康熙帝剛剛平定了三藩之亂，雅克薩城又有俄軍進駐，康熙一麵派將軍彭春、郎談借打獵為名到邊境偵察；一麵要當地官員修造戰船，建立城堡，準備征討敵人。
康熙帝作好一切準備之後，派人送信給雅克薩的俄軍頭目，命令他趁早退出雅克薩。沙俄軍不但不肯退出，反而向雅克薩增兵，跟清朝對抗。眼看和平解決已經不可能了，康熙皇帝宣布向雅克薩進攻。
經過兩番征戰，清軍取得了雅克薩的勝利，公元1689年，中國政府派出代表索額圖，沙俄政府也派出戈洛文做代表，在尼布楚舉行和談，劃分了兩國邊界，肯定了黑龍江和烏蘇裏江流域的廣大地區都是中國領上。這就是《尼布楚條約》。
康熙二十年（1681年），台灣又發生內哄，鄭經死後，諸子爭位，長子被殺，幼子鄭克爽立。鄭克爽時年十二歲，大權盡操於馮錫範與劉國軒之手。康熙帝遂欲趁此時機，解決台灣問題，即用施琅為水師提督，決計進兵台灣。康熙二十三年（1683年）閏六月，施琅統戰船三百、水師二萬攻打澎湖，一戰而克，大獲全勝。鄭軍二萬士卒、"百隻戰艦全部被擊潰，守將劉國軒遁歸台灣。澎湖一破，台灣震懾。鄭克爽、馮錫範、劉國軒等見大勢已去，人心瓦解，台灣不能固守，即表示願降。施琅入台受降，鄭克爽乃率眾剃發，登岸歸順。
收複台灣後，康熙皇帝在台灣設一府三縣--台灣府和台灣、鳳山、諸羅三縣，隸於福建省。並在台灣設總兵一員，駐兵八千，在澎湖設副將一員，駐兵三千。康熙帝收取台灣，完成台灣和大陸之間的政治統一，大大促進了以後台灣的政治、經濟與文化的發展。由此台灣成為我國東南海上的重鎮，有利於加強和鞏固我國東南沿海的國防，有利於抵禦西方殖民主義勢力的入侵。康熙帝統一台灣，其意義極為重大。
古訓今鑒
祖國基業，寸土江山，都是祖先努力開拓出來的，因此祖宗基業萬不可輕易丟棄。康熙一生勤政，征戰也不斷，自然知道打天下守江山的不易，因此顧念祖業，教育兒孫應該重視先祖的基業和積下的才德，用心治理國家。教導兒孫不忘過去，不忘祖先才能惕厲自己，才能國泰民安。