在晉代南方已出現了團狀的米曲。晉人嵇含在《南方草木狀》中記載了南方的草曲，也即米曲，這是關於南方米曲的最早記載。小曲一般是南方所特有的，從晉代第一次在文獻中出現以來，名稱繁多，各地稱呼不同，如酒藥、酒餅、白曲、米曲等。它們基本上以米粉、米糠為原料，有的加少量中草藥或辣蓼粉；有的加少量白土(作填料)，接種少量母曲，加水製成坯，在一定溫、濕度的條件下培養而成，因曲塊體積小，故稱為小曲。
一、小曲的特點
1.小曲具有豐富的糖化酶和酒化酶
小曲中主要微生物是黴菌和酵母菌，黴菌中又以根黴為主，根黴具有下列優勢。
(1)根黴菌具有邊生長、邊糖化、邊發酵的特點，所以小曲酒的釀造中用曲量少(是所有傳統白酒中用曲量最少、發酵時間最短的)，一般小曲用量隻要0.2％左右就能達到較高的糖化發酵能力，就是因為根黴的這個特點，這種生產方式別具一格。
(2)適宜多菌混合培養環境，即“共棲性”，這是根黴的一大優點，它和其他菌一起培養時，生長相當旺盛，故小曲酒又有“純種”(根黴)釀造之概念。
(3)適合中小型酒廠製作，不需特殊的設備和保溫設施，一般7、8、9月生產即可。加上小曲酒的生產方式簡便，在我國被廣泛運用，特別是南方各個縣、鄉村都有小曲酒的作坊，這也給酒類監管帶來了難度。
生產中常用的根黴有河內根黴AS3.866、白曲根黴、米根黴、Q303菌等，其中AS3.866糖化力強，能生成乳酸等有機酸，酒化酶活力也高，是目前廣泛使用的菌種；白曲根黴、米根黴糖化力強，產酸力高，還具有一定的產酒能力，適於米糠製曲和散曲；Q303菌生長速度快，糖化力、產酸力比AS3.866更強，酒化酶活力較弱，也是目前廣泛使用的菌種，在產量很大的川法小曲酒中被大量應用。
傳統小曲培養使用的酵母菌主要有RasseⅫ(拉絲12號、德國12號)、南洋混合酵母1308、米酒酵母等，它們適應性好，發酵能力強，產酒穩定，酒質較好。
應該注意的是，固態小曲酒的生產是開放式的，這給細菌的侵入創造了條件，如何減少細菌的汙染，是小曲酒生產中必須予以重視的問題。
2.添加中草藥是培養小曲的特色
這是我國古代勞動人民的一大發明，曆史悠久。在20世紀40年代，方心芳先生等就對添加中草藥培養小曲進行了研究，結果發現，在當時設備條件差、生物環境極其複雜的情況下，部分藥材在促進有益菌繁殖、抑製雜菌生長等方麵起到了一定的作用，但也有部分藥材的作用並不明顯，有的藥材還對製曲生產有妨礙。其中10種對酵母菌最有益如薄荷、杏仁、桑葉等；黃連對酵母菌有害；木香對根黴有害。小曲生產中添加適宜的中草藥，對促進有益微生物的生長和抑製雜菌的繁殖起到一定的作用，也給白酒帶來特殊的藥香味。關於中草藥對釀酒微生物的影響，還有待深入研究。
二、小曲製作工藝
小曲按添加中草藥與否分為藥小曲、無藥小曲；按製曲原料分為糧曲(大米粉)、糠曲(米糠)；按形狀分為酒曲丸、酒曲餅、散曲；按用途可分為甜酒曲、白酒曲。其中以邛崍米曲、四川無藥糠曲、廈門白曲、桂林酒曲丸、廣東酒曲餅較為著名。下麵分別介紹。
(一)邛崍米曲
四川邛崍米曲(藥曲)曆史悠久，在明末清初已發展極盛。它分大曲母和小曲母兩種，小曲母是培養大曲母的種子，其大小為3cm見方，20g左右；大曲母為圓形，直徑約8cm，厚3cm，重約110g。大曲母和小曲母的培菌要求是一致的，隻是在製坯、曲箱管理方麵略有差異。
1.小曲母
通常選擇濕度較低、氣候溫和的3、4、9月份製作小曲母。小曲母除直接用於生產大曲母外，也可作為下季度製作小曲母的種子。其工藝流程如下：
大米、水→浸泡→碾碎→配料(曲母、中草藥)→製坯→進箱→培養→出箱→烘幹→米曲
(1)製坯
①原料配比：每箱使用大米35kg，中藥材粉1kg(共67種)。種子為上季度的小曲母，用量為0.3kg。加水量為16～17L。
①泡米及粉碎：因水溫而異，大米浸泡30～50min後瀝水、碾碎成無半粒狀米時，撒入藥粉再碾1～2min混合均勻。
①拌料成坯：將粉料倒入木盆，加入母曲粉和水拌勻後製成約6g的3cm3的方塊坯。
(2)入箱培養
①入箱：將坯輕輕地倒入曲箱，擺放均勻，並插入溫濕度計。
①生皮階段：即黴菌在坯表麵生長，並布滿表麵形成菌膜階段，曆時17～23h。
①幹皮階段：曆時12～13h。該階段曲塊水分大量揮發，曲心酸度略有上升，酵母在較低的溫度下稍有增殖。
④過心階段：曆時約40h。該階段黴菌向曲心生長，曲心顏色逐漸轉白並逐漸成熟，酸味也逐漸消失。
(3)烘曲、存放小曲母培養成熟出箱後，在50～60℃烘2d，使其水分降至12％以下，再存放於幹燥、低溫處。
(4)小曲母的質量指標小曲母的質量指標。
2.大曲母的製作
(1)原料配比及其處理
①原料配比：大米80kg，小曲母0.25kg，中藥材粉2.75kg。中藥材共72種。經科學試驗證明，部分藥材的作用不明顯，有的還有礙於製曲過程。例如獨活、白芍、川芎、砂頭、北辛，能促進小曲中根黴等有益菌的生長，起到清糊(由糊精水解為糖液)、絨子的作用；桂枝等能抑製醋酸菌的繁殖；薄荷、牙皂、木香等能抑製念珠黴的滋生。至於中藥材與小曲酒釀造中微生物及成品酒質量的關係，還有待研究。
①大米浸泡:通常用冷水浸泡。浸泡時間以大米質地及水溫而異，一般為20～40min。浸泡至以手撚易碎，微帶硬心為度。若浸泡時間過長，米粒含水量高，則碾碎後易發燒，滋長雜菌，產酸餿味；若浸泡時間過短，米粒較硬，則不易碾碎，曲麵粘結性差，難以製坯成型。浸泡後應立即瀝幹，其含水量為30％～32％。
①碾碎:將上述濕米倒入碾槽，碾至手撚成片、無半粒狀米時，加入曲母再碾1～2min，並加入中草藥粉碾勻。經碾後的物料，要求粗細適度：不能通過孔徑1mm篩孔者，約占30％；能通過1mm而不能通過0.5mm篩孔者，占40％左右；能通過0.5mm篩孔的細粉，約占30％。若物料太粗，則製坯時不易成型。
(2)拌料、製坯
①拌料：經碾碎的物料，不宜放置過久，應立即倒入木盆內，加水拌和均勻，保持含水量為42％左右。
①製坯：拌勻後的物料分次移至木板上，和勻揉緊，以免成坯後碎散。米曲餅坯直徑8～9cm，厚3～3.5cm，重量約110g。曲坯大小均勻一致，便於培養時控製溫度和水分。
(3)入箱培養
①入箱：將曲坯逐行交錯排列於曲箱內。要求擺置均勻，不得重疊。每箱排列16～17行，每行約15塊。培養過程經生皮、幹皮、過心三個階段，其間需加強溫度和濕度的管理。
①生皮階段：曲坯入箱後，加蓋竹席、草墊，並於箱底加木炭生火保溫。要求在入箱後2h之內，箱溫不低於25℃，入箱後經14h左右，為有益菌有氧呼吸的旺盛繁殖階段，產生水分，曲塊變軟，甚至變形，俗稱“軟坯”。這時品溫應控製在32～33℃。形成軟坯後3～4h，品溫升至34～35℃，這時曲塊表麵布滿菌膜，在顯微鏡下可觀察到曲塊的主要微生物根黴已大量繁殖，菌絲包裹著曲塊，俗稱“生皮”。在該階段，黴菌在曲塊表皮生長極為旺盛，但曲心未生長。酵母繁殖的數量不多。當曲皮體積多於曲心時，細菌也大量生長，酸度開始上升。
①翻箱：曲坯入箱24h左右，品溫升至37～38℃即可翻箱。將箱邊與箱中部的曲塊互換位置，以調節箱內的水分、品溫，並排除積聚的CO2。判斷是否翻箱的條件：曲塊水分由43％降至約38％；黴菌在培養料表麵發育健壯，占據絕對優勢，並產生皺紋。翻箱時應使曲塊保持原有的形態。待品溫降至約32℃時，即可加箱蓋和草簾，使品溫不低於30℃。
④發泡：翻箱後14h左右，曲塊水分從38％降至33％左右，總酸度為0.8g/100g左右。翻箱後14～16h，曲塊水分繼續揮發，曲塊體積不變而重量減輕，在曲塊內部形成許多的空隙，這種現象俗稱“發泡”。此時取樣鏡檢，可以發現黴菌已從曲塊表麵向曲心部位擴展；酵母數量增多，約翻箱時的1.5倍；細菌繁殖也較前健壯，生酸量增多，達最高值。自翻箱至發泡這段時間裏，不必供給過多的氧氣，而應控製品溫不再升高，並使曲塊水分得以適當揮發。
⑤揭燒散溫：發泡後為降低品溫及加強供氧，促使黴菌進一步繁殖，可將箱上的草簾等所有的覆蓋物揭去，俗稱“揭燒”，使曲塊裸露於空氣中。揭燒後品溫降至28～30℃，並維持此溫，可再用草簾保溫。
⑥過心：揭燒後約48h，黴菌的白色菌絲可布滿曲心，俗稱“過心”。過心後的曲塊，其含水量又比發泡時低5％，即為28％左右，總酸降為0.45g/100g。鏡檢時可見黴菌繁殖充分，已全部過心。酵母菌也得以大量繁殖至足夠數量。細菌的生長已基本受到抑製。
(4)出箱、烘幹、保存
①出箱：過心後待曲塊內部菌係相對平衡時，即可出箱。這時鏡檢，可見曲塊內部含有較多的黴菌和酵母外，還保持大量的細菌，主要是醋酸菌、乳酸菌、丁酸菌、枯草芽孢杆菌，對白酒中有機酸的生成及成品酒風味的形成，具有一定的作用。自曲坯入箱至出箱，共曆時約92h。
①烘幹：曲塊出箱後，倒入烘烤灶內，蓋上稻草，用木炭在灶內生火烘烤。品溫以40℃為宜，最高不超過60℃。烘烤24h後，翻動1次，即將上下部位的曲塊互換位置，再烘烤24h，待曲塊水分降至10％左右即可。
①保存：將成曲置於籮筐內，加防潮紙，放在通風幹燥處，可保持1年左右不變質。
(5)成曲的感官鑒定
①色澤：曲塊表麵、底部及心部，均應呈一致的白色，若在保溫培養期內管理不善，則會產生異常色澤。
①皮片：即曲塊表皮的褶皺及其厚度多少，可以表示微生物生長的程度。
①泡度：即發泡程度，可表示曲塊的質量。因為微生物在曲塊中繁殖的同時，消耗曲中的營養成分並產生相應的CO2，而且揮發水分，形成空隙，才使曲塊“發泡”。
④菌絲：曲塊內部應密布油潤發亮的白色菌絲。若菌絲色澤灰暗，則表示生長不夠健壯，更不得夾有黃、黑等雜色菌絲。
⑤聞香：應具有本曲的特有曲香。若產生酸餿味，則表示醋酸菌等繁殖過度或汙染某些腐敗菌，故不能用於生產。
(二)四川無藥糠曲
1.工藝流程
大米細糠→碾細→加碾細的種曲→加“煮米粉”拌和→踩曲→切曲→撒“穿衣粉”並團曲→生火入房擺曲→關門保溫→通氣→亮門→帶門→關燒→(加大火力)烘曲→出房→成曲
2.配方及碾料
(1)配方大米細糠87％～92％，碎米5％～10％，種曲3％。配料過程中的總用水量為上述物料總量的64％～74％。若水分過大，則曲坯粘手，易酸敗，不利於黴菌的生長和代謝而影響曲子質量；若水分過低，則培養時黴菌菌絲難以生長，並易產生幹皮。