我的這些大學朋友回來之後，帶來了很多新的思想，也給我帶來了原來意想不到的麻煩。他們進來之後，做的第一件事情就是驅趕我的家族成員。這個讓我感到很痛苦，我想：這幫兔崽子，怎麼一來就要把我家裏人趕走呢？但是我也特別能夠理解，為什麼呢？如果我和他們吵架——不管是因為業務問題還是其他問題，我們都是平起平坐的，不管說話說到多麼凶，都是哥們兒，不會最後出問題的。但是我老婆在邊兒上不冷不熱地說上一句她認為很平常的話，他們聽了以後可能就會覺得很受侮辱。我是習慣被侮辱了，我老婆說話是不是侮辱了我，我根本就聽不出來，但是他們不行。如果新東方想要做長久的話，不能有女人幹政。但是我又怕我老婆，怎麼能讓她走呢？後來我就和我老婆說，你看咱們新東方未來要做大吧？她說是啊，這是我們的命根子啊。我就說，你看咱倆現在的能力，做大新東方有點力不從心。她說，倒也是。我說，我們兩個人有一個先出去讀書吧，提高能力。我老婆就說，那你先出去吧！我說不行啊，我先出去了，這一幫兔崽子心懷叵測在你身邊你哪受得了啊，對不對？不如放我先對付他們一陣子，你先出去讀書吧！也不知道我老婆是怎麼被我忽悠的，1997年年底就真的跑到國外去讀書了。她出去讀了兩年書，我們這邊也差不多改造完了。她回來後說，我還能不能去新東方工作？我說你看我們現在這個結構，你回來好像不大合適，你先在國外工作兩年，學學東西方文化融合的本領吧。我老婆說，那就再待兩年吧。然後過了兩年，我說，咱們會再要第二個孩子吧？她說，是啊。我說，那我們生完第二個孩子再回去吧。所以我老婆就給我生了個兒子。
對付我老媽，我發現麻煩要大得多。我老媽當時在新東方做一些後勤工作，她老人家平時說話就更沒有顧忌了——我媽經常說“老娘是新東方的媽”，哈哈……最後我也發現了一個問題：我的家族成員在新東方工作，新東方的其他一些管理者，當然不是我從國外回來的那些同學，而是土生土長的管理者，他們也把自己的家族成員弄進來了。我覺得不對頭，因為這樣就形成了新東方一個家族一個家族的小版塊兒。我想讓他們這些家族成員走，但是我開不了口，為什麼呢？因為我想這個不公平啊，盡管說新東方是我創的，我可以說你的家族成員不能待，但是我覺得這樣不是做事的方式。我發現這個事情如果不糾正的話，新東方就會形成一個個小團體，最後你想整頓會很難。但是要整頓就得從我做起，也就是說先把我的家族成員全部請走，於是我在朋友的支持下下了一個命令：在新東方隻要家族相關的成員就不能待。後來是執行了，先由我來做，這一段曆史比我做新東方任何一段都要艱難，原因我的家族成員除了我姐夫在新東方的書店當經理以外，其他基本都是掃地的。就是說，好不容易在這兒找了一份工作，沒有任何話語權，還不能在這兒幹。你想我是農村來的，農村有一大堆的村民，他們就會傳：俞敏洪這個人好狠心啊，人家好不容易能夠混口飯吃了，最後你又把人家趕回去，這讓人家沒法活了！還有，我老媽也必須被清除掉，因為我老媽在新東方什麼都插手，也算是重要家族成員。而我從小就是那種我老媽一說話就“撲通”一聲跪下去的人，讓我清除老媽比讓我登上月亮還要難——一看到我老媽不高興我就會發抖的，一直到現在還是這樣。農村的這種教育方式，孝順是第一位的，而且我老媽也比較有個性。後來下了狠心了：清不動也得清啊！清完的結果是我老媽半年不允許我回家吃飯。
後來我發現，一個人如果堅定並且堅持了，最後還是會有結果的。我可以在我老媽麵前跪下去，就是親戚朋友堅決不能再進來。大概用了幾個月的時間，這個事情做完了，新東方的其他管理者一看，俞敏洪動真格的了！結果，新東方下了一條行政命令：任何人，隻要是在管理層麵上的，直係親屬就不允許在新東方工作，如果一旦發現這種情況，連親屬帶管理者本人當天開除。後來新東方還真出現過這樣的情況，把自己親戚朋友、兄弟姐妹的名字改了一下，又放到另外的地方去，大家也不知道這是他的親戚朋友，後來被新東方查出來當天就開除了。這一關當時我沒過的話，絕對不會有新東方的今天了，絕對不可能上市的。
新東方發展中遇到的第二個問題是隨著新東方的發展，原來的那種合夥製行不通了，需要發展新的組織結構。我當時和那幫哥們兒的股份還沒說清呢。而這一關呢，他們的眼光有一點超前，我的眼光有一點滯後，所以新東方有句話：一隻土鱉帶著一群海龜在幹！包括今天，我原來的那幫哥們兒已經不在新東方的管理層了，現在新東方的高級管理層有9個人，6個是海外留學回來的，有兩個是純粹的外國人，隻有我一個人沒有出國讀過書。所以新東方一直延續著一隻土鱉帶著一群海龜在這幹的傳統。從2000年開始，新東方的結構出現大問題，整個過程我就不再詳細說了，也沒有什麼太多的意義。這其中的原因，就是股份沒說清楚。但是我也覺得就是到了這個時候，才能開始說清楚。究竟出現了什麼問題呢？就是每個人管的那一塊都做得很好，但是後來新東方新的業務版塊出現了，而且這些版塊大家料定了能夠做大。那麼這些版塊給誰做呢？就沒有辦法了。說給俞敏洪做，他們可能會說新東方整個品牌是我們一起創起來的，為什麼這個版塊給你做呢？給王強做，也會說那憑什麼給你呢？對不對？說給小平，那也不行啊……但總得有一個辦法吧，大家就說，舊的先不動，新的版塊我們股份製吧。所以新東方就出現了很多股份不一致的股份公司，比如說用不同的股份搞圖書，搞電腦培訓……最後利益就相互扭著了，而且每個人還有一塊自留地在那兒拚命地幹，最後整個結構就不對了，大家也很迷茫，很痛苦，他們得出一個結論，就是俞敏洪這個人沒有領導才能，才導致我們今天這樣的結果。因為我們不懂，就請外麵的谘詢公司，谘詢公司說你們這樣是不行的，把所有的東西統統都合到一起，形成一個大的股份公司，最後你們就變成一個大型機構了。我覺得有道理，所以就把我們之前個人的東西再合起來，一些小股份公司再重組股份，全部揉在一起。怎麼揉呢？首先需要解決的就是誰占多少股份的問題。我們關起門來討論了兩天，有了一個結果：新東方的原始股東，就是新東方參與創業的11個人。然後11個人就分配，當時谘詢的人說，俞敏洪你自己至少占55%，否則這幫小股東每天跟你不開心，他們手裏有超過50%，一生氣就把你推翻掉了！當時我就說了一句話：如果我管新東方需要用我的股份控製權來管的話，我就不要新東方了，我要把新東方做大，一定是通過我的個人影響力和大家對我認可的地位。