辛酉政變後，慈禧太後雖然如願以償地抓到了權柄，但擺在她麵前的，卻是鹹豐留下的一個爛攤子。在這一年，太平軍及其他義軍暫時看不到平息的跡象，大清國的國力也由此不斷內耗，日子一點兒都不好過。
治世行教化，亂世用重典。為了重整朝綱並樹立自己的個人權威，慈禧考慮再三後，決定采取最簡單也是最有效的方法，那就是：殺人。
當然，殺人也得講究方式方法，殺的人少了，不起作用；殺的人多了，民間又會說朝廷濫殺無度、刻薄寡恩，這搬腦袋的學問，可就大了去了。慈禧當時把握一條，那就是“抓大放小”：少殺幾個，但要殺就殺大的，殺幾個督撫一品大員，讓這些貪汙受賄、瀆職褻職、委靡推諉的各級文官們腳底發軟；讓那些克扣軍餉、貪生怕死、遇陣則逃的武將們膽戰心驚，以起到殺猴儆雞的作用。
嚴打之下，總有些倒黴蛋。前兩江總督何桂清便被抓了典型，成了“抓大放小”政策下的犧牲品。何桂清是道光朝進士，原一直在京城做官，曆任翰林院編修、太常寺卿、戶部右侍郎等職務，後來外放為浙江巡撫，不久又升為兩江總督，但就在這任上，出事了。
1860年5月，太平軍擊潰清軍江南大營，欽差大臣和春、主將張國梁均戰死於陣中。當時，身為兩江總督的何桂清正在常州籌集軍餉糧草，在兩軍交戰的危急時刻，何總督擁兵自圖，坐視清軍大敗而施以援手。可惜的是，太平軍在大勝之後也沒有放過他，其隨後進軍常州，何桂清見勢不妙，便打算棄城而逃。
令人憤恨的是，何桂清在將父親及兩個小妾秘密送往通州後，卻下令封鎖常州各城門並在城內張榜禁止居民逃出，以做出一副拚死抵抗的樣子。這時，下屬江蘇按察使查文經等幾個官員揣測出何桂清實際上是想逃跑，便向他稟請退保蘇州。何桂清得稟後大喜，隨後決定逃往蘇州。
不知何故，何總督要逃跑的消息不慎走漏，常州紳民一片大嘩。由於擔心太平軍進城後燒殺擄掠，眾多人等當晚手持香燭前往總督府轅門請求留守常州。第二天，何桂清率部欲逃，結果被常州紳民攔住，由於頂香跪求的人堵塞了出路，何桂清大怒之下，竟然命衛隊開槍，前前後後打死了19人，傷者更是不計其數。
此事傳開後，江蘇巡撫徐有壬（駐蘇州）在何桂清逃到蘇州時，其不僅拒絕他進城，反向朝廷上折彈劾，要求對其嚴加懲處。鹹豐得報後也是怒不可遏，隨即下令將何桂清革職並解往京師嚴審。在被拿問之前，何桂清惶惶然如喪家之犬，其逃蘇州，蘇州城門不開；走常熟，常熟不納；最後沒辦法，逃到了上海租界暫時避難。
好在這時英法聯軍進攻北京、鹹豐北走熱河，朝政大亂之下，何桂清的事才被暫時擱置，性命暫時無憂。等到慈禧當政、局勢稍微安定後，很快有人重提此事，慈禧也想借此事大做文章，於是在同治元年（1862年）五月，何桂清被逮入刑部問罪。
主審此案的刑部郎中餘光綽恰好就是常州人，他認為：何桂清作為封疆大吏卻不戰而逃，失守城池；為了逃生而擊殺執香跪拜的父老19人，此等行徑，實在是天良喪盡、罪無可赦，擬斬立決。這時，在何桂清多年經營的關係的作用下，其門生舊吏、親朋好友紛紛通過各種渠道為之說情並竭力為其開脫，案件的審判由此也變得錯綜複雜。
這時，慈禧力排眾議，她認為不殺何桂清不足以平民憤，也不能刹住那些封疆大吏、府縣官員遇賊則逃的歪風，於是當年十月下發嚴旨，將何桂清處決。諭旨下發當天，何桂清便被公開斬首。何桂清的被殺，也是太平軍起事後第一個被朝廷處決的一品大員。此斬既出，百官俱驚，清廷各級官府的綱紀也為之肅然。