中國醫學的發展，應起於早期巫祝之禁咒祈禳，其後則用湯醴草藥，並逐漸采用針法與灸法。在戰國以迄秦漢之際，經脈理論漸次形成。鬼神祟人之觀念，漸為“邪氣致疾論”所替代，因而發展出以“補瀉”為基本原則的調經理氣治病法，並由針灸運用到湯液方麵，導致醫術發生典範轉移的現象。古之巫醫，分化成為巫與醫。
巫者，自然仍以其禁咒祈禳，從事著奉侍鬼神的工作；醫者，則除了講調經理氣的一支以外，似乎還有另一支“道醫”的傳統。由《馬王堆醫書》《太平經》《素問》的道教傳本以及《素問》的注解中，我們即可窺知有一種根據道教思想，並廣泛吸收禁咒、存思、服氣、按摩諸術法的道醫傳統在發展著，與醫者之間亦頗有交集。
宋朝以後，醫者之傳承漸漸依附於儒學體係，出現“儒醫”的觀念，不但以《易經》等儒家經典來解釋醫籍，排斥禁咒、服食、辟穀、調氣諸法，且不承認神仙家及房中術可列入醫學傳統中，形成另一次典範轉移的變革。“道林養性”之說，漸成“儒門事親”之業。
本文主旨在說明這個醫學的傳統變遷的曆程，並考察彼此內部之關聯，說明宋代以後僅以儒醫觀念去解釋醫學史所造成的偏失。
元代名醫王好古曾著有《此事難知》二卷，清陳念祖則撰有《醫學實在易》八卷。到底醫學難不難呢？
恐怕是難的。古今聚訟，蓋有數派：或以針為主，如《靈樞》號稱針經。但唐王燾著《外台秘要》，則謂誤針之害甚大，凡針法穴法皆刪不錄，僅主灸法一門。其後西方子《明堂灸經》八卷承其說，言灸不言針，是針與灸之分也。明汪機則又有《針灸問對》，雲古人充實，病中於外，故針灸有效，今人虛耗，病多在內，故針灸不如湯液，凡治病亦皆以藥餌攻補，無僅用針灸奏功者，認為針灸能治有餘之病而不能補不足。這便是針灸與湯液分途了。像這樣，醫生或主湯液或施針灸，醫療手段的不同，其實也正是醫學觀念的差異。
由於醫家見解互殊，而對經典的認知各不相同，故亦常移易古書，改易竄亂，如朱熹改《大學》為一經十傳、分《中庸》為三十三章之類。儒者辨《古文尚書》之真偽，考《大學》之版本，醫家亦複如是。
《四庫提要》卷一○三說：《傷寒論》自金成無己之後，“注家各自爭名，互相竄改，如宋儒之談錯簡。原書端緒，久已瞀亂難尋”，又說：“明方有執作《傷寒論條辨》，則詆叔和所編與無己所注，多所改易竄亂，並以《序例》一篇為叔和偽托而刪之。國朝喻昌作《尚論篇》，於叔和編次之舛、序例之謬，及無己所注及林億等所校之失，攻擊尤詳。皆重為考訂，自謂複長沙之舊本”，“《傷寒論》為諸醫所亂，幾如爭《大學》之錯簡，改本愈多而義愈晦”，等等，講的就是這種現象。
批評別人所依據的經典有錯誤，其實是因為不同意對方的觀點。宋朝以後，河間金人劉完素《素問玄機原病式》、張從正《儒門事親》力申瀉火之說。元朱震亨《局方發揮》、明張介賓《景嶽全書》則主滋陰溫補。一謂諸病皆屬於火，故多用涼寒之藥；一謂陰虛火動，故宜滋陰補益。兩派爭執不已，而另有主理脾胃者，如金李杲《脾胃論》，重點在於補中益氣，補土生金，升清降濁。凡此分歧，不獨可見於由《內經》及《傷寒論》發展下來的傳統中，宋代以後才逐漸發展起來的痘瘡症治法門，也同樣有類似的情況：“其間以固元氣為主者，謂元氣既盛，自能驅毒氣使出。以攻毒氣為主者，謂毒氣既解，始可保元氣無恙。於是攻補異途，寒溫殊用，痘家遂分為兩岐，執門戶之見。”（《四庫提要》卷一○四）這就是醫家的“門戶”。另一種更大的門戶之分，則是儒醫與道醫之不同。