蔣介石根據馬步芳的呈報，頒發了敘功獎章。馬元海、馬彪、馬樸、韓起功、馬步康等得到了不同等級的“國花獎章”一枚。馬步芳的兒子馬繼援得到“國花一級三等獎章”，其實馬繼援那時還在學校裏學習。馬繼援在中學求學時期，就被委派為青海南部邊區警備司令部上校參謀長，並經南京軍政部予以正式任命。馬繼援從昆侖中學畢業後，就直線上升，由旅長而軍長，睥睨一時。
河西戰役之時，紅軍稱謂“二馬”的軍隊為“馬家軍”，從此這個名稱似乎流傳開來。馬步芳深恐蔣介石懷疑他獨樹一幟，先後發表布告和小冊子，並上報軍委會，強辯自己是“國家的軍隊，人民的武力”。中央政治學校附設蒙藏學校青海籍學生中的擁蔣反馬分子，遂利用《新青海》，指責馬步芳“虛張聲勢，跡行誇大”，並揭露其乘機擴張勢力、坐地壯大等罪行。馬步芳乃於1936年12月3日，電報蔣介石，以“恐有貽誤”為由，辭卸青海省政府代理主席和新編第二軍軍長等職務。
蔣介石於12月8日以齊電慰留說：“該員夙嫻豹略，近益鷹揚，殊堪嘉尚……除西北總部，已明令裁撤，該縱隊自應撤銷外，所請辭卻代主席、新二軍長及青海保安處長等職，著勿庸議。”馬步芳於12月10日對《青海日報》記者發表談話：“本主席奉令辦理民團，彼時一般不明真相者，紛紛議論，不日擴充勢力，即日增加軍隊，妄作言論，清談誤國。”
1937年4月27日，蔣介石派軍委會西安行營中將參議蕭致平，代表蔣介石來青，表示安撫。馬紹武在歡迎蕭的大會上致詞。他根據馬步芳指示說：馬軍長的做法“純為求統一及安內工作，並非為地方或個人而戰”。《青海日報》同時發表了標題為《歡迎蕭致平來青宣撫》的短評。蕭讀報後，即在省政府會見《青海日報》總編說：“這次來青是奉命慰問，並非宣撫，請予更正。”馬步芳聽編者彙報後說：“人們說我擴張勢力，就是來宣撫，既是說慰問，就算慰問。”第二天報上做了更正，稱措詞是記者筆誤。
《青海日報》1937年4月13日：軍事委員會西安行營代表蕭致平，此次代表蔣委員長來省慰問剿匪將士，攜帶慰勞款洋二萬元，蕭氏日前除為駐省部隊賞洋一萬元，此項款項已為負傷官兵，每人賞給五元，餘發給參戰將士，其餘一萬元，將由□□□赴河西，獎給河西騎五師雲。
馬步芳於6月1日舉行“剿赤”陣亡軍民追悼大會，蔣介石又派軍事委員會高級參謀兼第三組組長陳啟之來青參加。會後將木製的許多“陣亡將士”靈位送到昭忠祠供祀。並令西寧東關清真大寺、各縣清真寺、省垣佛教會，以及各蒙藏地區的寺院等舉辦佛事。