於是一場君臣間新的博弈再次上演。江南大營二次被攻破的時間是鹹豐十年閏三月十六日（1860年5月6日），從這時起，直到當年七月下旬的三個多月時間裏，君來臣往七八個回合，鹹豐皇帝不再是上一次的不動聲色，而表現為極度的急迫與無奈，而曾國藩則一反上次的沉不住氣，而表現為堅毅如山，其原因恰在於形勢已經發生了根本性改變。
江南大營的最後崩潰，標誌著清廷在南方的綠營兵已經基本瓦解，由此徹底打破了清廷漢人賣命、滿人收功的美夢，不得不轉而依靠湘軍獨拯東南大局。主持江南大營的欽差大臣和春自縊、副帥張國梁戰死，兩江總督徐桂清逃往上海，隨後被革職拿問。正是在這樣的背景下，清廷軍政雙方所有的目光全都集中到曾國藩的身上。因為江南大營一潰，整個江蘇南部即蘇州、常州、無錫等地的形勢都岌岌可危。於是杭州將軍滿人瑞昌屢次三番奏請鹹豐皇帝調曾國藩前往救援，不惜建議鹹豐皇帝給曾國藩以事權，借此激勵曾氏以迅速前來挽救蘇南潰局。麵對國家經製兵在自己的眼前無可奈何花落去，鹹豐皇帝隻好轉而寄望於湘軍，而且四顧無人，不得不收起防猜之心，起用曾國藩，授予兩江總督的地方實權。當然，在兩江總督的任命上，鹹豐皇帝也曾想繞開曾國藩而授予胡林翼，是首席軍機大臣肅順的建言令鹹豐皇帝改變了初衷。由此讓我們看了耐人尋味的一幕，即漢臣與滿臣的相向轉化，當初是漢臣祁巂藻建言喚醒鹹豐皇帝對曾國藩的防範，如今卻是滿臣肅順令鹹豐皇帝放下對曾國藩的猜忌。這不難想象，漢臣若要鞏固自己在滿人皇帝心中的寵信，必須表現出十足的忠心，包括用犧牲同類來證明自己的忠心；而滿臣則由於沒有顧忌，反而更能看重對漢臣的使用。
與前次相比，這一次矛盾的焦點不在地方實權的伸手索要與堅執不授，而是用兵方略上的激烈碰撞與反複相爭。曾國藩的主張一如既往，堅持以上製下，從長江上遊的武漢—九江—安慶，直指太平軍的老巢南京，而此時武漢和九江已經由胡林翼和李續賓先後拿下，而作為安慶西路門戶的太湖也已由曾國藩和胡林翼協力收複，並分別於江南大營崩潰前四十天做出圍城與打援的具體部署，後二十六天由曾國藩的四弟率軍進圍安慶。但是鹹豐皇帝卻主張先舍上遊，直入蘇南，而全力規複下遊，以保衛蘇常為第一要務，因為這裏是清廷的錢庫和糧倉。初時，鹹豐皇帝還擔心曾國藩東下會招致西線太平軍的反攻，同時也寄望蘇南的清軍能夠阻滯太平軍東征，故此對曾國藩還隻是采用商量的口吻。誰料不到二十天時間，常州、蘇州、無錫相繼失陷，鹹豐皇帝再也沉不住氣了，便開始嚴旨催促，也正是這時，才任命曾國藩署理兩江總督，要他立即起程赴任，這相當於將曾國藩置於這樣一個位置：不再是僅僅為清廷做事，而是去收複自己的領地與衙門。但是曾國藩不為所動，他上書痛陳利害，他同鹹豐皇帝講了一個道理：蘇常未失，即宜提兵赴援，以保完善之區；如今蘇常既失，則須通籌全局，抓住要害，立足根本。然後從兵勢與曆史經驗入手，向鹹豐皇帝建言：“自古平江南之賊，必踞上遊之勢，建瓴而下，方能成功”，而在此時，則是“非皖莫屬”。此時的曾國藩已經成竹在胸：清軍整個戰局必須服從他的部署，即以湘軍為主體，以湖北、湖南、江西為戰略基地，以浙江、鎮江、揚州、皖南等地為支撐，全力施行以上製下的用兵方略。
形勢今非昔比，鹹豐皇帝已經失去了往日的權威，盡管他大為惱火，但又奈何不得，隻好認可曾國藩的方略：“通籌全局，甚合機宜，即著照所擬辦理。”其後又將曾國藩的兩江總督由代理變為實授，還委以欽差大臣，督辦江南軍務，盡管其後還曾借機令曾國藩奔赴蘇南，但已如強弩之末，再無強迫曾國藩之力。事情竟是這樣的荒誕，太平軍好像是曾國藩的清道夫，將擋在曾國藩前麵的障礙逐一搬除，以讓他來掘自己的墳墓。但是曾國藩終究是鹹豐皇帝請出來的，當年的那位傻得可惱可恨又不乏可愛的諍臣，居然同自己扳了十年手腕，最終被扳倒的居然是高居君位的自己，實在是匪夷所思。好在君臣恩怨糾結的所有劇目行將演完之際，又突然續出一個尾聲，盡管這尾聲幾乎形同鬧劇，但是卻為這難解難分的君臣關係做出了畫龍點睛般的歸結，從而為鹹豐皇帝賺回了臉麵。