二是日明雙方深刻的社會矛盾嚴重激化。公元十五世紀中葉以來，明朝社會矛盾尖銳，土地兼並嚴重，賦役及地租的加重，使農民陷於困境。為避沉重的賦役追呼敲撲，不但失去土地的農民，甚至有土地的農民也不得不背井離鄉，這樣就形成了全國大規模的流民運動。東南沿海地區也不例外。東南沿海的一些流民由於生活無著落，隻好下海，或漁獵，或流為“海盜”。十五世紀七十年代以來，日本戰亂不已。於是，破產的農民、失意的官員、失業的流民、戰敗的武士、無業的浪人、貪利的奸商、掠劫為生的海盜，在各地領主的支持下，向海外謀求出路，從而造成了倭患的猖獗。劉照興認為，明至永樂以後，政治日益腐化，宦官專權，官吏貪庸，致使民不聊生。嘉靖時期，宦官的勢力受到排斥，嚴嵩專權，貪賄公行，致吏治腐敗，文恬武嬉，沿海士兵大量逃亡，戰船銳減，海防設施久遭破壞，為倭寇活動猖獗提供了可乘之機。
三是日本封建割據勢力的支持和日明海盜的相互勾結。嘉靖隆慶年間，有大量的中國商人、破產農民和失意知識分子等，由於各種原因留居日本。其中有資本者糾倭貿易，無財力者則“聯夷肆劫”，成為倭寇的重要組成部分，構成這一時期倭寇的一個顯著特點。如僑居日本的倭寇首領汪直、徐海、毛烈、陳東、葉明（葉麻）、鄧文俊、林碧川、沈南山等，即為此類人物。他們夥同倭寇，在日本封建主支持下，襲用倭人服飾旗號，乘坐題有八幡大菩薩旗幟之八幡船，侵擾中國東南沿海地區，掠奪大量財物。這些人與大明有千絲萬縷的聯係，在內地沿海網羅同夥是件非常容易的事，加之流民、奸民、貴族為了生活和貪圖財利而自然與倭寇勾結。所以倭患的猖獗的關鍵因素是中國海盜好日本海盜的勾結。如果沒有內奸的助紂為虐，倭寇就隻能在沿海臨時劫掠，而不可能長久停留，聲勢不可能那麼大，危害也不可能那麼嚴重。