明代名醫。字山甫，號鶴皋，自號參黃子，安徽歙縣人。出身儒門，祖父吳正倫，為明代隆慶至萬曆間名醫。
吳昆自幼聰明好學，熟讀六籍文章，習儒舉業。因受家庭熏陶，常瀏覽醫書，在15歲時，已開始接觸醫學，通讀《素問》《靈樞》《難經》《甲乙》《脈經》《傷寒論》等經典，精曉河間、東垣、丹溪等諸賢醫籍，為其日後行醫、著書打下了良好的醫學基礎。
吳氏一生讀書勤奮，縱橫正史、野史、筆記小說、易學、數術、運氣，以宏觀角度審視醫學現象，以《易經》水火既濟、九六陰陽解釋《內經》陰陽，以《尚論》釋五行原委，將《史記》《北齊書》《魏誌》《南唐史》《太平禦覽》《泊宅編》《遁齋聞覽》《內則》等野史筆記中的醫藥內容，以及《醫說》《醫餘》等書中的病案論藥摘出，充實到《醫方考》裏，增添了文章的雅趣。《醫方考》係方書，按病證分二十四門，每門下收方若幹首，共收方劑七百餘首。
吳氏還著有《脈語》二卷、《黃帝內經素問吳注》二十四卷、《針方六集》六卷。另有《十三科證治》《參黃論》《藥纂》《砭考》，已佚。《素問吳注》對《素問》進行疏解，先簡述大意，再分段注釋，取譬形象，說理透徹，密切聯係臨床，深受歡迎。《脈語》闡述了取脈方法、三部九候、生理和病理脈象、婦女小兒脈象特點等。他對太素脈持批判態度，明確規定了病案書寫格式。