西漢臨淄（今山東淄博）人，曾任齊國的太倉長，喜歡鑽研醫術，曾拜公孫光為師，學習古典醫籍和治病經驗。公孫光又將淳於意推薦給臨淄的公乘陽慶，當時公乘陽慶已年過六十，收下淳於意為徒，將自己珍藏的黃帝、扁鵲脈書、根據五色診斷疾病、判斷病人預後的方法，以及藥物方劑等書傳給他。
淳於意苦讀經典醫書，可以隨意背誦，但診病時，則視病人的實際情況，不盲目地生搬硬套、斷章取義。淳於意針對病人的病情，不僅僅采用藥物治療，還廣泛運用各物理療法及針灸術。
淳於意並沒有把醫學經驗的傳授限定在神秘而狹小的範圍內，而是廣泛傳授醫術，他因材施教，培養了宋邑、高期、王禹、馮信、杜信、唐安以及齊丞相府的宦者平等人，是秦漢時期文獻記載中帶徒最多的一位醫家。