清朝中央機構沿用的是明朝的內閣加六部製（中國傳統的吏部、戶部、禮部、兵部、刑部和工部），雍正即位後，用軍機處架空了內閣，變成軍機處加六部的結構。第二次鴉片戰爭後，為適應新形勢的需要，清廷在傳統的六部之外特別設立一個新部門，即“總理各國事務衙門”，也就是人們常說的總理衙門。
總理衙門是專門和外國人打交道的外交機構，但隨著洋務新政的不斷拓展，其功能越來越廣泛，包括外交外貿、海關稅務、興辦實業、派遣留學生等，都在它的管轄範圍之內。庚子年後，清廷按《辛醜條約》的規定將總理衙門改為外務部，並列於六部之首。也許在當時，再沒有比和洋人打交道更重要的事情了。
外務部的成立雖然有些屈辱的成分，但也不完全是壞事，其中就有一大創新，即部中不分滿漢，領導職位隻設一尚書、兩侍郎，打破了原先六部中設置滿漢尚書和侍郎各一名的製度。這一舉措，既減少了一半高官，同時也淡化了民族色彩，實際上是打破了清朝沿襲近兩百多年的祖製，而外務部的變化，實際上也是後來的機構改革之先聲。
為適應新政的要求，慈禧太後順應了大臣們的請求，開始在傳統六部外設立新的領導機構。1903年9月，為振興商務、發展實業，清廷成立了一個新的商部，其職能不僅僅局限於商業，還包括實業（工業）和農業。後來，商部又將原有的工部吸收合並，新成立的部門稱為農工商部，成為一個負責全國經濟發展的中央部門。與此相對應的，地方上也紛紛成立了農工商局，作為地方上的經濟管理機構。
在一個長期奉行“農為本、商為末”的國度裏，從事商業和實業的人即使富有四海，也一向被那些羞於談利的士人們所蔑視，但這次不一樣了，當時農工商部的地位僅次於外務部，足見清廷的重視程度。中樞部門公開倡導並獎掖實業，這在中國曆史上是破天荒的第一次，就連那些朝廷大員們，此時也不再羞於談及商業和利益，都與時俱進了。
鑒於舊式軍隊毫無用處，清廷在商部成立次月又設立了一個新部門，這就是主管全國編練新軍的練兵處。在後來的中央官製改革中，兵部更名為陸軍部（海軍部另設），練兵處也被歸並其中。緊接著，清廷又成立了財政處作為中央財政管理機構，這一機構在中央官製改革前主要負責清查各地財政收入，中央官製改革後則與戶部合並成立一個新的部門，即度支部（相當於現在的財政部）。
1905年10月，清廷又決定成立巡警部（後改名民政部，相當於現在的公安部），以管理全國的警察並負責各地的治安，取代原先的地方保甲製度。同年12月，由於科舉製被廢除，清廷為適應新教育體係的要求而又成立了學部（相當於現在的教育部），並將原先的國子監吸收合並。為了發展交通和通訊，清廷後來又設立了郵傳部。經過這些變化後，原先的六部製已是支離破碎，這也為之後的中央官製改革提供了契機。
1906年12月，清廷進行中央官製改革，除內閣和軍機處不變外，新設立或改名稱的有11個機構，即外務部、學部、民政部、度支部、陸軍部、法部、農工商部、郵傳部、海軍部、軍谘府、資政院、審計院，新政時期的機構調整規模可謂前所未有。至此，隋唐以來的傳統六部建製便不複存在，在這些機構裏，清廷廢除原先的滿漢尚書雙人負責製而實行單一的領導製，以革除“數人共一職”的低效管理方法。此時的清廷，可謂是半新半舊，看起來雖然還有些別扭，但終究邁出了走向近代社會的重要一步。
除設立新機構外，慈禧太後又下決心將一些有名無實、不適應時代發展要求的舊衙門加以裁撤或者歸並。首先被裁撤的是《江楚會奏變法三折》中提到的漕運屯田衛所。屯田和衛所本是為漕運而設立，但當時漕運早已有名無實，屯衛反成為一大弊政。同時被裁撤的還有河東河道總督，這個機構本為治理黃河而設，但收效甚微而每年靡費無數，其被裁撤後，由河南巡撫兼管相應事務。1902年3月，清廷又將一些閑衙分別裁並，如管理太子事務的詹事府（清朝最後三個皇帝都沒有子女，太子也無從談起）被裁並入翰林院，通政司直接被裁撤，太常寺、光祿寺和鴻臚寺被並入禮部，太仆寺被並入陸軍部。
隨後，清廷又對各級衙門進行整頓，裁汰書吏和差役，簡化各級衙門的公文形式和辦事程序，改陋規為公費等。由於製度的缺陷，書吏和差役在清朝的待遇極薄，如果按名義上的待遇，這些人根本就不可能養家糊口。也許是出於這個原因，書吏和差役往往在衙門裏“舞文弄法，朋比為奸”，而那些科舉出身的官長大都不懂實務，“奉吏為師”，往往被這些人愚弄，在地方上危害甚大。新政時期，朝廷嚴令各級官長親理政務，裁撤那些擾民害民的書吏和差役，以期提高辦事的效率。