利用NIL尋找質量性狀基因的分子標記的基本策略是比較輪回親本、NIL及供體親本三者的標記基因型，當NIL與供體親本具有相同的標記基因型，但與輪回親本的標記基因型不同時，則該標記就可能與目標基因連鎖。
第二節 家蠶抗BmNPV分子標記
陳克平（2001）根據發現的家蠶抗BmNPV的遺傳規律的特殊性，提出常染色體上主基因和性染色體上Z+Z+ 修飾基因控製假設，並得到試驗驗證。利用近等基因係尋找抗性分子標記，其交配方式不同，分別可構建NN、Z+ Z+ 、NNZ+ Z+ 3 種近等基因係，同時提出在F2代群體中尋找分子標記的交配方式。姚勤等（2005）利用我國家蠶種質資源中發現的高抗NPV 的材料NB 、敏感材料306和組配近等基因係，采用RAPD 技術在500多個引物的篩選下，獲得2個分子標記。劉曉勇等在此基礎上繼續篩選獲得1個緊密連鎖的抗性分子標記，並將標記轉換成SCAR （sequence characterized amplified region）標記SCAR （sequence characterized amplified region）標記。馮凡等進一步通過染色體步行，獲得緊密連鎖的R736標記，以抗性基因連鎖分子標記R736的anti NPV F和anti NPV R為引物在NB（抗性品種）、306（感性品種）和近等基因係BC8（抗性品係）群體和個體中進行PCR擴增，結果如圖672所示。表明抗性NB有1條長度為700bp左右的條帶，近等基因係BC8有700bp左右和1600bp左右的2條帶，306有1條1600bp左右的條帶。測序結果表明抗性品係NB有736bp序列，感性 306品係有1628bp序列，近等基因係既有NB相同的736bp序列，也有306品係同樣的序列。這不僅說明該分子標記與NPV抗性基因是連鎖的，同時也暗示近等基因係這個位點是雜合的。為了進一步確認這個標記的準確性，在3個材料個體中驗證，結果顯示標記是準確的（圖673）。但是遺憾的是目前家蠶基因組中沒有標記序列的相關信息。
第三節 家蠶分子標記遺傳連鎖圖譜
遺傳連鎖圖譜是通過遺傳重組所得到的基因在具體染色體上的線性排列圖，它是通過計算連鎖的遺傳標誌之間的重組頻率，確定它們的相對距離，一般用厘摩（cM，即每次減數分裂的重組頻率為1%）來表示。繪製遺傳連鎖圖的方法有很多，在DNA多態性技術未開發應用時，鑒定的連鎖標記很少，隨著DNA多態性的開發，使得可利用的遺傳標誌數目迅速擴增。早期使用的多態性標誌有RFLP（限製性酶切片段長度多態性）、RAPD（隨機引物擴增多態性DNA）RAPD（隨機引物擴增多態性DNA）、AFLP（擴增片段長度多態性）AFLP（擴增片段長度多態性）；20世紀80年代後出現的有STR（短串聯重複序列，又稱微衛星）STR（短串聯重複序列，又稱微衛星）DNA遺傳多態性分析和90年代發展的SNP（單個核苷酸的多態性）SNP（單個核苷酸的多態性）分析。1995年Amornrat Promboom等采用RAPD方法構建了分布於家蠶29個連鎖群的168個RAPD分子標記和1個形態學標記，平均圖距約2cM，這是第1張RAPD的分子標記遺傳連鎖圖。1998年Yuji Yasukochi等人在此基礎之上重新將1018 RAPD分子標記定位到家蠶的28個連鎖群上，構建了較完整的家蠶RAPD分子標記連鎖圖譜。隨著2004年西南農業大學和日本
完成了家蠶基因組的測序，使得家蠶分子標記技術得到了飛速發展。2005年Edward K等人通過家蠶品種RF02和RF50的雜交和回交實驗篩選到189個cDNA分子標記，並對它們進行了分子標記的連鎖群分析，獲得了第1張覆蓋66%家蠶全基因組的EST連鎖圖譜EST連鎖圖譜。2005年苗雪霞等構建了覆蓋家蠶28個連鎖群，總長約3431.9 cM的高精密度SSR連鎖圖譜。2006年Kimiko Yamamoto等構建了1張含有534個SNP標記總長約1305cM的覆蓋家蠶28個連鎖群的SNP連鎖圖，這些連鎖圖譜的構建為家蠶物理圖譜的創建提供了基礎。