“臣蒙簡命，司藩粵東，即星馳赴任，行至中途，聞靖南王耿繼茂、平南王尚可喜屬下官兵，有擄掠鄉紳婦女及占住藩司公署濫委署官等事。臣思自古親王藩封，天子使吏治其國而納其貢稅焉，不得暴彼民也。二王不過以功受封，宜仰體聖明愛民至意，安地方以安百姓，斯為不負恩命，乃所為如是，臣安敢畏威緘然，自負厥職乎。況公署被占，臣蒞任無地，伏乞敕下二王，還官署以肅體統，釋虜俘以慰孑遺，官民幸甚”。《清世祖實錄》第76卷第10、11頁。
藩王長期駐鎮一省，不僅官民遭殃，地方政出多門，易成分割之勢，損害了全國的統一局麵，削弱了皇權，而且潛伏著起兵叛亂的因素，時機一到，就會大動幹戈。
順治帝更為欠妥的是委派吳三桂移鎮雲南，且授以管轄該省的政治權力。他非常重視對雲貴的統轄，收到三路大軍會師昆明，滇省大局已定的喜訊後，即於順治十六年正月二十一日諭告吏部說：雲貴地方初辟，節製彈壓，亟須總督重臣，貴州巡撫趙廷臣久曆岩疆，堪勝此任，著即升雲貴總督，其貴州巡撫一職，著以山西按察使卡三元升補。③《清世祖實錄》第123卷第11頁；第20頁。過了二十多天，二月十五日，議政王簡親王濟度等議奏：雲南既已收複，則貴州為腹裏地方，駐防之寧南靖寇大將軍羅托等官兵，勞苦日久，應撤回京。黔省係邊要地區，請敕經略洪承疇酌量鎮守，荊州乃適中之地，應令安南將軍明安達理等官兵駐防。帝允其議。③。
五省經略洪承疇對此事也在反複思考，他於十六年正月上疏奏稱：貴州有大將軍羅托彈壓，巡撫趙廷臣綏輯，可無他慮。“惟雲南尤為險遠，土司種類最多，治之非易。故前元朝用親王坐鎮，明朝以國公沐英世守，乞敕議政王、貝勒、大臣為久長計，留兵駐鎮，俾邊疆永賴敉寧”。《清史列傳》第78卷，《洪承疇傳》。洪又奏稱：請議三路大兵作何分留駐防，貴州中路漢兵及廣西漢兵作何分布安設。經兵部議擬，以留撥大帥官兵鎮守滇南，事關重大，請旨定奪。帝召議政王貝勒大臣會議。三月二十三日，議政王貝勒大臣議奏：平西、平南、靖南三藩內，應移一王駐鎮雲南。漢中已屬腹裏，兼有四川阻隔，不必派藩王駐防，應移一王分鎮粵東，一王分鎮蜀中，何王應駐何省，共候上裁。帝命平西王駐鎮雲南，平南王駐鎮廣東，靖南王駐鎮四川(後移廣西，最後定下從廣東移鎮福建)。《清世祖實錄》第124卷第14、15頁。
這是一個關係重大的戰略性決定，對當時及康熙前期的軍政局麵，產生了極為重大的影響。雲南需不需要藩王駐鎮，為什麼要命平西王去滇？這兩個問題值得深思。洪承疇素以擅長曆史殷鑒而著名，所舉元明之例，不無參考價值。不錯，元朝是命親王坐鎮雲南，而明朝為了防止故元遺王遺臣作亂，兼備土司，故派黔國公沐英家世代駐守。但是，元朝帝君乃係數百萬蒙古之可汗，擁有數十萬上百萬蒙古鐵騎，宗室諸王均皆能征慣戰，派出一位親王帶領一二萬蒙古騎士駐鎮滇省，在將帥人選和士兵數量上，都沒有問題，有這個能力。明之情與此類似，開國之初，雄兵百萬，大帥數十，猛將若雲。沐英少孤，被明太祖朱元璋收為養子，改姓朱，十八歲起轉戰四方，軍功卓著，甚受義父義母寵愛，封西平侯，征雲南，逼元梁王敗死，悉平滇省，又屢敗“諸蠻”。太祖曾親嘉其說：“使我高枕無南顧憂者，沐英也。”沐英雖非太祖親子，但與親子無異，死後追封黔寧王，子沐昕娶成祖之女常寧公主。《明史》第126卷，《沐英傳》。有這樣一位開國元勳和皇親國戚坐鎮雲南，當然比派其他非親之帥將更為可靠。
但是，平西、平南、靖南三王的情形，與元朝梁王、明朝黔國公沐英，就很不一樣了。平南王尚可喜早年降金，一向效忠朝廷，別無異心。靖南王耿繼茂之父耿仲明，雖也歸順很早，為主轉戰四方，但順治六年以隱匿逃人被部議削爵，攝政王多爾袞未允其請，僅令罰銀，仲明卻在未知王之令旨以前即自盡。父之慘死，不能不在耿繼茂心中留下陰影，對其是否忠貞不貳，難免不有所影響。平西王吳三桂之情又有不同。他任明平西伯、寧遠總兵時，堅守關外四城，抗拒清兵，多次拒絕清朝勸降之旨。隻是在大順軍領袖李自成統領大軍包圍山海關，欲盡殲吳軍時，他才向清朝求兵相援。且僅隻許諾事成之後，以關外封賜清國，仍要保全大明萬裏江山，後被大順軍猛攻，城將失陷時，他才被迫發降清。正因為有此一番曲折，故攝政王開始對其隻是利用籠絡，並不完全相信，派其隨英親王從征陝西、江西後，於順治二年夏即令其班師回京，率本部赴鎮錦州，從此一閑就是兩年多。順治五年四月，因川陝吃緊，攝政王才派其率部移鎮漢中，且命墨爾根侍衛、固山額真李國翰為定西將軍，率右翼漢軍官兵與吳同鎮，自此以後，吳、李二人一直同領本部征戰川陝，攻滇之時，亦是如此，十五年七月李病故後，吳才獨統軍行。