曾國藩以謙卑圓融之態營造了比以前更舒適的生存空間。而左宗棠的傲慢卻終於受到了報複。鹹豐九年年底，左宗棠遇到了自己人生中最大的跌蹉。鹹豐四年入幕後不久，駱秉章就開始對左宗棠言聽計從；按左宗棠自己的話說：“所計畫無不立從。一切公文，畫諾而已，絕不檢校。”《南亭筆記》這樣記載：左文襄初以舉人居駱文忠公幕府，事無大小，專決不顧。文忠日與諸姬宴飲為樂。文襄嚐麵嘲之曰：“公猶傀儡，無物以牽之。何能動邪？”文忠幹笑而已。
說的是駱秉章把一切交給左宗棠，自己每日隻是飲酒作樂。左宗棠當麵嘲笑駱秉章說，你不過就是一個木偶，我怎麼牽，你怎麼動。聽到如此露骨的嘲諷，駱秉章也隻有幹笑而已。這則逸事從情理上來講絕無可能，左宗棠再驕橫，也斷不至此。不過，作為描摹駱左關係的一幅漫畫，卻十分生動傳神。
由於駱秉章如此放手，左宗棠也就毫不客氣，把自己當成了真巡撫，將全省官員當成自己的下屬，“一意孤行”，對那些品級很高的大員也不假顏色。雖然在左的治下，湖南“自刑名、錢穀、征兵、練勇與夫厘金、捐輸，無不布置井井，洞中機要”，但他的作風卻得罪了許多官員。在湖北居官之李香雪就寫信告訴胡林翼：“湘中人來，頗怨左公。”左氏自己也感到“所處之地介於不紳不幕之間，蹤跡太幻”，遂“為世所指目”。
關於這次災難的起源，有兩個版本。一個是徐宗亮《歸廬談往錄》記載，永州鎮總兵樊燮曾經拜訪湖南巡撫駱秉章，身為幕僚的左宗棠出與樊燮共談，不料雙方“意大齟齬”，雖然樊燮為二品大員，左宗棠以一介舉人，居然“進起批樊頰”，並且大肆詈罵，使“樊不能堪”，兩人從此結下不解之怨。
而據劉成禺《世載堂雜議》記載，鹹豐九年，永州鎮總兵樊燮因事謁見駱秉章。駱秉章讓樊燮直接去見左宗棠。總兵是二品大員，但清代重文輕武，左宗棠更是看不起胸無點墨的武官。樊燮自恃大員身份，見了左宗棠沒有請安，惹得傲慢慣了的左宗棠怒氣大發：“武官見我，無論大小，皆要請安，汝何不然？”不料樊燮也是個倔性子，頂撞道：“朝廷體製，未定武官見師爺請安之例，武官雖輕，我也朝廷二三品官也。”左宗棠平時最忌諱人家提他的“師爺”身份。中不了進士才去給人家當師爺，這是表麵上風光無限的左氏內心的隱痛。他最受不了別人因為他的師爺身份而輕視自己，因此勃然大怒，上前一腳踢翻了樊燮，嘴裏還大罵：“王八蛋，滾出去！”不久，左宗棠就慫恿駱秉章彈劾樊氏，使他被革職回了老家。
事實是否真的如此具有戲劇性已不可考。但是左宗棠慫恿駱秉章彈劾樊燮確有其事。官場之上，冤家宜結不宜解，因為你不知道哪塊雲彩有雨。樊燮與湖廣總督官文關係極為密切。在官文的支持下，他一個狀子把左宗棠告到了朝廷，說左宗棠是“劣幕”，一官兩印，囂張跋扈。一個師爺敢打二品大員，這還了得？朝廷發下諭旨，命人逮捕左氏，“果有不法情事，可即就地正法”。一時之間，不可一世的左師爺頭顱岌岌可危。
聞聽左氏遇禍，曾國藩“焦灼極切”，他不光為朋友憂，也為大局憂。他在家信中憂心忡忡地寫道：湖南樊鎮一案，駱中丞奏明湖南曆次保舉，一秉至公，並將全案卷宗封送軍機處。皇上嚴旨法責，有“屬員聳恿，劣幕要挾”等語，並將原奏及全案發交湖北，原封未動，從此湖南局麵不能無小變矣。
左宗棠遇到的這一大難，可與曾氏家居困境相比。左當時對曾是雪上加霜。此際曾國藩卻對左雪中送炭，關愛有加。他十分體諒左宗棠此際的心境，怕他因為驚憂過度，損害健康，因此去信加以寬解。九月三十日，曾在給左的信中寫道：“得聞樊案又生波折，深恐台端憤悒自傷，適丁果臣一信，道所以處之之法甚精當，想潤帥已抄送左右矣。”除了溫辭慰問，曾國藩還全力以赴，托關係走後門，幫左氏解脫。鹹豐帝將此案交湖北正考官錢寶青審辦，錢寶青是曾國藩的門生，於是曾氏以座師身份，請他設想緩解。在錢的努力下，左氏暫時未獲牢獄之災，得以順利離開湖南。
鹹豐九年十二月，左宗棠退出了巡撫的幕府，以北上會試為名，打算“直之於朝”，在皇帝麵前剖白此事原委。他對這個極端的辦法本來也心裏沒底，一路風雨交加，前途茫茫，心情極差。路上他收到了胡林翼寫來的信，勸他不要北上，因為陷害他的人並不會因為他離開幕府而罷手，正在四處布置，他去北京，無疑是自投羅網。左宗棠看了這封信，感到進京既無出路，回到老家，對方仍能“尋蹤而得”，深感“側身天地，四顧茫茫”，無安身之地。
思前想後，他決定避難軍營。於是掉頭南旋，來到宿鬆曾國藩大營。曾國藩對左氏的到來大表歡迎，二十天中，他與左“昕夕縱談東南大局，謀所以補救之法。”左宗棠向曾國藩表示，請讓他自帶一隊湘軍，以一個普通小營官自效，萬一官文等“必不相舍，山北山南網羅密布，即匿影深山，亦將為金丸所擬”，那就帶隊“策馬衝鋒”，在戰場上結束自己的生命。可見悲觀到了何等地步。