無忌夜作檄文，為母劉氏所窺，且泣且語道：“我不及東海呂母，王莽時人。汝能如此，我無遺恨了！”兄弟之仇，不可不報。至無忌檄已草就，翌晨呈入。裕即令頒發遠近，大略說是：
夫成敗相因，理不常泰，狡焉肆虐，或值聖明。自我大晉，屢遘陽九，隆安以來，隆安為晉安帝嗣位時年號。國家多故，忠良碎於虎口，貞賢斃於豺狼。逆臣桓玄，敢肆陵慢，阻兵荊郢，肆暴都邑。天未忘難，凶力繁興，逾年之間，遂傾裏祚，主上播越，流幸非所，神器沉辱，七廟毀墜。雖夏後之罹浞殪，有漢之遭莽卓，方之於玄，未足為喻。自玄篡逆，於今曆年，亢旱彌時，民無生氣，加以士庶疲於轉輸，文武困於版築，室家分析，父子乖離，豈惟大東有杼軸之悲，梅有傾筐之怨而已哉！仰觀天文，俯察人事，此而可存，孰為可亡？凡在有心，誰不扼腕？裕等所以椎心泣血，不遑啟處者也，是故夕寐宵興，搜獎忠烈，潛構崎嶇，險過履虎，乘機奮發，義不圖全。輔國將軍劉毅，廣武將軍何無忌，鎮北主簿孟昶，兗州主簿魏詠之，寧遠將軍劉道規，龍驤參軍劉藩，振威將軍檀憑之等，忠烈斷金，精白貫日，荷戈奮袂，誌在畢命。益州刺史毛璩，萬裏齊契，掃定荊楚。江州刺史郭昶之，奉迎主上，宮於尋陽。鎮北參軍王元德等，並率部曲，保據石頭。揚武將軍諸葛長民，收集義士，已據曆陽。征虜參軍庾頤之，潛相連結，以為內應。同力協規，所在蜂起，即日斬偽徐州刺史安城王桓修，青州刺史桓弘。義眾既集，文武爭先，鹹謂不有統一，則事無以輯。裕辭不獲命，遂總軍要，庶上憑祖宗之靈，下罄義夫之力，翦馘逋逆，蕩清京華。公侯諸君，或世樹忠貞，或身荷爵寵，而並俯眉猾豎，無由自效，顧瞻周道，寧不吊乎！今日之舉，良其會也。裕以虛薄，才非古人，受任於既頹之連，接勢於已替之機，丹忱未宣，感慨憤激，望霄漢以永懷，盼山川以增佇，投檄之日，神馳賊廷。檄到如律令！
觀檄中所載，如毛璩以下，多半是虛張聲勢，未得實情。郭昶之何曾反正，王元德並且被誅。就是諸葛長民，亦未能據住曆陽，不過以訛傳訛，也足使中土向風，賊臣喪膽。桓玄自劉裕起兵，連日驚惶，或謂裕等烏合，勢必無成，何足深懼？玄搖首道：“劉裕為當世英雄，劉毅家無擔石，樗蒲且一擲百萬，何無忌酷似若舅，共舉大事，怎得說他無成呢？”恐亦慚對令正。果然警報頻來，吳甫之敗死江乘，皇甫敷敗死羅洛橋，那劉裕軍中，隻喪了一個檀憑之，進戰益厲。玄急遣桓謙出屯東陵，卞範之出屯覆舟山西，兩軍共計二萬人。
裕至覆舟山東，令各軍飽餐一頓，悉棄餘糧，示以必死。劉毅持槊先驅，裕亦握刀繼進，將士踴躍隨上，馳突敵陣，一當十，十當百，呼聲動天地。湊巧風來助順，因風縱火。煙焰蔽天，燒得桓謙、卞範之兩軍，統變成焦頭爛額，與鬼為鄰。桓謙、卞範之，先後駭奔，裕複率眾力追，數道並進。玄已料裕軍難敵，先遣殷仲文具舟石頭，為逃避計。至是接桓謙敗耗，忙令子升策馬出都，至石頭城外下舟，浮江南走。裕得乘勝長驅，直入建康。
京中已無主子，由裕出示安民，且恐都人惶惑，徙鎮石頭城，立留台，總百官，毀去桓氏廟主，另造晉祖神牌，納諸太廟。更遣劉毅等追玄，並派尚書王嘏，率百官往迎乘輿。一麵收誅桓氏宗族，使臧熹入宮，檢收圖籍器物，封閉府庫。
司徒王謐本係桓玄爪牙，玄篡位時，曾親解安帝璽綬，奉璽授玄。當時大眾目為罪魁，勸裕誅謐，偏裕與謐有舊，少年孤貧時，嚐由謐代裕償債，至此不忍加誅，仍令在位。未免因私廢公。謐又向裕貢諛，願推裕領揚州軍事。裕一再固辭，令謐為侍中，領揚州刺史，錄尚書事，謐更推裕都督八州，揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並。兼徐州刺史，裕乃受任不辭。令劉毅為青州刺史，何無忌為琅內史，孟昶為丹陽令，劉道規為義昌太守，所有軍國處分，均委任劉穆之。倉猝立辦，無不允愜。
惟諸葛長民愆期未發，謀泄被執，刁逵尚未得建康音信，把長民羈入檻車，派使解京。途次聞桓玄敗走，建康已為劉裕所據，那使人樂得用情，即將長民放出，還趨曆陽。曆陽軍民，乘機起事，圍攻刁逵。逵潰圍出走，湊巧遇著長民，兜頭截住，再經城中兵士追來，任你刁逵如何逞刁，也隻好束手受縛，送入石頭，飲刀畢命！
桓玄逃至尋陽，刺史郭昶之，供玄乘輿法物，可見劉氏前次檄文，純係虛聲。玄仍自稱楚帝，威福如故。嗣聞劉毅等率軍追來，將到城下，玄又驚惶失措，急遣部將庾雅祖、何澹之堵住湓口，自挾一主即晉安帝二後，一係穆帝後何氏，一係安帝後王氏。西走江陵。劉毅與何無忌、劉道規諸將，至桑落洲，大破何澹之水軍，奪湓口，拔尋陽，遣使報捷。劉裕因安帝西去，乃奉武陵王司馬遵為大將軍，入居東宮，承製行事。再飭劉毅等西追桓玄。