即便如此，豐田大將有一個相當遺憾之處，那就是全然沒有指揮過太平洋戰爭中已上升為主戰力的日本海軍航空部隊。在戰前二年中，雖然有二個艦隊司令長官的經驗卻沒有擔任艦隊司令長官，因此，在成為聯合艦隊司令長官後，對其作戰指揮帶來很大的影響，這在「阿」號作戰中的馬裏亞納海戰的完敗中得以了解。
昭和19年3月31日，從聯合艦隊司令長官古賀峰一大將突然戰死，到繼任者豐田大將擔任這一個多月中，聯合艦隊的指揮根據軍令承行令，由西南方麵艦隊司令長官高須四郎大將繼承。高須大將的司令部機構並沒有能力對聯合艦隊的全麵作戰進行指揮，此間，必然導致了偏重了西南方麵的作戰指導。
這樣的結果，費盡心機才開始進入馬裏亞納方麵的角田覺治中將指揮的基地航空部隊的一部分轉用於新幾內亞西北部的作戰，不僅妨礙了該部隊訓練程度的提高，還白白損失了近百架飛機。因此，對全盤作戰造成了相當嚴重的阻礙。5月3日，豐田大將作為聯合艦隊司令長官，根據大本營軍令部的作戰指導方針，發布了聯合艦隊「阿」號作戰命令。其要點是：聯合小澤治三郎中將指揮的機動部隊和角田覺治中將指揮的基地航空部隊的戰力，對以空母機動部隊為基幹的敵艦隊白晝強襲，進行遠距離的先發製人攻擊。
大本營海軍部和聯合艦隊司令部統一思想後的作戰方針是，采納小澤中將於昭和19年3月提出的機動部隊戰策。但這並不是紙上談兵，實質問題這種戰策有不容忽視的巨大缺陷。小澤部隊和角田部隊的飛行隊不但訓練程度明顯不足，所需的器材與定額相比也有巨大短缺，而且明顯對美機動部隊的實力缺乏認識。
當時，軍令部總長是海軍大臣島田繁太郎，軍令部次長是伊藤整一中將、第一部部長（作戰部部長）是中澤佑少將。另一方麵，聯合艦隊參謀長是草鹿龍之介中將，首席參謀是高田利種大佐。這些人中，隻有草鹿中將和高田大佐有空母對空母的戰鬥經驗，但也不是曆經戰鬥的飛行將校。另外，航空出身的軍令部第一課課長山本親雄大佐、負責航空作戰的部員源田實中佐、聯合艦隊的航空甲參謀淵田美津雄中佐等，雖然充分掌握第一線部隊的實情，但他們擔任的也隻是輔職。
就像上麵說的，決定「阿」號作戰方針時，那些航空出身者沒有充分的向他們的上級提出意見，或是他們雖然提出了意見但他們的上級卻並不理解。有人曾在馬裏亞納海戰前夕直接地告訴過源田中佐，機動部隊的飛行員的訓練程度明顯不足。但軍令部和聯合艦隊司令部的多數意見是采納「超遠距離」戰法。
那原因究竟在哪裏呢？昭和18年後期，東南方麵美軍投入了許多新銳飛機，海軍的F6F、陸戰隊的F4u、陸軍的P-38等，我方隻是彗星和天山等少數新製式飛機，飛行員的訓練程度急劇下降，敵我航空戰力已無法相提並論。而前麵說的飛行將校出身的人很可能並沒有如實地了解到這些情況。
源田中佐於昭和17年11月以後離開第一線工作。淵田中佐在中途島海戰中負傷後經過短暫的內地工作，昭和18年7月新編第一航空艦隊時，任該艦隊的作戰參謀，業務是編成10個以上的航空隊。他的前任和古賀大將一同戰死，他本人於昭和19年4月末就任聯合艦隊司令部航空甲參謀。因為有這樣的情況，他可能並沒有機會詳細了解母艦飛行隊的實情。山本大佐開戰前離開第一線部隊，有些事情的確是無法了解的。
古人雲：知己知彼，百戰不殆。日本海軍將校也大多堅信。但「阿」號作戰當時的海軍作戰的最高責任者，卻並不清楚我海軍的主要兵力、即航空部隊的實情，不可否認，他們過於低估了美空母機動部隊的實力。雖然考慮到豐田大將是緊急調任聯合艦隊司令長官，作為古賀大將的後任，但「阿」號作戰失敗也難逃其咎。5月22日，在東京灣停泊中的旗艦大澱號輕巡洋艦，豐田大將就「阿」號作戰向全軍訓示：
此次作戰，實係皇國興廢。決戰部隊，特別是航空部隊、潛水部隊向必勝邁進，各方麵部隊堅固支撐要地，形成銅牆鐵壁。望全軍善戰勇鬥，誓死作戰，完成任務。
結果打到6月20日，日本第一機動艦隊呢？439架飛機中的378架沒了，損失率達到86%，飛行員445名戰死，至此，可以大致上認為大日本帝國海軍的航空兵力已經不存在了。手中還剩下30架零戰，15架艦爆，16架艦攻，就是說一艘航母的數量飛機的小澤治三郎還要進攻，最後在豐田聯合艦隊司令長官的命令下才怒不可遏地含淚撤離了戰場。如果小澤不撤離戰場的唯一可能結果就是斯普魯恩斯不會再受到責備，因為戰鬥再延長下去日本艦隊沒有能夠繼續存在的理由。
「阿」號作戰失敗後，豐田大將指揮的聯合艦隊喪失了有組織的作戰能力。作為聯合艦隊支柱存在的空母機動部隊已名存實亡，基地航空部隊也沒有了往日的生機，對潛水部隊也無法抱有大的期待，已經無法指望發揮各部隊的統一戰鬥力了。隻有以「大和」、「武藏」為基幹的水上部隊還保留著像樣的外表，但在美空母機動部隊咄咄逼人的狀態下，也無法期待其充分發揮戰鬥力。
「阿」號作戰後，作為責任人，東條英機首相兼陸軍大臣兼參謀總長和島田繁太郎海軍大臣兼軍令部總長被迫辭職。實質上意味著日本國已經戰敗。但戰爭還在繼續進行。
豐田大將根據大本營指示，將重點置於「捷號作戰」中的捷一號（菲律賓島方麵）、捷二號的作戰準備。
10月10日，美國海軍中將馬克·米切爾率16艘航空母艦組成的機動部隊首次襲擊衝繩。當時，豐田大將從菲律賓視察歸來，正在台灣的高雄，立即命令「捷一號、捷二號作戰警戒」。之後，在神奈川縣日吉台的聯合艦隊司令部根據豐田大將的指示，命令基地航空部隊捕捉、殲滅敵人。12日、13日，美空母機動部隊襲擊了台灣。