十六年二月初二，安遠靖寇大將軍信郡王多尼複令貝勒尚善領中路兵同平西王吳三桂、征南將軍趙布泰等追擊，敗白文選兵於大理之玉龍關。李定國令總兵靳統武以兵四千護衛永曆帝奔往騰越州，自伏精兵六千於永昌之磨盤山。此山在潞江南二十裏，又名高黎貢山，是西南第一穹嶺，鳥道深箐，“曲通一騎”。李定國估計清軍屢勝窮追，必不戒備，遂設下埋伏，列柵數重，伯竇名望領兵二千為第一伏，高文貴率兵二千為第二伏，王璽帶兵二千為第三伏，約定待清軍進入三伏，則定國於山嶺發放號炮，首尾橫突截攻，清軍必全軍覆沒，一騎不返，部署已定，清軍渡瀾滄江、潞江，“逐北數百裏，無一夫守拒，謂定國竄遠，隊伍散亂上山”，已有一萬二千人，前驅已入二伏。眼看清軍就要中伏陷敗，大西軍可以轉危為安了，不料大理知府盧桂生投入清營，泄露定國密計，清帥大驚，急退，並“傳令舍騎而步，以炮發其伏，敵兵死林箐中者三之一，伏起而鏖鬥死者亦三之一”。李定國在山嶺正因信炮失序而驚訝，忽一飛炮落其前，土飛滿麵，乃退走入緬，竇名望、王璽皆戰死。清軍亦死都統以下十餘人，喪精卒數千。清軍窮追至騰越州西一百二十裏，中原界已盡，瘴深餉憊，懲磨盤山之役，不複追，共降敵閣部大臣侯伯將軍總兵以下數十員，“士馬象駝數萬”。《清世祖實錄》第125卷第28頁；魏源：《聖武記》第1卷。明慶陽王馮雙禮、德安侯狄三品等逃入四川建昌衛，清平西王吳三桂遣人往招，馮雙禮不從，狄三品等以計擒馮獻降，並繳慶陽王金印一顆、大將軍金印一顆、金冊一副。南明延長伯朱養恩、總兵龍海陽等，原據四川嘉定州，現亦率眾來降。《清世祖實錄》第125卷第30頁。不久，四川巡撫高民瞻又率兵克成都，四川亦大部平定。《清世祖實錄》第127卷第19頁。僅大順軍餘部川東十三家營猶分據川、湖、楚三省交界地方。
三、斬草除根定策窮追桂王。
三路大軍會師雲南省城昆明，南明永曆帝逃入緬甸，晉王李定國退據滇緬交界地方，滇、黔、川、湖、桂五省基本平定，這固然是朝廷的特大喜事，統一全國的艱巨重大任務，已基本完成，愛新覺羅江山可確保無虞，巨額軍費重擔亦可逐步地迅速地減少減輕，民殷國富之太平盛世有可能早日到來了。但是，這一特大之喜，又使兩個令人棘手的難題，顯得格外突出了。這兩大難題就是如何對付李定國與永曆帝，如何料理滇黔閩粵之善後事宜，兩者之間又有著密切的聯係。
對於李定國和南明永曆帝，主要是在進剿與防守之間，需要作出正確的抉擇。永曆帝朱由榔逃入緬甸，李定國率軍退據滇緬交界處，若要進剿，山川險惡，道路遙遠，瘴癘為害，米糧缺乏，水土不合，既易中敵埋伏，又常染病死亡，而且，戰火連年，將士久已勞累不堪，大軍遠征，糧餉巨萬，轉運艱難，地方疲敝，國力難支，實非易舉，萬一進軍失利，罷兵則有損威嚴，再剿恐更難成功。可是，若不將其剿滅淨盡，又必帶起兵端，時遭襲擊，邊界難安，西南不寧。簡而言之，守更穩妥，省錢省力省事少傷亡，攻則花費太大，頗為冒險，但如成功，則可一勞永逸。是進剿，還是防守，確難決斷。
一般認為，力主進剿者是吳三桂，他為了專擅兵權建樹功勳，故堅決主張剿滅永曆帝。魏源在其所著的《聖武記》卷一中指出：“時桂王已入緬甸，李定國、白文選分竄孟辰、木邦，惟與緬交訌，無能患邊，雖有元江土司那嵩叛應之事，逾月即殄，僅癬疥若，我朝亦度外置之，議撤兵節饢，而三桂貪擅兵權，必欲俘永曆為功，遂於十七年有《渠魁不翦三患二難》之疏。乃命內大臣愛星阿為定西將軍，赴滇會剿”。
魏源此說，有其可信的一麵，即吳三桂欲擅兵權和立大功，因而上疏請征。但此說又有其欠妥的一麵，即在此之前，順治帝已欲進剿，議政王大臣會議後，按帝旨意而議定發兵征剿。
順治十六年五月二十八日，即比吳三桂上疏將近早了一年，內大臣蘇克薩哈“接奉上諭：固山額真趙布泰大兵並自固山額真宗室羅托大兵內撥發滿兵，出征日久，遠曆跋涉，未得休息，應否班師回京？並令多羅信郡王、固山額真宜爾德駐紮雲南省會，命平西王為總統主帥，擇酌參謀大臣，追進緬國，是否可行？著議政王、三固山大臣會議具奏。欽此”。《清代檔案史料叢編》第6輯第333頁，《洪承疇為追剿農民軍事密揭》。
順治帝視滿兵撤回及追進緬國為特大機密事務，故令“議政王、三固山大臣會議具奏”。此處所說的“三固山大臣”，指的是“天子自將”即天子兼旗主的正黃、鑲黃、正白三旗的“上三旗”大臣，而不包括旗主係宗室王爺的正紅、鑲紅、正藍、鑲藍、鑲白“下五旗”的大臣。此事又隻令議政王參加，即議政親王、議政郡王，而不讓議政貝勒、議政貝子參加。可見此事之機密，關係重大。