而陸路隋軍三十萬主力也遇到了問題。宇文述所帥的九軍從瀘河（今遼寧義縣附近）、懷遠（今遼寧北寧附近）出發時就遇上了很嚴重的後勤問題。當時人馬都配給了百日的軍糧，另外還有排甲、槍槊並衣資、戎具、火幕等等軍用物資，每個軍士的負重達到了三石之多，相當於一百公斤左右，這樣的重量簡直就不是普通人所能擔負的了的，可是當時的軍令又是“遺棄米粟者斬！”士兵們沒辦法，隻能將糧食偷偷埋在自己的宿營的帳篷內的地下。因此隋軍這三十萬人剛剛行軍到鴨綠江西岸時，軍糧已經吃得差不多了。
可能有人會問，據史書記載，隋朝在瀘河、懷遠二鎮集中了龐大的畜力作為運輸工具，民夫用牛車運糧過去的時候他們的牛車都被扣下作為軍用，為什麼隋軍不用畜力來運輸呢？這點可以從當時遼東的地理環境上找到答案。當時的遼河兩岸均分布著寬闊的沼澤，據宋代的許亢宗的《宣和乙巳奉使金國行程錄箋證》和金人王成榷的《青宮譯語》記載可以看到，懷遠附近的環境極其惡劣，不但“夏秋多蚊虻，不分晝夜，無牛馬能致行”，而且由於沼澤的關係，行路如在水中行，甚至“地獄之苦無加於此”。這樣惡劣的環境極大地限製了隋軍的畜力使用，導致了隋軍的後勤短缺。
除後勤短缺這個問題之外，這支隋軍將領各自為政、人心不齊，決策之時又受煬帝戰略的掣肘，這些都是更加嚴重的問題。
在大軍到達鴨綠江西岸之時，高麗王派大臣乙支文德前來詐降，探察隋軍的虛實，右翊衛大將軍於仲文將他捉住。因為此前煬帝已經給了於仲文密旨：“如果遇到高元或者乙支文德來投降的話，一定要抓住他不能放跑。”可見乙支文德的重要性。此人是高麗國中一等一的人物，有膽有識、謀略無雙。可是在於仲文要執行煬帝命令的時候時，任慰撫使（也就是負責受降招撫高麗軍隊或者是民眾的官員）的尚書右丞劉士龍卻出來阻止，極力勸說，要於仲文把乙友文德放回去。於是於仲文居然真的違背了煬帝的命令，釋放了乙支文德。
這於仲文是個老於戰陣的將軍，擊突厥討吐穀渾均立下了不小的戰功。此次征高麗，於仲文軍指樂浪道，路過烏骨城時，他用瘦弱的馬驢數千放置在軍後偽裝成輜重，然後向東行軍。高麗軍以為隋軍沒什麼防備，便偷襲隋軍的輜重隊，結果正好中了計，被於仲文回軍掩殺，打得七零八落。這樣一個經驗豐富的將軍此時居然如鬼迷心竅一般犯下如此大錯，隻能說是天意使然。
放掉了乙支文德之後，於仲文便後悔不已，連忙派人追趕。而此時的情景就如三國裏諸葛亮借完東風之後的橋段一般。隋軍追兵在後麵大叫：“更有言議，可複來也。”而乙支文德就如孔明一般飄然渡鴨綠江而去。於仲文簡直悔青了腸子，於是特選鐵騎渡水追擊，連破乙支文德設下的阻攔兵馬。可是乙支文德逃跑的速度天下無雙，就是這樣也沒能追上，他留了一首詩給於仲文：“神策究天文，妙算窮地理。戰勝功既高，知足願雲止。”然後連夜燒毀營寨而逃。