雖然上述這些記錄和證據是非常寶貴的，而且成為科學家們研究、鑒定、探討的依據，但是要依靠它們來確定怪獸究竟屬於哪一種動物，還缺少根本性的依據。因為沒有實物，無法與已知的各種動物和古生物的化石骨骼做比較，也就無法對比鑒定。所以日本的生物學家們說：“哪怕帶回一個小小的牙齒骨骼也好呀!”然而，畢竟太遺憾了……
它到底是什麼？科學家們至今對此還是爭論不休，眾說紛紜。從1977年報道這一消息後，這場爭論大體上經曆了這樣一個過程：蛇頸龍說——鯊魚說——爬蟲類動物說——不認識的動物說。
下麵簡要敘述各派假說的論據：
最初，有人認為它是鯨魚、鯊魚，也有說是海豹、海龜的；但是這幾種猜測，依照留下的3個證據都被一一否認了。現在焦點是人們懷疑它是7000萬年前便已絕滅了的蛇頸龍的子孫。其中一個主要的依據，是它有那樣長的頸。圍繞著它的長脖子，人們爭論不休，許多學者欣喜地宣布：它是“活著的蛇頸龍”。
日本橫濱國立大學的鹿間時夫教授認為：“從照片上看，僅限於爬行類，然而可以考慮太古生息過的蛇頸龍，可以說是發現了名副其實的活著的化石。”日本國立科學博物館古生物第三研究室的小島鬱生也說：“從照片看來，似乎是蛇頸龍後裔。蛇頸龍有兩種，一種是頭小頸長，一種是頭稍大頸短；這似乎是頸短的一種”法國自然博物副館長包雪女士以及一些新西蘭生物學家等都同意這種說法。
的確，怪獸與蛇頸龍有著極其相似的地方。人們以怪獸骨骼圖與蛇頸龍的化石骨骼做了比較，無論是整個骨架結構，或者局部的鰭、尾、頸，都與之相似。特別應該指出矢野的怪獸骨骼圖是根據他的目測和推測畫的，並不完全準確，但其結構與短頸蛇頸龍如此相像，不能不說這種蛇頸龍說是有一定根據的。蛇頸龍是生存於侏羅紀後期至白堊紀時期的一種海洋爬行動物，它的細脖子很長。與它外形相似的陸上蜥腳類恐龍，最初也有著細長脖子，但是發展到侏羅紀後期，這種細長頸的恐龍逐漸消亡，代之而起的是白堊紀早期的素食龍(如腫頭龍、滄龍等)，頸部都比較短了。蛇頸龍也向頸短的方向發展，如果是這樣，日本發現的這頭怪獸也可以說是更進化了一些吧？於是報上宣布：“這是20世紀的最大的發現!”
但是不久，對那一把唯一的物證——怪物須條，東京水產大學進行了蛋白質的分析，發現它的成分酷似鯊魚的鰭須，於是報紙、新聞又轉向鯊魚說，一時間“巨鯊”、“一種未見過的鯊魚”的說法又充滿了報紙。此時，英、美一些國家的生物學家也持此觀點。英國倫敦自然史博物館的奧韋恩·惠勒說：“這個獵獲物大概是鯊魚，以前在世界各海濱附近曾發現許多別的怪物，結果弄清楚後，都是死鯊魚。鯊魚是一類軟骨魚。它們沒有硬骨架。當鯊魚死後，屍體逐漸腐爛時，頭部和鰓部先從軀體脫垂，這樣就形成一個細長的‘頸’，末端像個小小的頭。許多日本漁民，甚至更為內行的人都被其類似蛇頸龍的形狀所愚弄……”這種說法似乎很有道理，而且一時間許多持有蛇頸龍說法的人也都放棄了自己原來的主張。怪獸等於鯊魚，仿佛已成定論。
但是，經過再次測試須條，又不能肯定它是鯊魚了，加上一部分學者堅持爬蟲說，鯊魚說又開始動搖了。
的確，根據科學家和日本記者的現場調查，提出了種種否定它是鯊魚的根據：
其一，鯊魚的肉是白的，而怪獸的肉則是赤紅的。
其二，當“瑞彈丸”號船員們把它撈上來時，現場沒有一個人懷疑它是鯊魚，為什麼呢？
記者調查了這個問題。原來鯊魚沒有排尿器，體內積蓄的尿是利用海水的浸透壓力，從全身排出的；因此，鯊魚的肉有一種尿特有的臭味，有經驗的漁民都會聞出來。“瑞彈丸”號的漁民們正是由於這一點而否定了它是鯊魚。