接著，盛世才又逮捕了屬下一二八師師長柳正欣、暫三師師長湯執權、騎十一師師長吳熙誌、騎一師師長崔穎春，以及省直機關負責人、各區專員和縣長、警務處的特務等等，總計約有1500餘人。
8月12日當天，盛世才通知迪化各機關負責人到西大樓開會。會議由汪鴻藻主持，偽稱盛世才有病不能出席。汪向會議報告迪化發現“大陰謀暴動案”，已予破獲逮捕，並宣讀被捕人員名單，囑咐各機關人員，安心工作，提高警惕。
國民黨人剛到新疆時，對盛世才製造的“陰謀暴動案”都深信不疑，到1944年6月在督辦公署大院內逮捕大批學生時開始半信半疑，等到“黃、林案”發生時才恍然大悟，原來這些所謂陰謀暴動案就是這樣製造出來的。
盛世才控製著全疆的電訊，中央通訊社迪化分社乃將事件的詳細經過報告總社。重慶頓時盛傳迪化發生政變，重慶派往新疆的工作人員悉數被捕，但對盛世才的意圖，卻茫無所知。盛世才在一切布置停當以後，也電告蔣介石，稱黃如今、林繼庸等均係共產黨，勾結蘇聯和地方不法分子，於1944年起即展開秘密活動，企圖陰謀暴動，奪取新疆政權。暴動的主謀是黃如今、林繼庸二人，張誌智負責組織策劃，童世荃負責宣傳，印幣廠廠長祁化成負責經濟，與蘇聯領事館的聯絡人是外交特派員公署蘇聯科科長丁慰慈，現已將人犯全部逮捕。蔣介石獲電後，即召集智囊會商，但因對新疆情況無從了解，遂派第八戰區司令長官朱紹良和中統局負責人徐恩曾（公開職務為交通部長）前往新疆處理。
盛世才製造假案的辦法從來都是：先擬好全部案情，然後以嚴刑逼供，叫一些“脅從”角色按案情寫出口供，再以這些口供為“人證”，按圖索驥，用嚴刑叫“首要分子”按案情寫出口供。這樣就構成一個完整的假案，口供一致，“鐵證如山”。
黃如今等入獄後，立即遭到刑訊。開始，他們當然不會承認是共產黨，但在嚴刑之下，黃如今被傷了腿骨，林繼庸被折斷了指頭，林伯雅被戴過鐵頭箍，丁慰慈的手掌被打爛後又遭到刀剪，最後都不得不“屈打成招”。張誌智當然成為主要打擊對象，因其是反對盛世才的強硬派；但是，張誌智在獄中態度依然強硬，與審判官口辯舌戰，雖屢受酷刑仍然拒絕寫出口供，因而當時被稱為是“有氣節的硬骨頭”。
8月中旬，朱紹良自蘭州飛抵迪化。行前，他已知道迪化對外電訊中斷，所以攜帶電台一部，可隨時與蔣介石直接通報。朱紹良，徐恩曾下榻於督辦公署東花園。盛、朱、徐三人會審，除張誌智一人外，其他人都不敢翻供。朱紹良經常徘徊到深夜，冥思苦索，可知與盛世才之間的分歧與談判的棘手。
朱紹良返回重慶，帶去盛世才給蔣介石長達19頁的親筆函件，及“黃、林案”的全部案情和口供。羅家倫害怕大難臨頭，借故和朱紹良同機飛往重慶。
盛世才在給蔣介石的長函中，曆述其為“保障新疆永遠為中國領土”的苦心，然而黃如今等共產黨人竟勾結蘇聯進行陰謀暴動，將他們逮捕，實出於萬不得已。黃如今等的陰謀，經過長期調查和審訊，證據確鑿，無可諱言。
蔣介石看了盛世才的信，當然不會相信黃如今等是共產黨。他知道這是空穴來風，是盛世才製造的借口，目的是將國民黨勢力擠出新疆，他也知道盛世才是一個反複無常的野心家，早有取而代之的打算，這也是他對所有軍閥的一貫態度。如果讓盛世才繼續留在新疆，那麼他隻有將黃如今等這批人調回重慶，暗中釋放。這樣，以後就沒人再敢到新疆去了，而新疆則仍然為盛世才所盤踞，再打進去就十分困難。唯一的辦法是借此機會將盛世才調走，其他問題都可以迎刃而解。於是，蔣介石一麵讓朱紹良返回新疆與盛世才談判，一麵自河西抽調部隊源源西進，以政治和軍事的雙重力量，內外夾攻，迫使盛世才離開新疆。