一位大臣在閱卷中正好發現一篇才氣橫溢，充滿“非常異義可怪之論”的試卷，經互相傳閱後，閱卷大臣皆以為是康有為的試卷，決定不予錄取，可惜這是梁啟超的試卷。李文田在試卷末頁批上：“還君明珠雙淚垂，恨不相逢未嫁時。惜哉！惜哉！”以此來嘲諷康有為。按當時的規定，會試發榜，前五名最後公布，當五名以後按次全公布完後，還不見康有為的名字，徐桐、李文田等人洋洋得意，以為康有為必被淘汰無疑。翁同（則開玩笑地說：“怎知前五名裏沒有康祖貽呢？”當前五名的試卷開封後，康有為的名字竟在其中，而且還擬為會元，徐桐、李文田等又驚又怒，但已找不到任何理由將康有為刷掉，隻好將其名次降至第五名。事後，徐桐惱羞成怒地聲言：“康有為來拜謁，拒不納。”誰知，在康有為的眼裏，徐桐不過是頑固不化的老古董而已，根本不會折節去逢迎他。
康有為的好友沈子培勸告說：“本朝科第向例皆以座主為師，不認座主為師，會影響科舉名次。”但康有為認為：生死有命，富貴在天，皆非人所能為也。枉己者，徒自貶節而已。
康有為不認座主為師更加激怒了這些守舊大臣，對康有為力加排斥。殿試時，閱卷大臣徐壽蘅、樹銘欲將康有為排名第一，其他各閱卷大臣都已畫圈，惟有李文田不圈，並加黃簽，將康有為降至2甲46名。朝考時，翁同（對康有為的試卷也很欣賞，欲列為會元。但由於試卷在李文田處，李對康有為的試卷橫桃鼻子豎挑眼，認為康有為試卷中有幾個字寫得不規範，加以黃簽，降至二等。但科場的名次對康有為來講已不關重要，他的前途已不是科舉所能決定。
康有為中進士後，被授工部預衡司主事。他雖然討厭做官，但仍然接受了這個官職，因為他指望這個職位雖然不高的官位可以給他在京城推行維新變法活動提供一些有利條件。他在《自編年譜》中寫道：“自知非吏才，不能供奔走。又生平講學著書，自分以布衣終，以迫於母命，屈折就試，原無意於科第，況仕宦乎？未能為五鬥米折腰，故不到署。徐公樹銘至累揖相勸，吾卒不行。”實際上康有為感到自己的前途並不在這裏，因而他始終沒有到工部任職，而是繼續從事維新變法活動。
康有為密切注視著京城的政治動向和所發生的各種事件，朝考之後，康有為又在《公車上書》的基礎上重寫了一封上皇帝書，並於1895年5月29日以進士身份，遞交都察院，呈請代奏，這就是著名的《上清帝第三書》。
《上清帝第三書》與《公車上書》相比，關於拒和、遷都的建議沒有了。康有為集中論述了中國所麵臨的危亡，並指出為安危之大計，應急速變法。變法的內容具體表現為四個方麵：富國、養民、教士、練兵，此外吸收有才能的人才參加國家管理，他提醒皇上應慎左右、通下情而圖自強，以雪國恥而保疆域。以上有關變法的內容與《上清帝第二書》基本相同，但在一些措施上更加具體。比如關於練兵，《第三書》提出了六種措施：1.汰冗兵而合營勇；2.起民兵而立團練；3.練旗兵而振滿蒙；4.募新製以精器械；5.廣學堂而練將才；6.厚海軍以威海外。康有為不僅論變法的必要性和變法的具體內容，而且還重申了他在第一書和第二書中的一個主張，即隻有吸收有才能的人參加國家管理，才能保證變法的順利進行和政權的不腐敗。康有為明確地表達了資產階級要求參與政權的主張。
這一次上書和以前不同了，由於康有為已是朝廷命官，和過去身份不同，都察院對他的上書不能再扣壓，於6月3日將上書代遞軍機處。當天，軍機大臣翁同（就將康有為的上書呈上光緒皇帝禦覽。康有為的變法主張終於上達天庭。
光緒皇帝在批準《馬關條約》後，痛於喪師敗績和割地賠款的恥辱，亟思振作，每言及國恥輒頓足流涕。當他讀到康有為的上書時，心中感到極為受用，“覽而喜之。”他從上書中得出這樣一個結論，即通過維新變法，不僅可以使中國自強，而且還可以改善自己在清朝統治集團中的地位，因而慨然以發憤自強為己任，並命令迅速將康有為的這個奏折分別繕寫成三份，一份抄發軍機處各處將軍督撫議處，一份存於乾清宮自覽，另一份存勤政殿備覽，而將都察院上呈原件送慈禧太後禦覽。
這一次上書的成功使康有為大受鼓舞，但他感到這一封上皇帝書“僅言通變之方，未發體要及先後緩急。”於是他又寫了《上清帝第四書》，“言變法次第曲折之故，凡萬餘言，方詳盡矣。”
康有為在這封上書中首先論述了變法的必要性和迫切性，同時指出變法要分先後和輕重緩急。他引證了西方各國富強的經驗後，提出了中國目前首先應在兩個方麵進行改革。
一、立科學以勵智。
康有為認為這是英國等西方國家富強的一個重要原因。對於著述新書、發今古未創之說者，製有新器、創今古未有之巧者，皆應給予精神的和物質的獎勵，並保護其專利權，使人人各竭心思，各創新法，從而使中國日益走向富強。
二、設議院以通下情。
康有為認為君臣與人民之間上下情不通是中國政權腐敗、國弱民貧的重要原因。因而應依照西方設立議院，使上下情通，民間疾苦無不上聞，朝廷的德意也無不下達，事事皆本於眾議，故奸權無所容其私，中飽者無所容其弊。他建議光緒皇帝采取五項措施：
（一）下詔求言。
允許普通民眾向朝廷上奏，陳述自己對管理國家的看法或意見。
（二）開門集議。