保護修複自然生態
生態保護和建設的重點要從事後治理向事前保護轉變，從人工建設為主向自然恢複為主轉變，從源頭上扭轉生態惡化趨勢。
在天然林保護區、重要水源涵養區等限製開發區域建立重要生態功能區，促進自然生態恢複。健全法製、落實主體、分清責任，加強對自然保護區的監管。有效保護生物多樣性，防止外來有害物種對我國生態係統的侵害。按照誰開發誰保護、誰受益誰補償的原則，建立生態補償機製。
專欄12生態保護重點工程天然林資源保護。對工程區內9.418萬公頃天然林和其他森林實行全麵有效管護，在長江上遊、黃河上中遊工程區造林579萬公頃。
退耕還林還草。在長江、黃河流域水土流失以及北方風沙地區等繼續實施退耕還林還草。
退牧還草。在內蒙古東部、內蒙古甘肅寧夏西部、青藏高原東部、新疆北部四大片區治理嚴重退化草地。
京津風沙源治理。退耕還林34萬公頃，在宜林荒山荒沙地區造林29萬公頃，人工造林127萬公頃，飛播造林145萬公頃，封沙育林育草95萬公頃，草地治理291萬公頃。
防護林體係。建設“三北”防護林體係四期工程，長江、珠江防護林和太行山綠化、平原綠化及沿海防護林體係工程。推進三峽庫區綠化帶建設。
濕地保護與修複。建設222個濕地保護區，其中國家級濕地保護區49個，通過對水資源的合理調配和管理等措施恢複重要濕地。
青海三江源自然保護區生態保護和建設。退牧還草644萬公頃，退耕還林還草0.65萬公頃，封山育林、沙漠化土地防治、濕地保護、黑土灘治理80萬公頃，鼠害治理209萬公頃，水土流失治理5萬公頃。
水土保持工程。新增水土流失治理麵積1900萬公頃。實施石羊河流域綜合治理。
野生動植物保護及自然保護區建設。建設和完善一批自然保護區，繼續實施對極度瀕危野生動植物物種的拯救工程。
石漠化地區綜合治理。通過植被保護、退耕還林、封山育林育草、種草養畜、合理開發利用水資源、土地整治和水土保持、改變耕作製度、建設農村沼氣、易地扶貧等措施，加大石漠化地區治理力度。
加大環境保護力度
堅持預防為主、綜合治理，強化從源頭防治汙染，堅決改變先汙染後治理、邊治理邊汙染的狀況。以解決影響經濟社會發展特別是嚴重危害人民健康的突出問題為重點，有效控製汙染物排放，盡快改善重點流域、重點區域和重點城市的環境質量。
第一節 加強水汙染防治
加大“三河三湖”等重點流域和區域水汙染防治力度。科學劃定飲用水源保護區，強化對主要河流和湖泊排汙的管製，堅決取締飲用水源地的直接排汙口，嚴禁向江河湖海排放超標汙水。加強城市汙水處理設施建設，全麵開征汙水處理費，到2010年城市汙水處理率不低於70%。
第二節 加強大氣汙染防治
加大重點城市大氣汙染防治力度。加快現有燃煤電廠脫硫設施建設，新建燃煤電廠必須根據排放標準安裝脫硫裝置，推進鋼鐵、有色、化工、建材等行業二氧化硫綜合治理。在大中城市及其近郊，嚴格控製新（擴）建除熱電聯產外的燃煤電廠，禁止新（擴）建鋼鐵、冶煉等高耗能企業。加大城市煙塵、粉塵、細顆粒物和汽車尾氣治理力度。
第三節 加強固體廢物汙染防治
加快危險廢物處理設施建設，妥善處置危險廢物和醫療廢物。強化對危險化學品的監管，加強重金屬汙染治理，推進堆存鉻渣無害化處置。加強核設施和放射源安全監管，確保核與輻射環境安全。加強城市垃圾處理設施建設，加大城市垃圾處理費征收力度，到2010年城市生活垃圾無害化處理率不低於60%。
專欄13環境治理重點工程重點流域水汙染治理。“三河三湖”、三峽庫區、長江上遊、黃河中上遊、鬆花江、南水北調水源及沿線的水汙染治理工程。
燃煤電廠煙氣脫硫。增加現有燃煤電廠脫硫能力，使90%的現有電廠達標排放。
醫療廢物及危險廢物處置。建設醫療廢物及危險廢物集中處置設施，基本實現醫療廢物及危險廢物的安全處置。
核與輻射安全工程。加快中低放射性廢物處置場建設，解決高放射性廢物永久處置問題。
鉻渣汙染治理。對堆存鉻渣及受汙染土壤進行綜合治理，實現所有堆存鉻渣無害化處置。