梅菲爾德、布拉沃思和墨菲遷入了亞特蘭大，並在1888年1月14日和彭伯頓一起成立了一家新的企業，叫做“彭伯頓藥品公司”。幾個合夥人開始製造他們的產品，但是，他們太天真了，竟然不知道彭伯頓化學公司已經瓦解，可口可樂股份也已經被轉讓出去了。更為惱火的是，彭伯頓的兒子查爾斯·彭伯頓攪了進來。他從肯塔基州路易斯維爾市的一家藥品公司回來，要求得到自己的繼承權。“老彭伯頓來找我們，商量著他必須給兒子一份專利權。這消息簡直是枚炸彈呀！”梅菲爾德無奈地說。他眼中的查爾斯是個整天花天酒地、令人生厭、愛酗酒的牛仔。最後，彭伯頓告訴這些合夥人，他早就簽字同意把可口可樂的產權給予查爾斯，但因為嗎啡毒癮影響記憶力把這件事忘記了。這樣，合夥人更加認清了彭伯頓的真實麵目，合夥人和他的矛盾更加激化了。
不為人知的是，1888年3月24日，阿薩·坎德勒、查爾斯·彭伯頓、伍爾福克·沃克以及他的姐姐在富爾頓縣高等法院申請成立可口可樂公司（Coca-Cola Company）。這“第一家”可口可樂公司的產權結構沒有得到官方的認可，可口可樂公司的曆史檔案也沒有提及過這家公司的存在。直到1892年，阿薩·坎德勒才把公司正式注冊為可口可樂公司（The Coca-Cola，從法律上講，這才是當今可口可樂公司的前身，通常情況下字母“T”要大寫）。阿薩·坎德勒很快就後悔和查爾斯的合作，因為他更多的是公司的一個累贅。但是這也沒有難倒阿薩，他想辦法以550美元買下了查爾斯·彭伯頓占有可口可樂僅剩的1/3的股份，此後第三天，在魯濱遜的見證下，阿薩又以750美元買下了沃克和多齊爾夫婦的一半股份。同時還租下了彭伯頓在馬利他大街107號的空屋。魯濱遜就在此開始放手製造可口可樂了。
炎熱的夏季的到來，彭伯頓因為患了胃癌躺著床上等死，而此時，查爾斯·彭伯頓卻在銷售一種比可口可樂便宜的劣質飲料，讓消費者誤以為可口可樂公司生產冒牌貨。當真假貨都活躍在市場上的時候，1888年8月16日，57歲得彭伯頓去世了。報紙上稱他是“亞特蘭大最老的藥劑師”、“最優秀的市民”、“最受歡迎的紳士”；人們普遍認為他是位彬彬有禮的君子、充滿奉獻精神的學者和創造力的天才。他所寵愛的獨子查爾斯·彭伯頓是個酒鬼，六年後就自殺身亡了。
然而，阿薩並沒有因此受損失。他假惺惺地擠出幾滴眼淚，召集藥劑師開會，向彭伯頓醫生致以最崇高的致意，簡述彭伯頓醫生的美德和天性，呼籲他們在彭伯頓醫生葬禮當天停業一天，除此以外，還陪送棺材到哥倫比亞的墓地下葬。處理完這些之後，阿薩不失時機地鞏固他對可口可樂的所有權。他在彭伯頓去世兩周後，趕緊以1000美元買下伍爾福克·沃克和瑪格麗特·多爾齊手中僅剩的可口可樂股份。現在，阿薩·坎德勒幾乎牢牢控製了可口可樂公司。他總共付出2300美元，到1889年5月1日，阿薩·坎德勒就成了可口可樂的獨家所有人。