第三，目錄學思想。
自漢代劉向、劉歆父子編撰《別錄》和《七略》之後，曆代學者都很重視對目錄學的研究，視目錄為學問之眉目，著述之門戶。葉德輝的目錄學思想散見於他的各類題跋、序文、案語、題記、著錄、類例等體係中。我國古典目錄學是以官家、史家和私家這三家目錄為其根底的，而作為有藏書嗜好大家的葉德輝則對私家目錄有特殊興趣，上下三四世，南北三十年，聚書在二十萬卷外，《觀古堂藏書目》就是葉德輝的藏書目錄。編纂私藏書目是我國曆代藏書大家的優良傳統，私家目錄是以各種形式，如題跋、案語、解題、注釋、序文等詳明其版本及流布始末，詳記得書過程並兼辨其學術得失。
葉德輝在《絳雲樓書目題記》中說到私家目錄重本不妨多藏，一則為校勘之資，一則供多識之用。他所說的“重本”就是指同一種書目因校注、刻地、刻時、刊者等不同而有多種本子。葉德輝在搜訪、校書、刻書等多種實踐活動中，充分認識到這類目錄的特殊作用，因而特別注重重本的搜藏。
另外，“學人共見”、“海內共讀”是葉德輝重要的目錄學思想。私藏書目是我國部分文獻分布情況的記錄，於學術研究、文化交流起著巨大作用。這些目錄學著作，一般都是秘笈珍藏，藏書家不隨意示於人。葉德輝則不以為然，不僅編製了《觀古堂藏書目》四卷，刊布於世，還精心校刊了許多有價值的私目文獻，為海內共讀。他提出目錄之學，不獨擴增聞見，而且闡揚幽潛的學術觀點，並認為有的刊本亦美猶有憾，得出前人藏書而不能刻，後人刻書而不能校的結論，很值得深思。所以國學大師謝國楨曾高度重視葉德輝的目錄學思想，說他“精於目錄之學，能於正經正史之外，獨具別裁，旁取史料，開後人治學之門徑”。
第四，刻書學思想。
葉德輝的刻書誌向，是在《書目答問》作者張之洞的影響下形成的。張之洞的《勸刻書說》在《書林清話》開卷篇《總論刻書之益》中全文著錄，其中“欲求不朽者，莫如刊布古書一法”，葉德輝對此受益匪淺，理解最深，他說：“文襄倡其言，故光緒以來，海內刻書之風，幾視乾嘉時相倍。而文襄僅在粵督任內刻《廣雅叢書》百數十種。自後移節兩湖幾二十年，吾屢以續刻為請，公絕不措意。”（《書林清話》）葉德輝承其刻書思想，仿其刻書方法，精心刻印了一些“傳先哲之精蘊，啟後學之困蒙”的精品。葉德輝所著及校刻書凡數十百種，如《觀古堂彙刻書》初集十一種，二集六種；《觀古堂所刊書》十八種，與前書有九種重複；《麗廔叢書》九種；《觀古堂書目叢刻》，彙刻各種書目十五種；《觀古堂彙刻書目》三種，《鐵琴銅劍樓宋元本書目》、《持靜齋宋元明鈔書目》、《皕宋樓宋元本書目》；《雙梅影庵叢書》十四種；《觀古堂校刻唐開元小說》六種；《唐寫經畫佛閣彙刊佛經》四種；《葉少保石林遺書》十四種；《南陽葉氏家集》甲編十種，乙編七種；《南陽葉氏家乘》五種；《觀古堂別刻書》六種；《觀古堂所著書》一集八種，二集九種；《觀古堂詩集》十種；《觀古堂單刻所著書》九種等。
葉德輝在刻版印書的同時，使用活字排印《通曆》，這是對我國文化優良傳統的繼承和發揚光大。《通曆》在阮元著作中稱《通紀》，是我國最早的編年通史，是統治階級取史為鏡的一部重要文獻，葉德輝在《通曆》題記中提到曾取活字排印二百部，以備讀史者參考。他刻書還非常珍視底本，提出書在交付刻印時，最好另鈔副本以交他人保管，自己仍留原本，以免刻寫者手汙及揉擦的害處，尤其是刻印善本書、珍本書、海內孤本書，更應如此從事。
第五，校勘思想。
校勘是把一種古籍的不同版本搜集起來，比較它們的文字語句的異同，審定其中的正誤。今存許多古籍都是後來曆代的翻刻本以及再翻刻本，即使是距今稍近的古籍，包括文言及白話的著作，也都由於各種原因，存在各種語句文字的錯誤。葉德輝非常看重古書的校勘，認為“書不校勘，不如不讀”。他在《藏書十約》中曾論述校勘的益處甚多：“校勘之功，厥善有八：習靜養心，除煩斷欲，獨居無俚，萬慮俱消，一善也；有功古人，津逮後學，奇文獨賞，疑竇忽開，二善也；日日翻檢，不生潮黴，蠹魚蛀蟲，應手拂去，三善也；校成一書，傳之後世，我之名字，附驥以行，四善也；中年善忘，恒苦搜索，一經手校，可閱數年，五善也；典製名物，記問日增，類事撰文，俯拾即是，六善也；長夏破睡，嚴冬禦寒，廢寢忘餐，難境易過，七善也；校書日多，源流益習，出門采訪，如馬識途，八善也。”這些觀點至今仍有價值。葉德輝認為校書首先是為了刊刻出質量更高的古籍，所以，他對一些非儒家經典的“宋元刻書”，由於以後無人校刊，沒有重刻本而多有失傳的情況深表遺憾。
在校勘的方法上，葉德輝提出兩種：“今試言其法，曰死校，曰活校。死校者，據此本以校彼本，一行幾字，鉤乙如其書，一點一畫，照錄而不改，雖有誤字，必求原本，顧千裏（廣圻）、黃蕘圃（丕烈）所刻之書是也。活校者，以群書所引改其誤字，補其闕文；又或錯舉他刻，擇善而從，別為叢書，板歸一式，盧抱經（文弨）、孫淵如（星衍）所刻之書是也。”葉德輝認為，如果知道這兩種校勘方法並且懂得如何使用這兩種方法，就可以“獲校書之奇功，抑亦得著書之捷徑也已”。
在校勘古籍的實踐上，葉德輝尤其注意參佐眾書。“每求一書”，“必廣求眾本，考其異同”。其態度嚴謹由此可見一斑。此外，葉德輝也不迷信古本。如他在比較宋嚴州刻小字本和明嘉靖徐氏覆宋刻三禮本《儀禮》一十七卷後，發現兩刻“十有八九相合”，然“嚴州本多訛字”，後者卻沒有，於是葉德輝在該跋中一一列明嚴州本的訛誤，最後得出結論，證明徐本勝於嚴州本。光緒三十四年（1908）八月，據影抄元定本刊印的《元朝秘史》，可算是葉德輝校刊書中最有價值的，為研究元朝曆史提供了寶貴的資料。
第六，輯佚學思想。
輯佚是指一種古籍已經亡佚散落，但在它問世傳播的年代中，已被它書廣為引用摘錄或選輯，因而其書不僅見於書目著錄，而且尚可見遺篇斷章，後人把它們搜集起來，便是輯佚。葉德輝對輯佚的起源、方法問題有獨到的研究，並且有著豐富的輯佚實踐經驗。
關於文獻輯佚的問題，《四庫全書總目》及著名史學家章學誠、王鳴盛都認為輯佚始於南宋王應麟的《三家詩考》，而葉德輝根據考證研究，得出輯佚起源於北宋陳景元《相鶴經》的結論（《書林清話》）。從此以後，學界紛紛認可，當代著名學者張舜徽《中國古代文獻史籍校讀》、《中國文獻學》，胡道靜《中國古代的類書》，趙振鐸《古代文獻知識》等皆從此說。雖未最終定論，但畢竟給後學提供了研究的新途徑。
關於文獻輯佚的方法，葉德輝提出：“輯古佚書當注明槧刻”，“元明人刻叢書往往稗販節引不言出處，近人則精益求精至並其卷數亦載明之，惟槧本亦同概未之錄，讀者或取原書校刊反滋疑實也。”（《淮南萬畢術·跋》）這種觀點是很有道理的，因為即使是同一種書，刻本不同，文字缺漏不一，不注明版本，讀者檢驗時用不同的版本很可能找不到原書出處，反而會懷疑輯佚的真實性，因此極有注明槧本的必要。
在輯佚實踐方麵，葉德輝做出了驚人成果。經他輯佚的書多達十多種，如《鬻子》二卷、《淮南萬畢術》二卷、《郭氏玄中記》二卷、《許慎南間詁》二卷、《孫柔之端應圖記》一卷、《孟子劉熙注》一卷、《傅子》三卷、《晉司隸校尉傅玄集》三卷、《月令章句》四卷、《宋趙忠定奏議》四卷等。此外，葉德輝還根據二十多種宋代著作，輯錄編纂了專門記載其先祖葉夢得事跡的《石林燕事》。在葉德輝輯佚的這些書籍中，最有名的是前兩部書，即《鬻子》和《淮南萬畢術》。