1981年，已成海外富翁的53歲的他回到家鄉湖南漣源，由此開始了他以後二十多年的慈善活動。餘彭年最初做慈善的衝動來自他父親臨終前對他的叮囑。
餘彭年幼時家鄉水災，一家八口人及房屋財產全部被洪水衝走，水災過後，在家鄉人的鼎力資助下，父母及他兄弟六人得以團聚，重建家園，繼續從事小本經營。因此父親病逝前，千叮萬囑床前幾個兒女：“日後若有出息，一定不要忘記父老鄉親的恩德，為家鄉做幾件好事。”“我喜歡直接幫助窮人，我見不得窮人難過。最早，我在家鄉修路、辦學。我做這些事，不為青史留名，隻因為我自己也吃過苦，我知道窮人的難處，人不能有了錢就忘本。”
1998年長江特大洪災，當地民眾通過電視見到了餘彭年臉帶歉疚的神色及其解釋，“亞洲金融危機影響了我的資金調動，在建中的彭年大廈需要資金。我隻能捐出100萬元，對不起……”餘彭年對家鄉的捐贈，早在1988年就被記載。湖南長沙市五一廣場地下通道角落有一塊紀念碑，上麵詳列了餘彭年自1981年以來的捐贈項目。
也就在1988年，餘彭年還成立了“彭立珊長沙福利基金會”，以更好地將自己捐贈的錢用到實處。捐助家鄉之後，餘彭年再將捐贈的重點逐步放在深港兩地。1989年深圳大火、1991年中小幼教師獎勵基金、1994年深圳大學、1997年深圳社會治安基金、2000年“彭年科技獎”、2003年抗擊非典有功醫務人員，餘彭年均捐贈出數百萬元。近幾年，餘彭年才將自己的慈善範圍擴大到全國九省市。2003年啟動的“彭年光明行動”慈善活動，斥資人民幣5億元，計劃用5年時間，讓青海、西藏、甘肅、寧夏、吉林、遼寧等9省（區）1市的20萬名白內障患者重見光明。餘彭年的慈善行為特點很明顯，一在於他很注重宣傳。2004年底，在湖南湘潭市的一條普通街道，當地的居民幾乎每天都能聽到“餘彭年光明行動”幫助白內障患者的廣播：“湖南的父老鄉親，恢複光明不要錢，趕快去找彭立珊。”為了街頭流動手術的需要，餘彭年特意從美國訂購了15部手術醫療專用車。
在車身上，除了印有餘彭年的照片，還印有“恢複光明不要錢，趕快去找彭立珊”的大幅標語，都為廣泛宣傳使用，讓更多沒錢的患者得到治療。餘彭年做慈善還有另一個很明顯的特點，在於他凡事都親力親為，決不容忍雁過拔毛。
“光明行動”每到一個省份，70多高齡的餘彭年都自帶醫療隊下鄉救治，要親自把關，嚴格審核。每次他都首先和當地省政府簽約，然後請民政、殘聯等部門幫助組織患者。即便不帶隊救治，堅持每天晚上都和“光明行動”進行聯絡，及時了解進展信息。“我在做慈善事業的過程中，曾經有過一些不愉快的往事。在內地，我曾捐贈10台配套齊全的救護車，結果被拆得七零八落，成為當地官員的座駕；而當年五一廣場地道及火車站噴泉建設也不如人意，我要確保我的捐助沒有違背我的初衷，確保我的捐助沒有人雁過拔毛，從中漁利。”
胡潤評價，“他更關心慈善捐款如何花的問題。這是中國慈善事業最困難的一步；同時也給國內其他的慈善家樹立了一個榜樣，他成功了，肯定可以帶動中國慈善事業的發展。”作為中國第一家慈善酒店，彭年酒店從建立之初至今，便一直飽受爭議。彭年酒店的興建之日正是東南亞金融風暴波及香港之時。在一份關於彭年酒店的《新建項目提要》中說，彭年酒店總投資5億元人民幣，其中基建投資1億，裝修投資2億，由深圳餘彭年實業有限公司出全資5億。有消息就曾懷疑餘彭年並非獨資興建整棟大樓，“據傳，其中相當一部分資金來自湖南銀行的貸款”。他頗為不爽。“這些錢是我做了50年生意正大光明掙來的。我至今沒有同湖南做一筆生意，沒有向湖南借一筆錢，沒有戴湖南一頂帽子。這個酒店是我親力親為蓋的，至於我的錢是偷來的，騙來的，你們去調查好了。”
2000年6月2日，離彭年酒店試營業還有26天的時候，餘彭年宣布彭年酒店為“慈善酒店”，未營業彭年就已“聲名鵲起”。未過多久，2002年6月，餘彭年向深圳市人大法製委員會遞函，請求市人大常委會為他的“慈善酒店”立法，保證他過世後“四不準”的承諾能得以落實：彭年酒店的產權不準抵押、不準轉讓、不準繼承、所得利潤不得轉作他用，必須捐給社會。深圳市人大法製委員會對此高調回應，2002年12月9日，深圳市人大法製委員會通過了《深圳經濟特區餘彭年慈善資產管理規定（草案）》，並計劃提交深圳市三屆人大常委會審議通過。