目前，現代農業的持續增長和鄉鎮企業的不斷發展不但保證了農民收入的增長，而且為入口城市化，生活水平的提高提供了保障。然而，在發展的同時人均土地和人均水資源卻不斷減少，水資源遭到嚴重的汙染。所以隨著人口增加和生產的發展，特別是鄉鎮企業的蓬勃興起，我國農村生態環境正日趨惡化，這嚴重製約了我國農業和農村經濟持續發展。
我國是農村人口占多數的國家，農村人口占全國總人口的70%。所以農村的環境不僅關係到9億農民的生產、生活質量與健康水平，而且還關係到全國的國土整治、自然景觀和社會經濟的發展。近一個世紀以來，隨著全球性環境汙染的加劇，我國廣大農村的空氣、水體、土壤的汙染日趨嚴重，農村環境日趨下降。
我國農村生態環境問題主要表現在兩個方麵：①農業環境的汙染嚴重；②農業生態環境日益惡化。
1.農業環境的汙染。農亞環境的汙染主要來自兩方麵：①農業生產自身的汙染。20世紀70年代以來，伴隨著工業化的發展，我國的農業逐漸由傳統農業“過渡到”石油農業“時代。化石燃料、化學肥料以及有機農藥的大量使用，使各種有害物質大量侵入空氣、水體和土壤之中，大大超過了環境的自淨能力，造成了各種類型的汙染。此外，汙水灌溉和汙泥農用所帶來的”局部汙染“的影響遠遠大於工業的”點汙染“②城市工業和鄉鎮企業的”三廢汙染。黨的十一屆三中全會以後，在黨的政策的鼓舞下，數以百萬計的鄉鎮企業湧現出來，這對於發展農村商品生產，繁榮經濟、農業人口的轉移、就業起了巨大的推動作用，成為我國國民經濟構成中的一支重要力量。但是它同時也製造了新的汙染源。
第二次世界大戰以後，西方先進國家的農業，在以礦物能源為基礎的現代工業的支持下，出現了“能量集約式農業”，這些能量無論是直接消耗還是間接消耗，其能源都來自化石燃料，主要是石油，因而人們把這種主要依靠工業能量支撐的農業普遍稱之為石油農業。幾千年來，我國的農業生產一直是依靠生物能源（畜力、人力、有機肥料）和水能、風能，這種農業是一種自然的傳統性農業。隨著農業機械化的進展和化肥、農藥、除草劑的大量使用，農村的生產能力大大提高，而此時在農業的總投入中。工業能量的消耗迅速增長。在農業現代化的重要發展階段中，石油農業有高產、高生產率的特點，所以它對農業經濟的發展發揮了重要作用，但是石油農業的另一特點是高投入帶來的高消耗、土地肥力下降、農產品質量降低、環境汙染等。近年來，我國化肥、農藥等農用化學物質的施用量激增，但有效利用率很低，並且導致了地表水和地下水汙染的加重。我國農業環境汙染突出反映在以下幾個方麵：
（1）灌溉水及土壤汙染。由於淡水資源短缺，我國於1958年開始利用城市工業和居民生活廢水進行農田灌溉，北方地區甚至把它當成一種穩定的灌溉水來源。汙水灌溉在解決某些地區的農田灌溉用水方麵確有一定的積極作用。汙水中的各種植物營養元素和有機質進入土壤後可起到灌水和施肥的作用。並且農田係統自身存在一定的自淨能力，可降解多種汙染物。但是，由於我國汙水處理率低，汙水中除了植物需要的營養物質外，還含有許多汙染物（有毒重金屬、礦物油及其難以降解的有機物）。因為汙灌區的汙水灌溉時間長，汙水中各種汙染物種類複雜，數量增多，對農田環境有危害。隨著食物鏈的轉移和累積，最終危害人類的健康。目前我國85%以上的灌概汙水不符合國家農田水質灌溉標準。除了汙水灌溉導致的土壤汙染外，土壤的汙染還來自汙泥的農用和大氣的汙染。據估計，全國農業土壤因汙水灌溉引起的耕地汙染麵積為300多萬hm2，有的受害嚴重的灌區已因汙灌而棄耕。我國大氣汙染麵積533.3萬hm2，占全國總耕地麵積的5.6%；固體廢棄物堆存占地和毀田123.3萬hm2，重金屬汙染農田麵積為82.0萬hm2，農藥汙染農田麵積0.9億hm2.汙水灌溉帶來的危害是多方而的，如影響了作物的生長發育，造成減產、農產品質量降低；汙染了土壤，使土壤鹽漬化、肥力衰退；汙染底下水；致使農村環境衛生惡化等。
（2）農用化學物質汙染。農藥和化肥的使用帶來了農業生產的一場革命。增施化肥是我國溫飽工程的主要技術政策之一，受到政府的關注和農民的擁護。由於我國耕地人均占有量少，而且有一半耕地利用條件較差，全國低產田占耕地麵積的30.4%，而高產田僅占20.8%。在土壤貧瘠化嚴重的程度下，農民大量使用單一種類的化肥，不僅使土壤有機質得不到及時補充而造成土壤生產力下降，而且由於土壤缺乏含有多種營養元素的有機肥，造成營養平衡失調和土壤結構破壞，進一步加重了土壤的貧瘠化。更為嚴重的是由於化肥（特別是氮肥）使用不當造成了水質惡化，由於氮素流動性大，目前施肥技術，作物對氮素的利用率僅有30%，也就是說有70%的氮素進入環境，主要進入了水環境，汙染地表水和地下水。
農藥對治理莊稼病蟲害起了巨大的作用，農藥分為殺蟲劑、殺菌劑、除草劑、生長調節劑等。我國目前的農藥產量為60多萬，品種有100多個。由於濫施農藥對環境造成的汙染已經成為嚴峻的事實。造成的主要後果包括害蟲的抗藥性增加；殺害了天敵和其他有益生物；汙染水體；在土壤中的殘留和在農產品中積累。據估計，在施用的農藥中有40%～60%進入環境，大部分散落在土壤，遇雨水進入水體，部分形成漂浮物進入空氣。分散在環境中的農藥，其起始濃度不一定很高，但它可以進入食物鏈，隨著營養級而不斷增加，最後達到汙染的程度，這種現象稱為生物富集作用。農藥汙染可直接造成人畜中毒，農藥隨水漂流，農藥瓶亂丟棄，農藥違章操作都會造成人、家禽、畜的中毒事件時有發生。
（3）農業廢棄物汙染。農業廢棄物主要是指農用塑料殘膜、動物糞肥和作物秸稈等。據黑龍江、遼寧、北京、天津等省市的研究，農膜的使用量為每年每公頃150kg，殘膜每公頃1年為64.5～105.6kg，2年為129kg，三年為187.5～201kg，北京市郊區的蔬菜、花生地地膜的殘留量達到40%～70%。殘膜不僅對種子有毒害作用，也汙染土壤。
隨著我國禽畜養殖業的高速發展，特別是大中城市郊區禽畜養殖工廠化、集約化和規模化程度的提高，使禽畜糞便量急劇增加，相對狹窄的郊區土地無法消納大量的糞便，所以寶貴的糞肥成為了新的有機和生物汙染源。糞便汙染不僅有感官的汙染，也有對空氣、水體的汙染和細菌的傳播。作物桔杆本來可以作為肥料還田，由於生產效益的原因，農民多數不願再使用秸稈做肥料，而改為化肥，大量的秸稈堆積造成環境汙染，焚燒桔稈還汙染了空氣。
2.鄉鎮企業的汙染。鄉鎮企業是我國特有的一種經濟成分。鄉鎮企業吸納了大量的農業剩餘勞動力，大大促進了農村接近的發展，增加了農民的收入。鄉鎮企業的發展，使農村由單一經濟結構變成了多元化的經濟結構，擴大了農民的就業渠道，鄉鎮企業推動了農村城市化、工業化的發展。但是由於大部分鄉鎮企業工藝落後、設備簡陋、技術低、能耗高、汙染大，加之缺乏科學技禾管理人才，不少地方急功近利，辦企業不顧環境效益，“三廢”汙染已開始在鄉村蔓延。據國家環保總局、農業部、財政部、國家統計局的調查，1995年以來，全國調查的鄉鎮企業汙染源121.6萬個，占鄉鎮企業總數的16.9%；總產值為19260.4億元，占鄉鎮企業總產值得37.6%；全國鄉鎮企業工業廢水排放量為59.1億，占當年全國工業排水量的21.0%；廢水排放中二氧化硫為441.1萬，占當年全國二氧化硫排放量的23.9%；工業固體廢棄物產生量為3.8億，排放量為1.8億，分別占當年全國工業固體廢棄物產生總量的37.3%和排放量的88.7%。國家環境保護局、農業部、財政部、國家統計局曾兩次組織全國鄉鎮工業汙染源調查，結果表明，我國鄉鎮企業‘三廢’排放量增長很快，使我國的環境汙染由城市向農村迅速蔓延，並呈加重趨勢。1990-1995年，全國鄉鎮工業廢水排放量由24億增加到59.1億，年均增長14.4%；廢水排放量由1.26萬億m3（標）增加到2.6萬億m3（標），年平均增長15.6%；廢渣產生量出0.64億增加1.8億，年均增長15.2%。鄉鎮企業汙染物排放量已占全國汙染物排放總量的30%以上，局部地區占50%以上。汙染物排放量的增長速度遠遠高於同期全國工業汙染物排放量的增長速度。全國已有2/3的河流和1000多萬hm2土地受到鄉鎮企業的汙染。鄉鎮工業己成為農村的主要汙染源。
在鄉鎮企業中汙染最嚴重的是“十五小”企業，即規模小、工藝落後的小造紙、小製革、小印染、小煉焦、小煉硫、土法煉砷、煉鋁、煉鋅、煉汞、煉油、選金、電鍍，以及生產石棉製品、放射性製品的小企業。大部分小企業隻重視產值、產量的增長，把利潤作為衡量企業的惟一指標。不少企業采用的是城市中淘汰的設備和工藝，不僅汙染環境，而且資源浪費嚴重。鄉鎮企業的布局特點為小型分散，因此，全國廣大農村形成星羅棋布的汙染源。鄉鎮企業的汙染的危害首先在於它浪費了資源，嚴重破壞了生態；其次，“三費”汙染了農業生產環境，使農業生產受到威脅；再次，它危害了企業職工和周圍居民的將抗。分析鄉鎮企業汙染環境的原因一是環境管理後滯，缺乏良好的規劃及合理的布局，在項目安排上，業主往往片麵追求短期經濟效益，興建或接收了一些汙染嚴重的小企業。一些地區沒有重視引入環境管理機製，沒有進行環境影響評價，對汙染排放未進行監控，走了一條先發展經濟，後談環境治理的路線。二是由於鄉鎮企業受資金短缺局限，企業技術水平低，工藝落後，管理水平低下，管理經驗不足，產品的能耗、物耗較高，萬元產值排汙量大。特別是業主和企業員工的環境意識淡薄，隻追求短期經濟效益，忽視對環境的長遠影響。因此，對鄉鎮企業的管理和改造迫在眉睫。