辛亥革命前，革命誌士的觀念多是“排滿”的狹義民族主義，所以革命成功後，部分革命黨員以為目的已達，過去結合的因素消失，加上組府的人事問題，革命的其他意見，因此分化的作用便隨之發生。章炳麟的光複會本是同盟會的一個支係，辛亥光複後，同盟會主急進，章派主緩進。南京政府成立後，章即脫離同盟會，民國元年1月3日先組織中華民國聯合會。後來張謇一派的預備立憲公會因同以江浙人士為中心之故，遂與章之中華民國聯合會合並，組成統一黨，以注意民生采用社會政策、發展國民經濟等十一項為政綱，由章炳麟、程德全、張謇、熊希齡為理事，湯壽潛、唐紹儀、湯化龍等為參事。另一方麵孫武因不滿黃興，乃約湖北臨時參議員劉成禺、張伯烈等組織民社，以擁黎為號召，主張“進步主義，以謀國利民”為宗旨，發起人有黎元洪、藍天蔚、譚延？、王正廷、王鴻猷、孫武、張振武、吳敬恒、劉成禺、寧調元、張伯烈、汪彭年等。這個民社可說是以湖北人為中心。
章炳麟有學問，古怪，是個大膽敢說的人，孫大總統對他很優容。在南京組府時，章有一信給孫大總統，請戒飭左右，孫中山先生以章素好詆訶，不以為意。章遂再上一書雲：
“……武昌倡義，曾不二月。南北肅清，首發難者不敢居功，而況吾儕鼓吹之士……仆亦嚐與人言，孫君今日蒞中國而總群黎，非複曩日秘密結社時也，宜屏去幸人，委心耆秀，東西從者三數浮浪之人，一律資遣歸國，無令雜處，然後搏精一誌，勞來四民，南方雖弱，足勉自成就，嚐傳達其言於汪兆銘……箴規不聽，不得不著之報章……仆雖淺拙，亦嚐涉曆世變，死生之分，一係於執事耳。”
孫大總統對這位狂妄的國學大師不以為忤，還聘為總統府的樞密顧問，其聘函典雅可誦，有謂：
“執事目空五蘊，心殫九流，擷百家之精英，為並世之儀表，敢奉國民景仰之誠，屈為樞密顧問。庶幾頑懦聞風，英彥景附，昭大業於無窮，垂型範於九有。佇盼高風，無任向往，急惠軒車，以慰饑渴。”
從這封聘函可以看出孫大總統的豁達大度，實在是一位偉大的開國領袖。
中華民國的臨時參議院是在國民元年1月28日上午8時正式成立，議員到會的有17省38名議員。孫大總統致祝詞，然後黃興、蔡元培、居正、馬君武相繼演說。最後推選林森為議長，王正廷為副議長。
南京臨時政府時期，孫中山先生和17省代表所組成的參議院之間，始終存在著相當的距離。
古老的中國，根本就沒有國旗，及至西方列強侵入中國後，清朝才製定國旗，當時決定以“黃龍旗”作為大清帝國的國旗。龍是個抽象的東西，封建時代它代表皇帝，而黃色則是清朝的代表色，“朕即國家”，所以黃龍為清國旗是很合理的。可是龍隻在中國有象征意義，對西方各國則毫無意義，外國人根本不知道這是個什麼動物？加上早期的黃龍旗是三角形，三角形的國旗在世界國旗史中還沒有，三角形旗上的動物又是大家從來未見過的動物，洋人不知龍為何物，隻好叫它是一個“有爪之蛇”！
武昌起義時，革命軍所用的旗幟是代表十八行省的“鐵血十八星旗”，後來又改為代表漢（紅色）、滿（黃色）、蒙（藍色）、回（白色）、藏（黑色）的五色旗代表五個民族。南京臨時政府成立時，臨時參議院議決，以五色旗為中華民國的正式國旗。孫大總統卻堅決主張以青天白日旗為國旗，他提請參議院複議的谘文中曾列舉如下的理由：
“貴院議決以五色旗為國旗，本總統認為未可遽付頒行。清國舊製，海軍以五色為一二品大官之旗，今黜滿清之國旗而用其官旗，未免失禮。五色旗用意為五大民族，然其分配代色，取義不確，如以黃代滿之類。且既雲五族平等，而上下排列仍有階級……天日之旗為漢族共和黨（注：即同盟會的前身興中會）人用之於南方起義者十餘年，乙未年陸皓東身殉此旗……青天白日取象宏美：中國為遠東大國，日出東方，為恒星之最大者，且青天白日示光明正照，自由平等之義……”
臨時參議院認為青天白日旗僅是同盟會一個黨派所製定，不能代表全國，而五色旗已經為武昌革命軍所采用，就具有極大的曆史意義，因此該院仍然決定以五色旗為國旗，而將青天白日旗改為海軍軍旗，並將武昌革命軍初期所用的十八星旗規定為陸軍軍旗。
興中會早期曾用過紅、藍、白三色旗，紅色象征“流血以求自由”，藍色代表“公正平等的天空”，白色說明“人心皎潔而互愛”。三項意義表示“自由、平等、博愛”。這個三色旗不久即為青天白日旗所取代。
北方的革命活動
革命軍中雖多數存在妥協意念，可是還有一部分是堅決主張把革命向北方推進。第一次是在辛亥十月初九日（11月29日），北方革命同誌準備在北京發動軍事行動，由於楊度和汪兆銘的疏通，據說袁世凱已答應響應。其計劃是於初九日晚由革命黨在北京鳴炮，並在正陽門、崇文門、宣武門諸處發難，袁則命禁衛軍第四標由西直門以南進攻西華門，並命其長子袁克定率3000兵攻東華門以響應革命黨。到了九日晚革命黨人依計劃發動於正陽門、崇文門、宣武門，各任一路以進攻天安門、東華門、西華門。這時果然見到一支軍馬來迎，革命同誌以為是袁克定來接應，不料竟是軍警探諜，四麵包圍，捕去同誌李漢傑等十餘人，這第一次舉義便失敗了。