光緒詔定國是後,光緒為首的帝黨和慈禧為首的後黨的矛盾逐漸加深。在這尖銳的帝、後黨衝突中,楊深秀自覺地站在維新派一邊,以非常堅決的態度,同守舊派展開了針鋒相對的鬥爭。
當時,公然反對變法且氣焰比較囂張的是禮部尚書許應6.此人連守舊派元老李慈銘都認為他“素以不學為名,語言甚鄙。”楊深秀更認為他“品行平常,見識庸謬,妄自尊大,剛愎淩人。”可他“庸妄狂悖,腹誹朝旨”,專門和維新事業作對:光緒“為鼓舞人才起見,特開經濟特科”,他就“在禮部堂上倡言經濟特科之無益”;光緒“日患經濟之才少,而思所以養之”,他則“日患經濟之才多,而思所以遏之。”對待維新派他刻骨仇恨,“遇有通達時務之士,則疾之如仇。”但在帝國主義麵前,他又卑躬屈節,畏之如虎。在和德使海靖爭論時,“德使?目一視,以手視察,尚未發言,而許應6已失色,即趨出總署,德使乃大笑,加以訕誚,此等之事不一而足。”就是這種守舊之徒,卻擔任著禮部尚書及總理各國事務大臣等重要職務。為了鏟除這個障礙,楊深秀和禦史宋伯魯專為彈劾許應6而上奏光緒。在奏折中,他詳細列舉了許應6“窒塞風氣,禁抑人才”,阻撓新政劣跡,並明確指出,這類人留在總署必然“傷邦交而損國體”。所以必須將其“解去部職”,“退出總理衙門行走”,這樣“內可以去新政之壅蔽,外可以免鄰邦之笑柄”,還可以為“守舊誤國者戒”。這個奏折受到光緒的重視,不久就將許應6及其同黨革職,多少起到“懲一警百”的作用,對維新派是很大的鼓舞,梁啟超十分讚賞楊深秀這種“不畏強禦”的舉動,將他譽為“開新誌士之眉目”。
1898年9月,維新派與守舊派的鬥爭空前激烈。守舊派為廢黜光緒進行了周密的布置,京津一帶風聲鶴唳。光緒雖知道慈禧天津閱兵的陰謀,一氣之下裁去了一批頑固派官僚,以示反抗,但終因不掌握軍政實權而沒有徹底扭轉局勢。麵臨危境,楊深秀仍上奏光緒,彈劾守舊派。如:“粵撫許振球老耄貪庸……自奉到詔書,未嚐舉行一事”;“河道總督任道溶,貪狹素著”;“湖北巡撫譚繼洵守舊迂拘”;“王秉恩久在廣,貪險奸橫,無所不至……把持各局,大類權奸”;“歐陽霖久辦厘金,刻薄成性,怨聲載道”;楊樞“招搖納賄,把握威福”;陳寶琛“居鄉貪鄙,網盡商賈之利,行同市儈”等等。對這些“聲名狼藉之輩”,“即不逢裁缺,亦當分別罷斥,或優之聽其告休。”他特別強調在處理他們時要堅決徹底,“既被裁即請任其歸去,勿汲汲別議擢用,庶免阻撓新政。”
楊深秀在批判、彈劾守舊派的同時,還直接參與和支持維新派的活動。
如前所述,楊深秀和康有為交往較多,康有為對他特別看重。“初入京與相見,即褒獎不置,稱為西北一人。”楊深秀確也沒有辜負康有為的信任。當康有為立會保國時,本來曾同意和康有為一起“伏闕痛哭力求變法”的“台諫中知名之人”,絕大多數“皆不與聞”,楊深秀則“兩次到會,列名傳布”,並親自到文悌官邸向他宣傳康有為“立會保國”的主張,還把自己組織的關學會並入保國會,置於康有為的領導之下。而這正是榮祿宣布“如有相識入會者,令其小心首領”的時候。當康有為受到慈禧集團責難時,他又和宋伯魯“同以百口保康有為”。在慈禧訓政後,他還不顧自己的安危,“上疏詰問有為罪名”,以示抗議。湖南巡撫陳寶箴是積極推行新政的官吏,“銳意整頓,為中華自強之嚆矢”,卻受到守舊派的竭力反對,“其誣詞不可聽聞”,楊深秀就“抗疏為寶箴辯”。
楊深秀認為,對維新派在保薦人才時薦舉的一些守舊者,也應該罷斥,同時也要處罰保薦這些守舊者的維新派官吏,以利推行新政。例如在陳寶箴所保薦的人員中,除楊銳、劉光第、左孝同諸人以外,其餘多是“守舊中之猾吏”,這是由陳寶箴“無真識定力”所造成的。因此他建議光緒對陳寶箴也要“嚴旨儆勉,以作其氣”,而對於他所“保舉之人”,則應該“分別加以黜陟,萬勿一概重用”。他提醒光緒,即使對陳寶箴這樣的“新政重臣”所推薦的人,也應加以分析,而不能“信其所得皆賢,盡加拔擢。”這是因為“舉行新政,綜核名實之日,舉一人須得一人之用。”很明顯,楊深秀要求“嚴旨懲勉”陳寶箴和守舊派對陳寶箴的“交章彈劾”有本質的不同。區別就在於楊深秀是通過“儆?勉”敦促陳寶箴糾過,而守舊派彈劾陳寶箴則是為了鏟除推行新政的骨幹力量。這就看出楊深秀對維新變法的忠實程度――既為推行新政的人搖旗呐喊,反擊守舊派對他們的攻擊,又不容忍他們身上存在的不利於變法的妥協行為。
楊深秀對清統治者能否真正推行他的主張並沒抱很大希望,他認為“本朝氣數已一息奄奄待盡,尚能誅諫官乎!”所以他曾設想,如果出現像唐朝起兵反對武則天腐朽統治的徐敬業那樣的勇士,他決心做積極協助徐敬業起兵的駱賓王那樣的人――“八旗宗室中如有徐敬業其人,我則為駱丞矣。”說明他已初步產生了起兵反清的思想。
百日維新期間,台諫中有兩個極為活躍的人物,一是被稱為戊戌六君子的楊深秀,另一個是當時執掌山東道監察禦史宋伯魯。伯魯思想敏銳,學通中外,在擔任禦史的數年中,“豐裁峻整,彈劾不避權貴”,尤其是在變法開始後,他發人之所不敢發,言人之所不敢言,與阻撓維新的頑固派進行了反複較量,對百日維新起了促進作用。親曆戊戌變法的梁啟超就曾指出,台諫諸臣中,惟宋伯魯“言諸新政最多”。