在京都大學初次得見這本學報，係明治三十七年七月二十日即光緒三十年六月七日印行，東京高等師範學校教授葛岡信虎纂輯。讚助人列名有二，一是東亞同文會副總裁、東亞同文書院院長長岡護美子爵，一是東京高等師範學校校長、弘文學院院長嘉納治五郎。弘文學院專為中國留日學生所設，相當於升入日本正規大學之前的預備學校。
這本學報設有論說、教育、地理曆史、理學、法製經濟、殖產興業、傳記、特別講義、藝苑、彙報、學海叢錄、廣告等專欄。
第一篇之論說欄刊載長岡護美《告清國誌士諸君》一文，內稱：“近時清廷深悟既往謬計，虛心降氣，孜孜圖治，以故觀光重臣，留學士子，相踵東渡，就我尋師。我國上下，亦同感動其熱心求道，為公忘私，胥俱竭力殫慮，日思切磋琢磨，忠告相導。而其少壯人士，才雋氣銳，矯枉過正，或有放言妄議，空想一躍直與美洲同其政體，主張共和。遂使彼中外樞要，老成賢達，嫌疑引身，顧慮無為。而宇內大勢，推移不已，東亞同盟，多為阻止。蚌鷸相爭，漁翁得利，其誤國自毀，禍決非小也。苟真實憂國憤世之士，豈當如是耶？”
論說欄還有葛岡信虎《學報所以急於今》一文，強調日本“任開導之天職”，以學校、圖書、報刊“啟發陶冶清人思想”。“現在東京清國留學生，其數及二千餘名。”“清國留學生等於東京所刊行雜誌亦有六七種，然記事大抵偏一局，且其論說或有弄過激之言，猥煽世人之弊。或不免孟浪杜撰之譏，往往傳誤謬揭僻說，有滅卻彼我真相之虞。”
這本學報主要是為中國留學生預備教育而創辦，但其政治傾向則是維護清廷而反對民主共和。當時《湖北學生界》、《浙江潮》、《江蘇》等期刊已接踵而起，東京中國進步留學生革命思想日趨成熟，所謂“弄過激之言，猥煽世人”，即針對這一趨勢而言。
作為《日新學報》讚助人之一的嘉納治五郎，對中國留日學生曾有長期教育工作經驗。早在1899年，他就將自己主持的私塾改名亦樂書院，接待張之洞派遣的11名留學生，校名亦樂係取“有朋自遠方來，不亦樂乎”之意。1902年1月，他又在亦樂書院的基礎上創建弘（宏）文學院，以適應日益增多的中國留日學生的需要。該校主要是為中國學生在接受高等教育前進行預備教育。三年製本科講授日語及中學課程，第三學年分為文理兩科。然後又在此基礎上增設分別為一年、八個月、六個月的速成師範科、速成音樂科等。弘文學院發展很快，據1906年的《宏文學院一覽》記載，該校已畢業1959人，在校學生1615人。分36班，班名多以地區命名，如南京普通班、湖北普通班、四川速成師範科班等。黃興、魯迅、陳獨秀等初來日本時均曾在該院就學。但嘉納治五郎辦學成績並非甚好，《江蘇》第一期發表的《弘文學院學生退校善後始末記》已有所陳述。日本有識之士也為留學生速成教育感到憂慮，1905年7月17日東京《朝日新聞》刊載《中國留學生問題》一文，即曾痛陳中日雙方熱衷速成教育之失策。嘉納治五郎為了贏利，除迎合中國政府與學生急於速成心理外，還加強與中國官府聯絡，遊說他們派遣更多的留學生。他的這種思想狀態，在《日新學報》上自然會有所反映。（參見實藤惠秀《中國人留學日本史》。）