正文 第八章 家蠶杆狀病毒Bm91基因功能(1 / 2)

第一節 Bm91基因生物信息學分析

Bm91(orf91)在家蠶核型多角體病毒基因編號中為91號,在NCBI數據庫中該登錄號為:GeneBank,NC_ 047508.1。

Bm91的核苷酸和其編碼的氨基酸的序列特征

Bm91位於BmNPV基因組的87452~87769 nt之間,編碼105個氨基酸。預測分子量為11.8kDa。序列分析發現1個典型的晚期轉錄基序TTAAG位於起始密碼子上遊13 nts處,預示其可能為晚期基因。軟件分析預測到Bm91基因內部存在1個高度保守的疏水跨膜結構域及2個N糖基化位點(17~43 aa,102~105 aa),但並未發現信號肽。

通過Blast比對發現Bm91高度保守。同源物位於所有的Group Ⅰ和 Group Ⅱ NPV,相似度從高到低分別達96%~32%,其中與AcMNPV的ORF108的同源性最高,達到了96%。此外,Bm91屬於1個11 kDa基因家族,目前相關功能未知。

第二節 Bm91在BmN細胞中的轉錄、表達和蛋白定位

一、Bm91的轉錄分析

收集BmNPV感染後不同時間點的BmN細胞,提取總RNA進行RT PCR及5′RACE分析,結果如圖582所示。RT PCR結果顯示從感染病毒後12小時開始,用Bm91引物能擴增得到一個大約330bp特異的DNA片段,該轉錄本持續到感染後96小時仍可檢測到,結果表明Bm91可能是一個晚期基因。同時,ie1作為早期基因的對照,用ie1引物從感染後3小時的細胞樣本中開始也檢測到535bp的特異性片段,一直持續到感染後72小時。而vp39作為晚期基因對照,利用vp39引物從感染後12小時的細胞樣本中開始也檢測到472bp的特異性片段,一直持續到感染後96小時。

提取BmNPV感染後24小時及48小時BmN細胞的總RNA進行5′RACE分析,結果顯示Bm91的轉錄起始位點位於起始密碼子ATG上遊12個核苷酸處。

二、Bm91的表達時相

為了分析Bm91的表達情況,收取了mock及BmNPV感染後6小時、12小時、24小時、72小時和96小時的BmN細胞樣品,用Bm91多克隆抗體進行Western blot分析。結果顯示從病毒感染後24~96小時,都能檢測到1條特異蛋白質帶能與Bm91抗體發生特異性反應。

用mock和BmNPV感染後的不同時間(6小時、12小時、24小時、72小時、96小時)收集細胞樣品進行Western blot雜交,雜交信號以DAB顯色。M為蛋白標準分子量。

三、Bm91的亞細胞定位

應用免疫熒光的方法對Bm91進行亞細胞定位分析。分別收集病毒感染後24小時、48小時、72小時的BmN細胞,免疫雜交後在熒光共聚焦顯微鏡下進行觀察。結果顯示熒光在感染不同時間點細胞的細胞質和細胞核中都存在。

四、Bm91蛋白在病毒結構中的定位

分別純化收集BmNPV的BV和ODV病毒粒子。收集總蛋白,分別用Bm91多克隆抗體進行Western blot分析。結果顯示在ODV的蛋白樣品中能雜交到1條特異性條帶,而BV的總蛋白中則檢測不到。

進一步通過超速離心的方法分離純化得到ODV的囊膜和核衣殼,並用Bm91抗體分別對其蛋白進行免疫雜交分析。結果顯示Bm91為ODV囊膜上的蛋白,而在核衣殼上並未雜交到相應的特異蛋白條帶。

第三節 Bm91缺失和拯救型病毒的構建

一、Bm91基因打靶線性化片段的鑒定

以野生型BmNPV基因組DNA為模板,引物對91 US F/91 US R和91 DS F/91 DS R RCR擴增結果分別得到611bp大小的US和612bp大小的DS片段。以質粒pKOV Cm為模板用引物CmU和CmD擴增出1039bp Cm片段,電泳結果如圖586所示,擴增出的目的片段均與預期大小相符。