托之包衣敦拜欲告發此事，被羅托殺害。法司審理勘實，擬議處死羅托。太宗命免其死，以其“悖亂違法”，命宗室吳達海等重撻羅托後，將其削爵幽禁，以其家財人口給予鄭親王濟爾哈朗。《清太宗實錄》第65卷第33頁。順治八年三月，複封其為三等鎮國將軍。十三年五月，因人才缺乏，尤其是開國有功的宗室王、貝勒、貝子、公，大都年老去世，後繼乏人，故世祖諭告吏部說：羅托在太宗時，“雖曾犯大罪，因愛其才，且係宗室，特加寬宥。今值國家用人之際，久令閑住，深為可惜，著即補授鑲藍旗固山額真”。《清世祖實錄》第101卷第7頁。不久又擢授其為寧南靖寇大將軍，統率八旗軍駐往荊州，與經略洪承疇共同料理湖廣軍務。