亞特蘭蒂斯族的第二次降臨也並沒有如願以償的降臨地球。因為地球上那時誕生了新的物種，人類！
賈儒是無法想象當時隻依靠著青銅乃至石質兵器的原始人類是怎樣對抗宇宙中的頂級文明，而且結果竟然還是勝了。賈儒看到這裏已經驚訝的說不出話來，難道遠古人類比現在的地球人還要強大？
戰爭自然沒有完全勝利之說，遠古人類即便戰勝了亞特蘭蒂斯人但自身依舊受到巨大的損失。亞特蘭蒂斯人不甘心就這樣失去地球，再次重整旗鼓，在宇宙中尋找到某些宇宙荒獸驅使進入地球與遠古人類作戰。但遠古人類的強大超出了他們的想象，宇宙荒獸不是被殺死便被收服，亞特蘭蒂斯人第二次進攻宣布失敗。
隨著亞特蘭蒂斯的進攻，亞特蘭蒂斯人的文明也傳入人類之中。使得遠古人類漸漸分成兩派，一派堅持自己的文明路線，一派堅持學習亞特蘭蒂斯的文明。二者矛盾衝突不斷加劇，在第三次亞特蘭蒂斯人進攻時，這種矛盾終於爆發，人類勢力分成兩派。
亞特蘭蒂斯人發現這種情況之後，開始嚐試接觸學習亞特蘭蒂斯文明的一派人類，而後者更是有意想要學習更多的亞特蘭蒂斯文明，兩者達成共識。在亞特蘭蒂斯文明的支持下，亞特蘭蒂斯派實力大增，打敗了人類文明派，統一人族。
賈儒看到這裏突然有種想法，莫非當年傳說的各種神獸魔獸以及黃帝蚩尤的傳說都是真的？也隻有那種翻天覆地的力量才能真正對抗宇宙頂級的亞特蘭蒂斯文明。
之後的事情發展便是熟悉的套路。地球文明與亞特蘭蒂斯文明各自心懷鬼胎，想要從對方身上獲得利益。明爭暗鬥想要減少對方的勢力。最終第二次大戰迸發。隻是這次亞特蘭蒂斯文明占據了上風，人類文明苟延殘喘，隻能隱藏在地球上小心生存。
亞特蘭蒂斯文明這次並沒有動用行星級武器清理地球，一則他們需要一個可以生存的附屬星球，二則人類與他們的模樣有幾分相似，將人類作為奴隸而不是毀滅似乎是更好的利用方式。
從此之後人類文明漸漸消失，亞特蘭蒂斯人又故意掩蓋曆史真相，消除人類文明的痕跡，使得人類漸漸失去反抗的力量，成為真正的奴隸。直到兩千年前，一位人類文明的嬌子橫空出世。
秦始皇，人類文明的傳承者，一個雄才大略要將人類文明重現，並使人類恢複自由地位的強者。在他的帶領下，人類重現當年人類文明的雄風，與亞特蘭蒂斯文明決一死戰，最終將地球上的亞特蘭蒂斯文明剿滅，隻剩一些殘存勢力苟延殘喘，到處躲避秦始皇的追擊。
當然秦始皇之所以能夠成功，除了自身實力強大之外，也是因為行動迅速，沒有給駐守在地球的亞特蘭蒂斯人求救的機會。而之後亞特蘭蒂斯人再想求救卻發現地球外麵已經被凝聚出了一層防護罩，他們的求救信號根本不能發射出去。這也使得一部分亞特蘭蒂斯人灰心喪氣，接受現實。
秦始皇，果然不愧是中國曆史上第一個皇帝，簡直霸氣無雙啊！看到了真相賈儒對這位皇帝心中隻剩下佩服。當然在記載中的反抗中，不隻有黃種人，甚至其他人種同樣在反抗，但最終成功的卻隻有秦始皇。世界前後第一位皇帝！
人類文明暫且不說，那些殘存的亞特蘭蒂斯族人為了躲避秦始皇的追殺，利用殘存的力量龜縮在小島之上。不知道秦始皇有什麼打算，在生前並沒有繼續追殺這些亞特蘭蒂斯人的打算。給了這些亞特蘭蒂斯人一口喘息的機會。
數年的煎熬，直接讓其中一些亞特蘭蒂斯人失去信心，甚至沒有重新回到宇宙中的打算。他們想著真正融入人類社會成為人類社會的一員。而另一些亞特蘭蒂斯人卻頑固的認為他們終究會有反抗的機會，他們終究會搬得救命，將地球再次奪回。
不用說，賈儒的那位祖先，自然是屬於前者。在島上時便按捺不住內心的情動，與一位地球奴隸相愛，並留下了孩子，這個孩子也是真正第一家族的第一位祖先。而之後這件事情便被另一派的亞特蘭蒂斯人發現，想要將她以及男人和生出的那個孩子都殺死。女人自然不願意，將男人和孩子隱藏在旁邊的海島上，自身逃入人類世界。
之後的事情和賈儒知道的差不多，那就是島上的亞特蘭蒂斯人派出了追殺者。隻是他們沒想到的是，這位女亞特蘭蒂斯人在被殺死之前求見了秦始皇。而後便有徐福帶領五百童男童女下海求取長生不老藥。而實際上卻是將那些亞特蘭蒂斯人徹底剿滅。