七十二條與三十六條
十四條頒布之後，院黨組又決定結合科學院自身的特點，由杜潤生主持起草了《中國科學院自然科學研究所暫行條例》，即“七十二條”，於1961年9月15日頒發院屬各所。
七十二條的基本內容是針對各研究所的，涉及研究所的組織規則和管理製度，圍繞“出成果、出人才”開展工作。所務委員會討論和決定研究所的計劃、經費、機構及人員的安排等；而學術委員會則側重審定學科發展方向、鑒定成果、考核幹部及組織學術活動。所務委員會和學術委員會主要由科學家組成。條例規定了研究室的組織、任務以及研究室主任必須由中級以上科學工作者擔任；對於研究技術人員的條件、考核標準以及研究生的選拔、培養都有明確條文；條例特別指出所一級的黨組織是全所的領導核心，而研究所下屬各級黨組織，隻起保證監督作用。
1963年，院黨組決定起草一個中國科學院工作條例，核心問題是，在當時大的背景下，既要貫徹反修、防修的中央精神，學習石油部、解放軍的經驗，加強政治工作，又要維護貫徹十四條、七十二條以來的穩定局麵。條例起草工作還是由杜潤生主持。1964年年初，經院黨組擴大會議討論，4月4日頒發了《中國科學院工作條例（草案）》，即“三十六條”。
三十六條的主要內容是：
（1）確定對科學院的研究工作的分類，避免在理論聯係實際問題上的搖擺。杜潤生領導汪誌華、穀羽等對國外情況作了調查。當時，國外把科學研究分為“基礎研究”、“應用研究”和“實驗發展”三大類。以此為參照，他們結合本院的情況，認為科學院的科學研究工作應當分成四類：基礎研究、應用基礎研究、應用研究和推廣研究。應用基礎研究，是指應用目的性明確的基礎研究，可以在應用研究中做提高工作，也可以從基礎研究中發展應用，這正是科學院研究工作的特色。總結建院14年的經驗，規定了宏觀調控院內各類研究任務的比例關係。院屬各研究所可以根據自己的實際情況確定合適的比例。
（2）對科技人員某些思想認識問題堅持以正麵教育為主。不再把知識分子的整體看做是資產階級。在科技人員中培養先進典型，傳播先進經驗，幫助知識分子逐步向又紅又專的方向努力。
（3）製訂了考核、提拔、獎勵幹部的“多途徑、多標準”政策，以調動各級、各類人員的積極性。
四
工作就是學習
杜潤生就職於科學院後，除負責研究與製定有關政策措施外，還分工聯係數理化學部和編譯出版委員會的工作。他從步入新的工作領域開始，就確定自己遵循的理念“工作就是學習”，或者反過來——“學習就是工作”。他要求自己一定要放棄那種下車伊始就發號施令的壞作風。為了做到心中有數，取得發言權，對自己負責的每一個單位，都要做到先向科研人員學習，弄明白以下一些問題：一是每個研究所、研究室、課題組的研究方向是什麼，為什麼，怎麼搞，與國內外同行工作相比較，有何特色；二是隊伍的質量，課題主持人有沒有自己的想法，包括理論假想、研究路線、實驗流程等，要求對照國際文獻中報道過的同類成果，作出評價；三是條件保障，已有的設備、人員、經費和尚待補足的要求；四是人際關係，所內外，院內外，特別是黨群之間的關係。了解了這些之後，再選擇可能的幫助方式。
反右派鬥爭中，一切文化教育科研單位，都批判“外行不能領導內行”的言論。杜潤生也在這方麵講過一些話，但他進入實際工作崗位以後，就一直告誡自己和有關各所黨的幹部，“批判反對黨的領導，要明確黨是作為一個先進組織的實體是在總體上、政治上發揮作用的，沒有黨就形不成團結人民力量的核心，沒有這樣的核心，中國革命和建設就難以取得勝利。這並不意味黨的每一個成員，都具有先驗式的知識和才能，能夠百無一失地指揮一切，領導一切。黨員也是人，凡是人，都是在實踐中學習，學習中成長的。”
杜潤生分工聯係數理化學部，他除一般關注整個學部工作外，還著重抓了計算機、半導體、低溫物理、固體物理、高分子化學、煤化學、稀土元素、蛋白質結構與功能，運籌學等幾項研究。工作方法也是從學習入手，取得入門知識，把工作重點放在鼓勵士氣，克服眼前困難，實現迎頭趕上，避免直接幹涉。主要靠科技人員積極性，加上國家支持。涉及科學本身問題時，通過民主議事，求同存異，而目標則是紮紮實實地爭取盡快實現12年科學規劃的目標。
被難“文化大革命”，首當其衝
“文化大革命”剛開始，張勁夫等正在按照周總理的交代，讓杜潤生主持起草一個類似反右派時保護科學家的文件。周總理因為要出國訪問，就委托當時擔任中央文化革命小組組長的陳伯達過問一下。
1966年6月22日，陳伯達來到科學院，當他知道科學院應用地球物理所有人搶了檔案、占了通信機要室之後，即時口述“凡是搶檔案、占通信機要室的；凡是殺人放火的一律按反革命處置”。並嚴令科學院“要把丟了的權奪回來。”會後，張勁夫組織反擊，杜潤生讓《科學報》起草了社論，6月25日以號外發表。院領導照陳伯達的指示，把搶檔案的個別頭頭隔離審查。但在七天以後，陳伯達卻來到應用地球物理所，當著群眾的麵指責科學院領導：“誰叫你們抓人的？為什麼你們放著老右派杜潤生不鬥，去鬥群眾呢？”就這樣，杜潤生成為科學院黨組中第一個被打倒、也是第一個受到迫害的領導人。
杜潤生在中央農村工作部當秘書長的時候，陳伯達是中央農村工作部的副部長，他就因為工作上持不同意見而挨過陳的整。在農村工作方麵，他們兩個人曾有過幾次爭論。其中最大的一次爭論是，毛主席說，先有工業化後搞合作化，這不是規律。應該先奪取政權，改變所有製，然後才有生產力的大發展，這才是規律。還說，資本主義初期，有大量的手工業工廠，這種工廠沒有機器，沒有蒸汽機，沒有產業革命的機械，還是手工勞動。但是，它隻是改變了分工、把分工的方式改變了，生產力就一倍、兩倍的提高。難道我們農業上不可以先改變所有製，搞合作社，還靠手工勞動而隻是改變分工就帶動生產力的大發展？他這些話本來是批評劉少奇的，劉少奇是主張先發展供銷合作社，不急於改變所有製搞生產合作，先實現國家工業化，發展生產力，然後再大規模地搞農業生產合作社。毛劉之爭，實質上是是否要繼續新民主主義建設的爭論。
杜潤生在中央農村工作部，起草文件時向陳請教，陳對杜講了上邊的主張，杜表示過不同意見，認為工業方麵這麼幹可以理解，因為工業可以把勞動者和勞動對象都集中在一個房子裏邊，勞動管理好辦，農業上不行。農業是靠土地，土地分散在很大空間，不可能把太陽能集中在一塊土地上。農民分散勞動得靠自覺，不能靠監工監督，這是第一。第二，工業有各階段的半成品、成品，農業可不一樣，它是靠農民春天、夏天勞動，勞動成果在秋天產出。農業勞動有季節性，最後勞動的好壞表現在秋天收成好壞。而且，由於農業勞動的季節性，每個農民幾樣活兒都得學會，平整土地、播種、灌溉、鋤草、收割。因此，沒有流水作業式的分工。第三，受自然氣候的控製，農業要求就地決策，不誤農時。農民對土地有無親近感，差別很大。因此，農業過早地在手工勞動時期搞成集體，使土地疏遠農民，他們覺得是給別人幹，不是給自己幹，就沒有自覺性。農民沒了積極性，農業勞動是搞不好的。陳伯達聽了這番話，責備杜潤生說：“毛主席這個見解是對馬列主義的一個新發展。它的曆史意義在於我們中國自力更生發展我們的農業。不等什麼機器，不等工業化成功，不等外國的技術援助。”還說，“你這思想是背離自力更生的觀點的。”他還和一位同誌說：“我說話沒有人頂過，第一次碰到有人頂我。”1955年，陳又進一步批評杜右傾。毛主席也說他派了個馬克思到農村工作部，你們不用他，還要頂他。“文化大革命”開始，陳伯達先是支持劉少奇的意見派工作組的，他到科學院來讓嚴格處理應地所造反派奪權的事件，也是這種指導思想。毛主席回來反對劉少奇派工作隊“鎮壓”學生，陳就出爾反爾，翻臉不認賬，批評了院黨組，並趁機把杜潤生拋了出來作為批判對象。“文化大革命”展開大批判運動，杜潤生是科學院黨組中第一個被打倒的，在那個年代裏，被毛澤東指責為“小腳女人”的人，也絲毫沒有辯駁的權利。
杜潤生被停職檢查不久，張勁夫也被打倒了，造反派想從杜身上找張勁夫反黨的證據，認為張勁夫是從劉少奇那兒領了什麼“聖旨”回來執行，而杜是他的黑參謀。造反派逼杜交代，張勁夫從劉少奇那兒領到什麼指示？張勁夫怎麼給你傳達？為了逼杜交代出問題，造反派甚至整夜地輪流審問，不讓他睡覺。杜潤生堅持真理，頂住逼供，決不胡說。他先後經受了幾十場大小會的批鬥。那時，每月吃飯隻給他11元錢，也不準與家屬見麵。事後杜潤生自我解嘲地說：“不過也有好處，從此，我戒煙了！”
杜潤生在科學院可謂春風秋雨各十年。問他最大的遺憾和最大的希冀是什麼？他說他最大的遺憾是在反右派中，未能把保護政策擴充到更大範圍，傷害了一些不應該傷害的人。而“文化大革命”中，因為他本人的事，使科學院政策研究室的主任汪誌華，處長朱琴珊、吳明瑜等幾位好同誌受到牽連，遭到不應有的關押和批判，甚至殘酷迫害。徐簡、蘇世生、黎功德、應幼梅等，也都受到了冤屈。特別是汪誌華同誌是我們黨不可多得的理論政策型幹部，是人民的好兒子，可惜他受迫害致死，是我國科學事業的一個損失。至於“最大的希冀”，杜潤生說“是破除迷信，活躍理論思維，鑄造新的輝煌，使我們中華民族早日站立在世界科學的高峰之上！”
在紀念中國科學院建院45周年時，杜潤生撰文《在中國科學院的十年》，清楚地回憶了中國科學院1956～1966年這個時期幾件大事，說這都是在黨中央、國務院，院長、院黨組領導下進行的。當時，院黨組分配杜側重抓政策研究工作。他自我評價說，雖然在這幾件事情上用心較多，但限於個人知識能力，所作的貢獻微不足道。所以費點紙墨，把往事重提，無非為了一個目的：借鑒曆史，以利明察未來。曆史已經發生過的事情都會把它的影響投向未來。有些產生正麵影響，有些產生負麵影響。不論正麵反麵，我們可以從中學到有益的東西。
倡導中國農村經濟改革
黨的十一屆三中全會後，給杜潤生徹底平了反。1979年調他出任國家農業委員會副主任。1983年任中共中央書記處農村政策研究室（後改為中共中央農村政策研究室）主任，兼國務院農村發展研究中心主任，主要負責中國農村經濟改革和農村經濟發展的政策研究。他為倡導和推行家庭聯產承包責任製做了大量工作。1984年，黨中央決定成立中央財經領導小組，成員由國務院總理、副總理和國務委員組成，杜潤生同誌後來也被增補為成員。
杜潤生同誌他多次受中央委托，主持起草中共中央、國務院有關農村政策文件，特別是中共中央連續五年的“一號文件”的起草工作，為深化農村經濟改革，重建農業經營主體——家庭承包製，推進農村經濟的市場化進程，從理論和實踐上都作出了積極的貢獻。1996年6月9日離休。
杜潤生是第二屆全國政協委員，第六屆全國人民代表大會代表，中共第十二次、第十三次全國人民代表大會代表，並當選為中共中央顧問委員會委員，全國人大財經委員會委員，中共中央財經領導小組成員，中國農學會名譽會長，中國農業經濟學會理事長，中國合作經濟學會會長，中國國土經濟學研究會理事長，中國人民大學兼職教授，中國農業大學名譽教授。著有《中國農村經濟改革》、《中國農村的選擇》等著作，彙編有《杜潤生文集》。
杜潤生，如今已經是86歲的老人了，身體相當健康，頭腦相當清楚，思維還是那麼敏捷，每天上午堅持照常上班，找點事情，勤做不懈。他除堅持鍛煉身體之外，健康長壽的秘訣是他有一顆博大的包容心，有一種超乎常人的特別能忍耐的韌勁，以及鍥而不舍的學習態度。即使剛剛從幹校回來，在那破樓破房裏，仍搖著留聲機，學習“山西英語”……
他注重實踐，深入調查研究，一切從實際出發，具有一刻也不脫離實踐的頑強鬥誌，好像一位馬拉鬆運動員，越是接近終點，衝刺越是有力。古稀之年的他，坐在顛簸的軍用吉普車上，到全國各地農村調查，連跟著他的青壯年人都常常感到吃不消。他善於與反對自己意見的同誌共事，唯恐自己的判斷失於片麵，唯恐對人民有什麼不利。他那個善於思索的大腦，仍像一個時鍾，不分白天黑夜地滴答作響……
在這篇傳記就要收筆的時候，這裏錄下杜潤生的兩段話，這是他的信條，也是他的追求：“實踐是一個大學校。必須正確對待馬克思主義。應該承認，馬克思主義是方法，不是教條。我們不可被馬克思本本上的某些具體話語，和在一定條件下提出的具體結論所拘束。”
“政權影響力可大可小，可以是正麵的也可以是負麵的。最根本的一條，是民主製度能否適時而穩固地建立。缺乏民主製度，不僅會脫離群眾，也必然會腐化自己。因此，國家不能代替社會，人治不能代替法治，集中不能排斥民主。”
（摘自《中科院輝煌50年》）