二、非營利性科研機構以推進科技進步為宗旨，不以營利為目的，主要從事社會公益為主的科學研究、技術谘詢與服務活動。
三、非營利性科研機構具有獨立法人資格，執行國家的法律、法規，在政府有關部門的指導下，自主管理。非營利性科研機構要根據國家法律、法規的規定和出資者的約定，製定章程，明確機構宗旨、業務領域、組織結構、決策監督程序、內部管理製度等。
四、申請按非營利性機構運行和管理的科研機構，要調整和明確業務方向，優化結構、分流人員，由主管部門（單位）報科技部、財政部、中編辦、稅務總局共同審核，認定為非營利性科研機構，並在國家機構編製管理部門進行事業單位法人登記。
五、非營利性科研機構可以通過以下方式獲得發展資金：（一）政府資助，國家對非營利性科研機構的正常運行、設備購置、基本建設等給予一定的資金支持；（二）承擔政府、企業、其他社會組織和個人的委托項目；（三）社會捐贈；（四）為社會提供有償服務；（五）其他合法收入。政府和其他社會力量對非營利性科研機構撥入和捐贈的資產不得抽回。任何機構和個人不得以任何方式從非營利性科研機構獲取投資回報。非營利性科研機構向社會提供有償服務的收入按國家規定留給單位的部分，全部用於自身發展。
六、對非營利性科研機構的管理，科研機構主管部門（單位）要逐步將直接領導轉為通過參加理事會參與科研機構決策，對科研機構賦予自主權，最終實現非營利性科研機構經營管理的社會化。
非營利性科研機構要積極探索理事會決策製、院（所）長負責製、科學技術委員會谘詢製和職工代表大會監督製度：
（一）理事會負責麵向社會公開選聘和推薦院所長，審定發展規劃、年度工作計劃和財務收支計劃，監督業務和管理活動的合法性。理事會成員由主管部門（單位）代表、本單位代表、行業專家代表、有關出資方代表組成。
（二）院（所）長是法人代表，執行理事會決議，負責科研業務和日常管理工作，對理事會負責。
（三）科學技術委員會負責對重大科學技術問題提出谘詢意見。
（四）職工代表大會負責監督。
七、非營利性科研機構全麵推行聘任製。麵向社會公開招聘工作人員，根據實際需要自主決定招聘人員數量，確定崗位設置、不同等級專業技術職稱比例及受聘人員的職位等級，通過合同方式依法確定單位和個人的權利義務關係。
聘任合同可分為短期合同和長期合同，或以完成某項科研任務為合同期限。對被聘用人員實行崗位責任製管理，定期考評；對經考評不合格人員、聘用合同到期後未續聘人員和被辭退人員，依照國家有關規定解除合約。非營利性科研機構應執行國家關於事業單位的工資製度，實行工資總額包幹，按崗定酬，按任務定酬，按業績定酬，對其工資構成中活的部分（津貼）享有分配自主權。非營利性科研機構按照國家有關規定參加城鎮職工養老、基本醫療和失業保險。
八、非營利性科研機構暫按科學事業單位的財務會計製度執行。其年度預算經主管部門審核彙總，報財政部門核定。九、非營利性科研機構稅收政策。
（一）非營利性科研機構從事技術開發、技術轉讓業務和與之相關的技術谘詢、技術服務所得的收入，按有關規定免征營業稅和企業所得稅。
（二）非營利性科研機構從事與其科研業務無關的其他服務取得的收入，如租賃收入、財產轉讓收入、對外投資收入等，應當按規定征收各項稅收；非營利性科研機構從事上述主營業務收入用於改善研究開發條件的投資部分，經稅務部門審核可抵扣其應納稅所得額。
（三）非營利性科研機構自用的房產、土地，免征房產稅、城鎮土地使用稅。
（四）社會力量對非營利性科研機構的新產品、新技術、新工藝所發生的研究開發經費資助，可依照稅收法律、法規規定，允許在當年度應納稅所得額中扣除。十、非營利性科研機構要接受政府相關部門及社會有關方麵的監督。於每年第一季度向主管部門（單位）和科技行政管理部門報送上一年度的工作報告，接受業績考核。科技行政管理部門會同財政等有關部門對非營利性科研機構的運行績效定期進行評估考核。
十一、科研機構按非營利性機構運行和管理的認定條件、規章製度和配套政策等，由科技部會同財政部、中編辦、國家稅務總局另行製定。
十二、地方所屬科研機構按非營利性科研機構運行和管理，可以參照本意見執行。
財政部、國家稅務總局關於非營利性科研機構稅收政策的通知
（財稅[2001]5號2001年2月9日）
各省、自治區、直轄市、計劃單列市財政廳（局）、國家稅務局、地方稅務局：為了貫徹落實《國務院辦公廳轉發科技部等部門關於非營利性科研機構管理的若幹意見（試行）的通知》（國辦發[2000]78號），鼓勵社會公益類科研事業的發展，經國務院批準，現對非營利性科研機構有關稅收政策明確如下：
一、非營利性科研機構要以推動科技進步為宗旨，不以營利為目的，主要從事應用基礎研究或向社會提供公共服務。非營利性科研機構的認定標準，由科技部會同財政部、中編辦、國家稅務總局另行製定。非營利性科研機構需要書麵向科技行政主管部門申明其性質，按規定進行設置審批和登記注冊，並由接受其登記注冊的科技行政部門核定，在執業登記中注明“非營利性科研機構”.
二、非營利性科研機構享受如下稅收優惠政策：
1.非營利性科研機構從事技術開發、技術轉讓業務和與之相關的技術谘詢、技術服務所得的收入，按有關規定免征營業稅和企業所得稅。
2.非營利性科研機構從事與其科研業務無關的其他服務所取得的收入，如租賃收入、財產轉讓收入、對外投資收入等，應當按規定征收各項稅收；非營利性科研機構從事上述非主營業務收入用於改善研究開發條件的投資部分，經稅務部門審核批準可抵扣其應納稅所得額，就其餘額征收企業所得稅。
3.非營利性科研機構自用的房產、土地，免征房產稅、城鎮土地使用稅。
4.社會力量對非關聯的非營利性科研機構的新產品、新技術、新工藝所發生的研究開發經費資助，經主管稅務機關審核確定，其資助支出可以全額在當年度應納稅所得額中扣除。當年度應納稅所得額不足抵扣的，不得結轉抵扣。
三、對非營利性科研機構實行年度檢查製度，凡不符合條件的，應取消其免稅資格，並按規定補繳當年已免稅款。
本通知自2001年1月1日起執行。具體執行辦法由國家稅務總局另行製定。
國務院辦公廳轉發國務院體改辦等部門關於深化轉製科研機構產權製度改革若幹意見的通知
（國辦發[2003]9號2003年2月24日）
各省、自治區、直轄市人民政府，國務院各部委、各直屬機構：國務院體改辦、科技部、財政部、國家經貿委《關於深化轉製科研機構產權製度改革的若幹意見》已經國務院同意現轉發給你們，請貫徹執行。
國務院辦公廳
二00三年二月二十四日附件