同治五年（1866），左宗棠出任陝甘總督，受命鎮壓西撚軍。後又因為西北地區回教起義導致局勢動蕩不安，左宗棠繼續西征。曾左二人也因此有了平生最後一次交集。
左宗棠十分看重這次出兵，平定太平天國，他隻是曾國藩的配角。這次征西他卻成了主角。雖然頭發已白，他卻豪情萬丈，決心傾情出演。
然而這次出征麵臨著一個最大的難題，那就是籌餉。因為西北乃天下貧瘠之區，餉源不能指望當地，勢必要“用東南之財賦，贍西北之甲兵”。西征之初，他就對朝廷聲明，這次戰爭，“籌餉”重於指揮戰鬥。他在信中甚至這樣說：“仰給各省協款，如嬰兒性命寄於乳媼，乳之則生，斷哺則絕也。”這樣，曾國藩與左宗棠不可避免又要打起交道。因為同治九年，曾國藩回任兩江總督，其轄下的江蘇乃西征軍重要的餉源地。
晚清督撫之間的個人關係，對政治運作影響極為重大。事實上，雖然朝廷規定各省要按份額及時供給西征軍軍費，但隻有少數與左宗棠個人關係好的省份盡力供應，而那些與左宗棠個人關係一般的省份都沒能做到如數按期，《光緒東華錄》概括西征之餉的落實情況說：“各省撥解之數，有過半者，有不及一半者。惟湖南止解三分之一，河南撥解不及十分之一，廣東、福建、四川欠解亦多。”所以，當左宗棠聽說曾國藩回任兩江後，第一反應是擔心曾國藩不實心實意支持他，破壞他成就大功：“我即與曾公不協，今彼總督兩江，恐其隱扼我餉源，敗我功也。”然而不久他就發現他判斷錯了。其後，曾國藩分內的那份軍餉就源源不斷，穩定而可靠地輸送而來，不但足額而且及時。史載“文正為西征軍籌餉，始終不遺餘力，士馬實賴以飽騰”，這讓左宗棠大為意外。
除此之外，在左宗棠剿撚及西征中，曾國藩又將最得意的部下劉鬆山交給左宗棠使用，劉鬆山屢立巨功，對左宗棠幫助極大。“又選部下最悍將最健者，遣忠壯公鬆山一軍西征，文襄之肅清陝甘乃新疆倚此軍之力，是則文襄之功，文正實助成之”。
二左宗棠身上最大的弱點，就是執著於“爭功”。打一個不客氣的比方，左宗棠就是莊子故事中的那隻貓頭鷹，而戰功則是那隻死鼠。直到晚年，這種心態絲毫沒變。然而晚年曾國藩的心事，卻早已達到看破功名，躋身聖域的境界。在他晚年，念念不忘的隻有“責任”二字，至於浮名，他確實是可以置之笑談之外的。處理天津教案，他就分明是以自己的名聲為代價，換得了國家的平安。曾氏死後，他的老朋友歐陽兆熊寫了一副挽聯，其下聯曰：省身留日記，讀到獲麟絕筆，將汗馬勳名、問牛相業，都看做秕糠塵垢，開拓萬古心胸。
這副下聯稍有拔高，但據事實不遠，應該說是讀懂了曾氏心胸。
雖然一直不斷挨著左宗棠的罵，對左氏之才，曾國藩卻一直是讚不絕口。在聽說左宗棠將要西征之時，曾國藩與常州呂庭芷之間有過這樣一段對話：曾國藩問呂庭芷：“你對左宗棠怎麼看？請平心論之。”呂庭芷雖然明知曾、左二人恩怨，但更深知曾國藩的為人，因此坦率回答：“他處事之精詳，律身之艱苦，體國之公忠，竊謂左公之所為，今日朝廷無兩矣。”陳其無在《庸閑齋筆記》記載，曾國藩聞聽此言，擊案起身，雙目放光，大聲說道：“誠然！此時西陲之任，倘左君一旦舍去，無論我不能為之繼，即起胡文忠於九泉恐亦不能為之繼之。君謂之朝端無兩，我以為天下第一耳！”這就是“曾國藩心目中時刻有左宗棠”的最好寫照。
二人心術差距如此之大，曾國藩自然就成了莊子故事中的那隻鵷鵮。曾國藩剛回兩江，左宗棠就漲紅了臉，羽毛豎起，怒目而視，發出嚇人的喝叫，一何可笑。直到曾國藩的舉動大出其意外，左宗棠才意識到，他誤解了曾國藩。他突然發現做了幾十年的朋友，他其實一直沒有真正理解曾國藩。
曾左晚年這最後一次交集，確實頭一次感動了左宗棠。左宗棠第一次對曾國藩產生了發自內心的敬重和欽佩。在此之前，左宗棠是戴著“科舉情結”和“瑜亮情結”這兩副有色眼鏡，一直認為曾國藩是一個以術製人的偽君子，至此才徹底推翻了自己的判斷。這是曾左關係上的一個重要轉折點。