風險資本與創業企業的結合是創新思想和投資管理的組合。一些學者對大量案例的研究結果表明，一流管理優先的組合幾乎無一例外地獲得了成功。正如國外風險投資界所共識的：一流的創新思想和二流的管理水平使你難逃失敗的厄運，而二流的創新思想與一流的管理水平卻使你好運常來。因此，風險資本的運作要實現的是以傑出的投資管理技巧實現高新技術轉化和服務創意改進的成功。
風險資本的運作機製包括風險投資機構或基金的設立機製、風險投資決策機製、風險管理機製和退出機製。
一、風險投資基金的設立機製
風險投資作為風險資本與高新技術、風險資本與創業機會、風險資本與企業管理的高效組合，是高新技術迅速轉化為生產力和產品的新型投資機製。它首先要解決的問題是如何設立風險投資機構或風險投資基金。風險投資基金的作用之一是聯結風險資本的資金提供者和風險資本需求者之間的紐帶，通過風險投資基金的專業化管理，降低風險資本擁有者的投資風險和高新技術成果轉化的產業風險。
發達國家的風險投資基金曾經試行過多種形式，經過發展而形成為現在主流形式的有限合夥形式。有限合夥製形式在20世紀80年代開始出現，現已逐步趨於成熟。有限合夥製風險投資基金一般包括兩類合夥人：有限合夥人和一般合夥人。有限合夥人是風險資本的真正出資人，主要是社會保障基金、銀行控股公司、富有階層等，但不負責具體的經營；一般合夥人是風險投資基金的經理人，他們是風險投資專家，負責運作風險資本並參與被投資企業的策劃和經營管理，所得利潤也由經理人在合夥人之間進行分配。在出資比例上，有限合夥人占90%，一般合夥人占10%。但是，合夥人集資一般也采取兩種方式，一是基金製，即參加的各方將資金集中在一起，形成一個有限合夥製的基金；二是承諾製，即有限合夥人承諾將提供一定數量的資金，但開始並不注入全部資金，隻是提供必要的資金，並直接將資金彙入指定銀行，而一般合夥人不需要直接管理資金。相比較而言，後一種方法對雙方都是有利的：對有限合夥人來說，可以降低風險；對一般合夥人來說，降低了平時確保資金升值的壓力。由於一般合夥人負責基金的管理，因此他們的收益來源於基金的運作淨收益，一般來說，一般合夥人提取淨利潤的10%～30%作為管理報酬。
上述機製反映的兩種合夥人之間的關係是一種委托和代理的關係。由此產生的問題是如何建立起一種有效的激勵和約束機製。研究認為，建立激勵和約束機製應采取以下三個方麵的措施：首先，應該以經營業績作為投資經理人的計酬依據。規定投資經理人除了收取1%～3%的年管理費外，還可以提取實現利潤的一定比例作為業績回報，如10%～30%，其目的是為了防止投資經理人為了個人的原因而投資那些對合夥人不利的風險項目。其次，在合夥協議中明確規定投資授權額度，如規定單筆投資的最高限額等，使有限合夥人享有對投資經理人的監督權和控製權，以便有效地控製風險。第三，建立經理人市場機製。在經理人市場上，經理人的個人信譽直接關係到其個人利益。經理人個人信譽首先反映在投資基金的募集上。由於合夥製基金有一定的存續期，當基金出現投資資金不足時，經理人需要不斷地募集新的資金，以維持基金在行業中的地位和滿足投資的需要。基金募集的成功與否，很大程度上取決於經理人的個人信譽和以往業績。同時還要建立可操作性強的業績評估指標體係，客觀反映投資經理人的經營業績。另外要實行將管理費用和投資基金相分離的管理模式，使合同合夥製具有橫向可比性。
二、風險投資決策機製
風險投資的重要組成之一是建立一個科學合理的項目投資決策機製，以保證投資項目不會出現重大失誤。一個完整的風險投資項目過程通常包括：項目篩選、項目評價與決策和基本原則等。
（一）項目篩選
風險投資的性質決定了其項目來源的兩個主要方麵：一是新產生的科技成果的產品化投資，即創辦和扶持新的科技型企業的風險投資；二是已有企業的技術創新投資，它屬於技術轉移或技術改造型風險投資。對於科技成果轉化的風險投資，成果項目通常來自高等院校、科研機構和技術經紀人的推介。然而，風險投資基金得到的推介項目數量大大地超過它所能夠或者願意投資的項目，因此需要對推介項目進行篩選。據發達國家的統計，通常95%以上的推介項目在篩選階段就被淘汰。對於風險投資基金，通常根據基金設立的目的或在募股說明書中確定的投資方向和投資組合進行項目篩選，一般考慮的因素是：